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万見
- EMDB-7841: BBSome subcomplex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7841
タイトルBBSome subcomplex
マップデータprimary map
試料
  • 複合体: BBSome
    • タンパク質・ペプチド: BBS9
    • タンパク質・ペプチド: BBS1
    • タンパク質・ペプチド: BBS7
    • タンパク質・ペプチド: BBS8
    • タンパク質・ペプチド: BBS4
    • タンパク質・ペプチド: BBS2
    • タンパク質・ペプチド: BBS18
生物種Bos taurus (ウシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.0 Å
データ登録者Chou H / Apelt L / Farrell DP / White SR / Woodsmith J / Svetlov V / Goldstein JS / Nager AR / Li Z / Muller J ...Chou H / Apelt L / Farrell DP / White SR / Woodsmith J / Svetlov V / Goldstein JS / Nager AR / Li Z / Muller J / Dollfus H / Nudler E / Stelzl U / DiMaio F / Walz T / Nachury NV
引用ジャーナル: Structure / 年: 2019
タイトル: The Molecular Architecture of Native BBSome Obtained by an Integrated Structural Approach.
著者: Hui-Ting Chou / Luise Apelt / Daniel P Farrell / Susan Roehl White / Jonathan Woodsmith / Vladimir Svetlov / Jaclyn S Goldstein / Andrew R Nager / Zixuan Li / Jean Muller / Hélène Dollfus / ...著者: Hui-Ting Chou / Luise Apelt / Daniel P Farrell / Susan Roehl White / Jonathan Woodsmith / Vladimir Svetlov / Jaclyn S Goldstein / Andrew R Nager / Zixuan Li / Jean Muller / Hélène Dollfus / Evgeny Nudler / Ulrich Stelzl / Frank DiMaio / Maxence V Nachury / Thomas Walz /
要旨: The unique membrane composition of cilia is maintained by a diffusion barrier at the transition zone that is breached when the BBSome escorts signaling receptors out of cilia. Understanding how the ...The unique membrane composition of cilia is maintained by a diffusion barrier at the transition zone that is breached when the BBSome escorts signaling receptors out of cilia. Understanding how the BBSome removes proteins from cilia has been hampered by a lack of structural information. Here, we present a nearly complete Cα model of BBSome purified from cow retina. The model is based on a single-particle cryo-electron microscopy density map at 4.9-Å resolution that was interpreted with the help of comprehensive Rosetta-based structural modeling constrained by crosslinking mass spectrometry data. We find that BBSome subunits have a very high degree of interconnectivity, explaining the obligate nature of the complex. Furthermore, like other coat adaptors, the BBSome exists in an autoinhibited state in solution and must thus undergo a conformational change upon recruitment to membranes by the small GTPase ARL6/BBS3. Our model provides the first detailed view of the machinery enabling ciliary exit.
履歴
登録2018年5月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年5月23日-
マップ公開2019年8月21日-
更新2019年9月18日-
現状2019年9月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0265
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0265
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7841.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7841.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈primary map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.23 Å/pix.
x 320 pix.
= 393.6 Å		1.23 Å/pix.
x 320 pix.
= 393.6 Å		1.23 Å/pix.
x 320 pix.
= 393.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.23 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0265 / ムービー #1: 0.0265
最小 - 最大-0.01851464 - 0.07118758
平均 (標準偏差)0.00022948478 (±0.0030527236)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 393.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.231.231.23
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z393.600393.600393.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0190.0710.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : BBSome

全体名称: BBSome
要素
  • 複合体: BBSome
    • タンパク質・ペプチド: BBS9
    • タンパク質・ペプチド: BBS1
    • タンパク質・ペプチド: BBS7
    • タンパク質・ペプチド: BBS8
    • タンパク質・ペプチド: BBS4
    • タンパク質・ペプチド: BBS2
    • タンパク質・ペプチド: BBS18

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超分子 #1: BBSome

超分子名称: BBSome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)

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分子 #1: BBS9

分子名称: BBS9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
配列文字列: MSLFKARDWW STVLGDKEEF DQGCLCLADV DNTGNGQDKI IVGSFMGYLR IFNPHPVKTG DGAQAEDLL LEVHLRDPIL QVEVGKFVSG TEMLHLAVLH SRKLCVYSVS GTLGNVEHGN Q YQIKLMYE HNLQRTACNM TYGSFGGVKG RDLICIQSVD GMLMVFEQES ...文字列:
MSLFKARDWW STVLGDKEEF DQGCLCLADV DNTGNGQDKI IVGSFMGYLR IFNPHPVKTG DGAQAEDLL LEVHLRDPIL QVEVGKFVSG TEMLHLAVLH SRKLCVYSVS GTLGNVEHGN Q YQIKLMYE HNLQRTACNM TYGSFGGVKG RDLICIQSVD GMLMVFEQES YAFGRFLPGS LL PGPLAYS SRTDSFITVS SCHQVESYKY QVLAFATDAD KRQETEQQKH GSGKRLVVDW TLN IGEQAI DICIVSFIQS ASSVFVLGER NFFCLKDNGQ IQFMKKLDYS PSCFLPYCSV SEGT INTLI GNHNNMLHIY QDVTLKWATQ LPHVPVAVRV GCLHDLKGVI VTLSDDGHLQ CSYLG TDPS LFQAPKVESR ELNYDELDME LKELQKVIKN VNKSQDVWPL TEREDDLKVS AMVSPN FDS VSQATDVEVG ADLVPSVTVK VTLKNRVALQ KIKLSIYVQP PLVLTGDQFT FEFMAPE MT RTVGFSVYLK GSYSPPELEG NAVVSYSRPT ERNPDGIPRV SQCKFRLPLK LVCLPGQP S KTASHKLTID TNKSPVSLLS LFPGFAKQSE DDQVNVMGFR FLGGSQVTLL ASKTSQRYR IQSEQFEDLW LITNELIIRL QEYFEKQGIK DFTCSFSGSV PLEEYFELID HHFELRINGE KLEELLSER AVQFRAIQRR LLTRFKDKTP APLQHLDTLL DGTYKQVIAL ADAVEENQDN L FQSFTRLK SATHLVILLI GLWQKLSADQ IAILEAAFLP LQQDTQELGW EETVDAALSH LL KTCLSKS SKEQALNLNS QLGIPKDTSQ LKKHITLFCD RLAKGGRLCL STDAAAPQTM VMP GGCATI PESDLEGRSI DQDSSELFTN HKHLMVETPV PEVSPLQGVT E

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分子 #2: BBS1

分子名称: BBS1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
配列文字列: MAATSSSDSD GGKGESSEAN SKWLDSLSDS MANIHTFSAC LALADFHGDG EYKLAMGDLG PDGRQPRLK VLKGHTLVSQ KPLPDLPAAA VTFLMASHEP RTPALAIASG PCVYVYKNLK P YFKFSLPS LPTNPLEQDL WNQAKEDQID PLTLKEMLEG IREKAEVPLS ...文字列:
MAATSSSDSD GGKGESSEAN SKWLDSLSDS MANIHTFSAC LALADFHGDG EYKLAMGDLG PDGRQPRLK VLKGHTLVSQ KPLPDLPAAA VTFLMASHEP RTPALAIASG PCVYVYKNLK P YFKFSLPS LPTNPLEQDL WNQAKEDQID PLTLKEMLEG IREKAEVPLS VQSLRFLPLE LS EMEAFVN QHKSKSIRRQ TVITTMTTLK KNLADEDAVS CLVLGTENKE LLVLDPEAFT ILA KMSLPS VPAFLEASGQ FDVEFRLAAA CRNGSIYILR RDSKRPKYCI ELGAQPVGLV GVHK VLVVG SNQDSLHGFT YKGKRLWTVQ MPAAILAMNL LEQHSRGLQA VMAALANEEV RIYHD KVLL NVIRTPEAVT SLCFGRYGRE DNTLIMTTLG GGLIIKILKR TAVFAEGGGE AGPPPS QAI KLNVPRKTRL YVDQTLRERE AGTAMHRTFQ ADLYLLRLRA ARAYVQALES SLSPVSL TA REPLKLHAVV QGLGPTFKLT LHLQNTSTAR PILGLVVCFL YNEVLYALPR AFFKVPLL V PGLNYPLETF VKSLSDKGIS DIIKVLVLRE GQSTPLLSAH INMPMSEGLA AD

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分子 #3: BBS7

分子名称: BBS7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
配列文字列: MLFSSSVPFV GVTSQKTMKL LPASKHRATQ KVVVGDHDGI VMCFGMKKGE AVTVFKTLPG QKIARLELG GALNTPQEKI FIAAGSEIRG FTKRGKQFLS FETNLTESIK AMHISGSDLF L SASYIYNH YCDCKDQHYY LSGDKINDVI CLPVERLLRE VPVLACQDRV ...文字列:
MLFSSSVPFV GVTSQKTMKL LPASKHRATQ KVVVGDHDGI VMCFGMKKGE AVTVFKTLPG QKIARLELG GALNTPQEKI FIAAGSEIRG FTKRGKQFLS FETNLTESIK AMHISGSDLF L SASYIYNH YCDCKDQHYY LSGDKINDVI CLPVERLLRE VPVLACQDRV LRVLQGSDVT YE IEVPGPP TVLALHNGNG GDSGEDLLFG TSDGKLGLIQ ITTSKPIHKW EIRNEKKRGG ILC VDSFDI VGDGVKDLLV GRDDGMVEVY GFDNANEPVL RFDHTLSESV TSIQGGCVGK DGYD EIVVS TYSGWITGLT TEPVHKESGP GEELKFNQEM QNKISSLRSE LEQLQYKVLQ EREKY QQSS QSSKAKSAVP SFSVNDKFTL NKDDASYSLI LEVQTAIDNV LIQSDVPIDL LDVDKN SAV VSFSSCDSES NDNFLLATYR CQANTTRLEL KIRSIEGQYG TLQAYVTPRI QPKTCQV RQ YHIKPLSLHQ RTHFIDHDRP MNTLTLTGQF SFSELHSWVV FCMPEVPEKP PAGECVTF Y FQNTFLDTQL ESTYRKGEGV FKSDNISTIS ILKDVLSKEA TKRKINLNIS YEINEVSVK HTLKLIHPKL EYQLLLAKKV QLIDALKELQ VHEGNTNFLI PEYRCILEEA DHLQEEYKKQ PAHLERLYG MITDLFIDKF KFKGTNVKTK VPLLLEILDS YDQNALIAFF DAA

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分子 #4: BBS8

分子名称: BBS8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
配列文字列: APASDMEPLL LAWSYFRRRR FQLCADLCTQ MLEKSPCDQA AWILKARALT EMVYVDEIDV DEEGIAEMI LDENAIAQVP RPGTSLKLPG TNQTGGPSPA VRPVTQAGRP ITGFLRPSTQ S GRPGTIEQ AIKTPRTAYT ARPIASSSGR FVRLGTASML TSPDGPFINL ...文字列:
APASDMEPLL LAWSYFRRRR FQLCADLCTQ MLEKSPCDQA AWILKARALT EMVYVDEIDV DEEGIAEMI LDENAIAQVP RPGTSLKLPG TNQTGGPSPA VRPVTQAGRP ITGFLRPSTQ S GRPGTIEQ AIKTPRTAYT ARPIASSSGR FVRLGTASML TSPDGPFINL SRLNLAKYAQ KP KLAKALF EYIFHHENDV KTALDLAALS TEHSQYKDWW WKVQIGKCYY RLGLYREAEK QFK SALKQQ EMVDTFLYLA KVYISLDQPL TALNLFKQGL DKFPGEVTLL CGIARIYEEM NNIS SATEY YKEVLKQDNT HVEAIACIGS NHFYTDQPEV ALRFYRRLLQ MGVYNCQLFN NLGLC CFYA QQYDMTLTSF ERALSLAENE EEVADVWYNL GHVAVGTGDT NLAHQCFRLA LVSNNQ HAE AYNNLAVLEM RRGHVEQAKA LLQTASSLAP HMYEPHFNFA TISDKIGDLQ RSYAAAK KS EAAFPDHVDT QHLIKQLEQH FAML

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分子 #5: BBS4

分子名称: BBS4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
配列文字列: MAEEKLSART QLPVSAESQK PVLKKAPEFP ILEKQNWLIH LYYIQKDYEA CKAVIKEQLQ ETHGLCEYA IYVQALIFRL EGNIQESLRL FQMCAFLSPQ CADNLKQVAR SLFLLGKHKA A IEVYNEAA KLNQKDWEIC HNLGVCYIYL KQFDKAQDQL HNALHLNRHD ...文字列:
MAEEKLSART QLPVSAESQK PVLKKAPEFP ILEKQNWLIH LYYIQKDYEA CKAVIKEQLQ ETHGLCEYA IYVQALIFRL EGNIQESLRL FQMCAFLSPQ CADNLKQVAR SLFLLGKHKA A IEVYNEAA KLNQKDWEIC HNLGVCYIYL KQFDKAQDQL HNALHLNRHD LTYIMLGKIF LL KGDLDKA IEIYKKAVEF SPENTELLTT LGLLYLQLGI YQKAFEHLGN TLTYDPTNYK AIL AAGSMM QTHGDFDVAL TKYKVVACAV IESPPLWNNI GMCFFGKKKY VAAISCLKRA NYLA PLDWK ILYNLGLVHL TMQQYASAFH FLSAAINFQP KMGELYMLLA VALTNLEDSE NAKRA YEEA VRLDKCNPLV NLNYAVLLYN QGEKRDALAQ YQEMEKKVNL LKYSSSLEFD PEMVEV AQK LGAALQVGEA LVWTKPVKDP KSKHQTASTS KAAGFQQPLG SNQALGQAMS SAATCRK LS SGAGGTSQLT KPPSLPLEPE PTVEAQPTEA SAQTREK

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分子 #6: BBS2

分子名称: BBS2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
配列文字列: MLQPVFTLKL RHKISPRMVA VGRYDGTHPC LAAATQAGKV FIHNPHSRSQ HLGAPRVLQS PLESDVSLL NINQTVSCLT AGVLNPELGY DALLVGTQTN LLAYDVYNNS DLFYREVADG A SAIVLGTL GDITSPLAII GGNCALQGFN HEGNDLFWTV TGDNVHSLAL ...文字列:
MLQPVFTLKL RHKISPRMVA VGRYDGTHPC LAAATQAGKV FIHNPHSRSQ HLGAPRVLQS PLESDVSLL NINQTVSCLT AGVLNPELGY DALLVGTQTN LLAYDVYNNS DLFYREVADG A SAIVLGTL GDITSPLAII GGNCALQGFN HEGNDLFWTV TGDNVHSLAL CDFDGDGKKE LL VGSEDFD IRVFKEDEIV AEMSETEIIT SLCPMYGSRF GYALSNGTVG VYDKTARYWR IKS KNQAMS IHAFDLNSDG VCELITGWSN GKVDARSDRT GEVIFKDNFS SAIAGVVEGD YRME GCQQL ICCSVDGEIR GYLPGTAEMR GNLMDISVEQ DLIRELSQKK QNLLLELRNY EENAK AELS SPLNEADGHR GVIPANTKHH TALSVSLGSE AQAAHAELCI STSNDTIIRA VLIFAE GVF AGESHVVHPS VHHLSSSVRI PITPPKDIPV DLHLKTFVGY RSSTQFHVFE LTRQLPR FS MYALTSPDPA SEPLSYVNFI IAERAQRVVM WLNQNFLLPE DTNIQNAPFQ VCFTSLRN G GQLYIKIKLS GEITVNTDDI DLAGDIIQSM ASFFAIEDLQ VEADFPVYFE ELRKVLVKV DEYHSVHQKL SADMADNSNL IRSLLVQAED ARLMRDMKTM KNRYKELYDL NKDLLNGYKI RCNNHTELL GSLKAVNQAI QRAGHLRVGK PKNQVITACR DAIRSNNINM LFRIMRVGTA S S

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分子 #7: BBS18

分子名称: BBS18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
配列文字列:
MLSAAHKSFC FPSATQDETV SNISDMAETK SMFREVLPKQ DLGQLYVEDI TTMVLCKPKL LPLKSLTLE KLEKMQQAAQ DTIHQQEMTE KEQKITH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 詳細: 40 mM HEPES, 220 mM NaCl, 1 mM DTT
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
#0 - 検出モード: SUPER-RESOLUTION / #0 - 実像数: 870 / #0 - 平均電子線量: 46.8 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
#1 - 検出モード: SUPER-RESOLUTION / #1 - 実像数: 1630 / #1 - 平均電子線量: 89.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Image recording ID1
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) / 使用した粒子像数: 52826
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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