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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7817 | |||||||||
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タイトル | Human GABA-A receptor alpha1-beta2-gamma2 subtype in complex with GABA and flumazenil, conformation A | |||||||||
![]() | Final Map b-factor sharpened to -186 | |||||||||
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![]() | Ligand-gated ion channel / GABA-A receptor / Cys-loop receptor / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() GABA receptor complex / inhibitory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / benzodiazepine receptor activity / cellular response to histamine / GABA receptor activation / inner ear receptor cell development / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor activity / GABA-A receptor complex / inhibitory synapse assembly ...GABA receptor complex / inhibitory extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / benzodiazepine receptor activity / cellular response to histamine / GABA receptor activation / inner ear receptor cell development / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor activity / GABA-A receptor complex / inhibitory synapse assembly / innervation / synaptic transmission, GABAergic / postsynaptic specialization membrane / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / neurotransmitter receptor activity / adult behavior / cochlea development / chloride channel activity / Signaling by ERBB4 / chloride channel complex / GABA-ergic synapse / transmembrane transporter complex / regulation of postsynaptic membrane potential / chloride transmembrane transport / dendrite membrane / post-embryonic development / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / cytoplasmic vesicle membrane / postsynapse / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / neuron projection / axon / synapse / extracellular exosome / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.92 Å | |||||||||
![]() | Zhu S / Noviello CM | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of a human synaptic GABA receptor. 著者: Shaotong Zhu / Colleen M Noviello / Jinfeng Teng / Richard M Walsh / Jeong Joo Kim / Ryan E Hibbs / ![]() 要旨: Fast inhibitory neurotransmission in the brain is principally mediated by the neurotransmitter GABA (γ-aminobutyric acid) and its synaptic target, the type A GABA receptor (GABA receptor). ...Fast inhibitory neurotransmission in the brain is principally mediated by the neurotransmitter GABA (γ-aminobutyric acid) and its synaptic target, the type A GABA receptor (GABA receptor). Dysfunction of this receptor results in neurological disorders and mental illnesses including epilepsy, anxiety and insomnia. The GABA receptor is also a prolific target for therapeutic, illicit and recreational drugs, including benzodiazepines, barbiturates, anaesthetics and ethanol. Here we present high-resolution cryo-electron microscopy structures of the human α1β2γ2 GABA receptor, the predominant isoform in the adult brain, in complex with GABA and the benzodiazepine site antagonist flumazenil, the first-line clinical treatment for benzodiazepine overdose. The receptor architecture reveals unique heteromeric interactions for this important class of inhibitory neurotransmitter receptor. This work provides a template for understanding receptor modulation by GABA and benzodiazepines, and will assist rational approaches to therapeutic targeting of this receptor for neurological disorders and mental illness. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 5.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 28.6 KB 28.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() ![]() | 9.3 KB 9.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() ![]() ![]() ![]() | 203.9 KB 206.6 KB 185 KB 190.7 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 8.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 5.2 MB 51.9 MB 51.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 730.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 730.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Final Map b-factor sharpened to -186 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Final Map b-factor sharpened to -100
ファイル | emd_7817_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Final Map b-factor sharpened to -100 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_7817_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_7817_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : Human GABA-A receptor alpha1-beta2-gamma2 subtype in complex with...
+超分子 #1: Human GABA-A receptor alpha1-beta2-gamma2 subtype in complex with...
+分子 #1: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-2,Gamma-aminobutyri...
+分子 #2: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit alpha-1,Gamma-aminobutyr...
+分子 #3: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit gamma-2,Gamma-aminobutyr...
+分子 #4: Kappa Fab Light Chain
+分子 #5: IgG2b Fab Heavy Chain
+分子 #9: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
+分子 #10: GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID
+分子 #11: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
+分子 #12: ethyl 8-fluoro-5-methyl-6-oxo-5,6-dihydro-4H-imidazo[1,5-a][1,4]b...
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 6 mg/mL | |||||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 80 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 39.0 kPa 詳細: Sample was glow discharged at 30 mA for 80 seconds using a PELCO easiGLow | |||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3 seconds blot time. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 80.0 K / 最高: 90.0 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS エネルギーフィルター - エネルギー下限: -10 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 10 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 5594 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 47.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率(補正後): 46730 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | ![]() PDB-6d6u: |