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- EMDB-7811: Subtomogram average (702 axonemal repeats) of isolated Rib72B kno... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7811
タイトルSubtomogram average (702 axonemal repeats) of isolated Rib72B knock out Tetrahymena cilia showing the lumen of the ciliary doublet microtubule (DMT)
マップデータRib72B_KO_702
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Subtomogram average (702 axonemal repeats) of isolated Rib72B knock out Tetrahymena cilia showing the lumen of the ciliary doublet microtubule (DMT)
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 40.1 Å
データ登録者Stoddard D / Zhao Y / Bayless B / Gui L / Louka P / Dave D / Surwayanshi S / Tomasi R / Dupuis-Williams P / Baroud C ...Stoddard D / Zhao Y / Bayless B / Gui L / Louka P / Dave D / Surwayanshi S / Tomasi R / Dupuis-Williams P / Baroud C / Gaertig J / Winey M / Nicastro D
引用ジャーナル: Mol Biol Cell / 年: 2018
タイトル: Tetrahymena RIB72A and RIB72B are microtubule inner proteins in the ciliary doublet microtubules.
著者: Daniel Stoddard / Ying Zhao / Brian A Bayless / Long Gui / Panagiota Louka / Drashti Dave / Swati Suryawanshi / Raphaël F-X Tomasi / Pascale Dupuis-Williams / Charles N Baroud / Jacek ...著者: Daniel Stoddard / Ying Zhao / Brian A Bayless / Long Gui / Panagiota Louka / Drashti Dave / Swati Suryawanshi / Raphaël F-X Tomasi / Pascale Dupuis-Williams / Charles N Baroud / Jacek Gaertig / Mark Winey / Daniela Nicastro /
要旨: Doublet and triplet microtubules are essential and highly stable core structures of centrioles, basal bodies, cilia, and flagella. In contrast to dynamic cytoplasmic micro-tubules, their luminal ...Doublet and triplet microtubules are essential and highly stable core structures of centrioles, basal bodies, cilia, and flagella. In contrast to dynamic cytoplasmic micro-tubules, their luminal surface is coated with regularly arranged microtubule inner proteins (MIPs). However, the protein composition and biological function(s) of MIPs remain poorly understood. Using genetic, biochemical, and imaging techniques, we identified Tetrahymena RIB72A and RIB72B proteins as ciliary MIPs. Fluorescence imaging of tagged RIB72A and RIB72B showed that both proteins colocalize to Tetrahymena cilia and basal bodies but assemble independently. Cryoelectron tomography of RIB72A and/or RIB72B knockout strains revealed major structural defects in the ciliary A-tubule involving MIP1, MIP4, and MIP6 structures. The defects of individual mutants were complementary in the double mutant. All mutants had reduced swimming speed and ciliary beat frequencies, and high-speed video imaging revealed abnormal highly curved cilia during power stroke. Our results show that RIB72A and RIB72B are crucial for the structural assembly of ciliary A-tubule MIPs and are important for proper ciliary motility.
履歴
登録2018年4月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年5月16日-
マップ公開2018年9月5日-
更新2018年10月24日-
現状2018年10月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 126
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 126
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7811.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7811.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Rib72B_KO_702
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
10.77 Å/pix.
x 100 pix.
= 1077. Å		10.77 Å/pix.
x 100 pix.
= 1077. Å		10.77 Å/pix.
x 100 pix.
= 1077. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 10.77 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 126. / ムービー #1: 126
最小 - 最大79.182220000000001 - 173.568600000000004
平均 (標準偏差)120.145256000000003 (±10.237954999999999)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ100100100
Spacing100100100
セルA=B=C: 1077.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z10.7710.7710.77
M x/y/z100100100
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1077.0001077.0001077.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS100100100
D min/max/mean79.182173.569120.145

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Subtomogram average (702 axonemal repeats) of isolated Rib72B kno...

全体名称: Subtomogram average (702 axonemal repeats) of isolated Rib72B knock out Tetrahymena cilia showing the lumen of the ciliary doublet microtubule (DMT)
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Subtomogram average (702 axonemal repeats) of isolated Rib72B knock out Tetrahymena cilia showing the lumen of the ciliary doublet microtubule (DMT)

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超分子 #1: Subtomogram average (702 axonemal repeats) of isolated Rib72B kno...

超分子名称: Subtomogram average (702 axonemal repeats) of isolated Rib72B knock out Tetrahymena cilia showing the lumen of the ciliary doublet microtubule (DMT)
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: Rib72B KO

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態tissue

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
30.0 mMC8H18N2O4SHEPES
25.0 mMKCLpotassium chloride
5.0 mMMgSO4magnesium sulfate
1.0 mMEGTA
0.1 mMEDTA

詳細: Solutions were freshly made before use
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 100 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: back-side blotting for 1.5-2.5 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F30
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF 2000
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 1000 (2k x 2k)
平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 8.0 µm / 倍率（補正後）: 13500 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最小 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 40.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用したサブトモグラム数: 702
抽出トモグラム数: 5 / 使用した粒子像数: 702 / ソフトウェア - 名称: MATLAB
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: PEET

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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