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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7806 | |||||||||
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タイトル | Subtomogram average (758 axonemal repeats) of isolated Rib72A knock out Tetrahymena cilia showing the lumen of the ciliary doublet microtubule (DMT) | |||||||||
マップデータ | Rib72AKO | |||||||||
試料 |
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生物種 | Tetrahymena thermophila (真核生物) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 40.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Stoddard D / Zhao Y / Bayless B / Gui L / Louka P / Dave D / Surwayanshi S / Tomasi R / Dupuis-Williams P / Baroud C ...Stoddard D / Zhao Y / Bayless B / Gui L / Louka P / Dave D / Surwayanshi S / Tomasi R / Dupuis-Williams P / Baroud C / Gaertig J / Winey M / Nicastro D | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Biol Cell / 年: 2018 タイトル: Tetrahymena RIB72A and RIB72B are microtubule inner proteins in the ciliary doublet microtubules. 著者: Daniel Stoddard / Ying Zhao / Brian A Bayless / Long Gui / Panagiota Louka / Drashti Dave / Swati Suryawanshi / Raphaël F-X Tomasi / Pascale Dupuis-Williams / Charles N Baroud / Jacek ...著者: Daniel Stoddard / Ying Zhao / Brian A Bayless / Long Gui / Panagiota Louka / Drashti Dave / Swati Suryawanshi / Raphaël F-X Tomasi / Pascale Dupuis-Williams / Charles N Baroud / Jacek Gaertig / Mark Winey / Daniela Nicastro / 要旨: Doublet and triplet microtubules are essential and highly stable core structures of centrioles, basal bodies, cilia, and flagella. In contrast to dynamic cytoplasmic micro-tubules, their luminal ...Doublet and triplet microtubules are essential and highly stable core structures of centrioles, basal bodies, cilia, and flagella. In contrast to dynamic cytoplasmic micro-tubules, their luminal surface is coated with regularly arranged microtubule inner proteins (MIPs). However, the protein composition and biological function(s) of MIPs remain poorly understood. Using genetic, biochemical, and imaging techniques, we identified Tetrahymena RIB72A and RIB72B proteins as ciliary MIPs. Fluorescence imaging of tagged RIB72A and RIB72B showed that both proteins colocalize to Tetrahymena cilia and basal bodies but assemble independently. Cryoelectron tomography of RIB72A and/or RIB72B knockout strains revealed major structural defects in the ciliary A-tubule involving MIP1, MIP4, and MIP6 structures. The defects of individual mutants were complementary in the double mutant. All mutants had reduced swimming speed and ciliary beat frequencies, and high-speed video imaging revealed abnormal highly curved cilia during power stroke. Our results show that RIB72A and RIB72B are crucial for the structural assembly of ciliary A-tubule MIPs and are important for proper ciliary motility. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7806.map.gz | 3.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7806-v30.xml emd-7806.xml | 13 KB 13 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_7806.png | 73.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7806 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7806 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_7806_validation.pdf.gz | 78.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_7806_full_validation.pdf.gz | 77.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_7806_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7806 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7806 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7806.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Rib72AKO | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 10.77 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Subtomogram average (758 axonemal repeats) of isolated Rib72A kno...
全体 | 名称: Subtomogram average (758 axonemal repeats) of isolated Rib72A knock out Tetrahymena cilia showing the lumen of the ciliary doublet microtubule (DMT) |
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要素 |
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-超分子 #1: Subtomogram average (758 axonemal repeats) of isolated Rib72A kno...
超分子 | 名称: Subtomogram average (758 axonemal repeats) of isolated Rib72A knock out Tetrahymena cilia showing the lumen of the ciliary doublet microtubule (DMT) タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) / 株: Rib72A/B KO |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | tissue |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: Solutions were freshly made before use | ||||||||||||||||||
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 100 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER 詳細: back-side blotting for 1.5-2.5 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F30 |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF 2000 エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 1000 (2k x 2k) 平均電子線量: 1.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 8.0 µm / 倍率(補正後): 13500 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最小 デフォーカス(公称値): 6.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 40.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用したサブトモグラム数: 758 |
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抽出 | トモグラム数: 5 / 使用した粒子像数: 758 / ソフトウェア - 名称: MATLAB |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: PEET |