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万見
- EMDB-7788: Insulin Receptor ectodomain in complex with two insulin molecules... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7788
タイトルInsulin Receptor ectodomain in complex with two insulin molecules plunged with a spot-to-plunge time of 200 ms
マップデータCryoSPARC auto-generated sharpened full map from the last iteration of independent refinement.
試料
  • 複合体: Insulin Receptor Ectodomain in complex with two insulin molecules
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.93 Å
データ登録者Noble AJ / Wei H / Dandey VP / Zhang Z / Potter CS / Carragher B
引用ジャーナル: Nat Methods / 年: 2018
タイトル: Reducing effects of particle adsorption to the air-water interface in cryo-EM.
著者: Alex J Noble / Hui Wei / Venkata P Dandey / Zhening Zhang / Yong Zi Tan / Clinton S Potter / Bridget Carragher /
要旨: Most protein particles prepared in vitreous ice for single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) are adsorbed to air-water or substrate-water interfaces, which can cause the particles to adopt ...Most protein particles prepared in vitreous ice for single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) are adsorbed to air-water or substrate-water interfaces, which can cause the particles to adopt preferred orientations. By using a rapid plunge-freezing robot and nanowire grids, we were able to reduce some of the deleterious effects of the air-water interface by decreasing the dwell time of particles in thin liquid films. We demonstrated this by using single-particle cryo-EM and cryo-electron tomography (cryo-ET) to examine hemagglutinin, insulin receptor complex, and apoferritin.
履歴
登録2018年4月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年5月23日-
マップ公開2018年5月23日-
更新2018年10月10日-
現状2018年10月10日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.614
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.614
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7788.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7788.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoSPARC auto-generated sharpened full map from the last iteration of independent refinement.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 288 pix.
= 316.8 Å		1.1 Å/pix.
x 288 pix.
= 316.8 Å		1.1 Å/pix.
x 288 pix.
= 316.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.614 / ムービー #1: 0.614
最小 - 最大-0.3421783 - 1.3880165
平均 (標準偏差)0.0053676306 (±0.050904404)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 316.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z288288288
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z316.800316.800316.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS288288288
D min/max/mean-0.3421.3880.005

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_7788_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: CryoSPARC auto-generated half-map from the last iteration of...

ファイルemd_7788_half_map_1.map
注釈CryoSPARC auto-generated half-map from the last iteration of independent refinement.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: CryoSPARC auto-generated half-map from the last iteration of...

ファイルemd_7788_half_map_2.map
注釈CryoSPARC auto-generated half-map from the last iteration of independent refinement.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Insulin Receptor Ectodomain in complex with two insulin molecules

全体名称: Insulin Receptor Ectodomain in complex with two insulin molecules
要素
  • 複合体: Insulin Receptor Ectodomain in complex with two insulin molecules

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超分子 #1: Insulin Receptor Ectodomain in complex with two insulin molecules

超分子名称: Insulin Receptor Ectodomain in complex with two insulin molecules
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量実験値: 215 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Homemade
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER
詳細: 200 ms spot-to-plunge time. The value given for _emd_vitrification.instrument is SPOTITON. This is not in a list of allowed values set(['LEICA EM CPC', 'GATAN CRYOPLUNGE 3', 'LEICA PLUNGER', ...詳細: 200 ms spot-to-plunge time. The value given for _emd_vitrification.instrument is SPOTITON. This is not in a list of allowed values set(['LEICA EM CPC', 'GATAN CRYOPLUNGE 3', 'LEICA PLUNGER', 'FEI VITROBOT MARK II', 'HOMEMADE PLUNGER', 'REICHERT-JUNG PLUNGER', 'FEI VITROBOT MARK I', 'LEICA KF80', 'FEI VITROBOT MARK III', 'LEICA EM GP', 'OTHER', 'FEI VITROBOT MARK IV']) so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系球面収差補正装置: Corrected so that Cs is as close to 0 as possible.
エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 66.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 83513
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: CryoSPARC ab-initio
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.93 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 0.6.5) / 使用した粒子像数: 40390
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 0.6.5) / 詳細: CryoSPARC SGD
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 0.6.5) / 詳細: CryoSPARC SGD
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 0.6.5)
詳細: The best-looking class was used for full refinement.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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