[日本語] English
万見
- EMDB-7785: Cryo-EM structure of a Plasmodium vivax invasion complex essentia... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7785
タイトルCryo-EM structure of a Plasmodium vivax invasion complex essential for entry into human reticulocytes; two molecules of parasite ligand, subclass 2.
マップデータStructural insight into specificity of human malaria parasite Plasmodium vivax towards reticulocytes; two molecules of parasite ligand, subclass 2.
試料
  • 複合体: ternary complex between human transferrin receptor 1, transferrin and Plasmodium vivax reticulocyte-binding protein 2b
    • タンパク質・ペプチド: Transferrin receptor protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Serotransferrin
    • タンパク質・ペプチド: Reticulocyte binding protein 2, putative
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: CARBONATE ION
キーワードmalaria / Plasmodium vivax / reticulocyte / invasion / CELL INVASION
機能・相同性
機能・相同性情報


transferrin receptor activity / postsynaptic recycling endosome membrane / negative regulation of mitochondrial fusion / iron chaperone activity / transferrin transport / transferrin receptor binding / Transferrin endocytosis and recycling / positive regulation of isotype switching / basal part of cell / response to copper ion ...transferrin receptor activity / postsynaptic recycling endosome membrane / negative regulation of mitochondrial fusion / iron chaperone activity / transferrin transport / transferrin receptor binding / Transferrin endocytosis and recycling / positive regulation of isotype switching / basal part of cell / response to copper ion / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / response to iron ion / response to manganese ion / RND1 GTPase cycle / RND2 GTPase cycle / positive regulation of cell motility / RHOB GTPase cycle / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / RHOC GTPase cycle / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / CDC42 GTPase cycle / RHOH GTPase cycle / RHOG GTPase cycle / endocytic vesicle / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / positive regulation of bone resorption / regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels / transport across blood-brain barrier / response to retinoic acid / positive regulation of phosphorylation / positive regulation of T cell proliferation / clathrin-coated pit / positive regulation of B cell proliferation / RAC1 GTPase cycle / response to nutrient / ERK1 and ERK2 cascade / Hsp70 protein binding / ferric iron binding / osteoclast differentiation / cellular response to leukemia inhibitory factor / actin filament organization / basal plasma membrane / acute-phase response / cellular response to iron ion / Post-translational protein phosphorylation / positive regulation of protein-containing complex assembly / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / Iron uptake and transport / regulation of iron ion transport / HFE-transferrin receptor complex / ferrous iron binding / regulation of protein stability / recycling endosome / receptor internalization / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / positive regulation of protein localization to nucleus / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / recycling endosome membrane / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / antibacterial humoral response / late endosome / melanosome / Platelet degranulation / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / cellular response to xenobiotic stimulus / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / extracellular vesicle / double-stranded RNA binding / Clathrin-mediated endocytosis / iron ion transport / virus receptor activity / cytoplasmic vesicle / basolateral plasma membrane / secretory granule lumen / vesicle / blood microparticle / transmembrane transporter binding / intracellular iron ion homeostasis / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / early endosome / response to hypoxia / endosome / endosome membrane / intracellular signal transduction / apical plasma membrane / endoplasmic reticulum lumen / external side of plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of gene expression / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / enzyme binding / cell surface
類似検索 - 分子機能
NBD94 domain / Nucleotide-Binding Domain 94 of RH / Transferrin receptor protein 1/2, PA domain / Serotransferrin, mammalian / Transferrin receptor-like, dimerisation domain / Transferrin receptor-like, dimerisation domain superfamily / Glutamate carboxypeptidase 2-like / Transferrin receptor-like dimerisation domain / PA domain superfamily / PA domain ...NBD94 domain / Nucleotide-Binding Domain 94 of RH / Transferrin receptor protein 1/2, PA domain / Serotransferrin, mammalian / Transferrin receptor-like, dimerisation domain / Transferrin receptor-like, dimerisation domain superfamily / Glutamate carboxypeptidase 2-like / Transferrin receptor-like dimerisation domain / PA domain superfamily / PA domain / PA domain / Transferrin-like domain signature 2. / Transferrin family, iron binding site / Transferrin-like domain signature 1. / Transferrin-like domain signature 3. / Transferrin / Transferrin-like domain / Transferrin / Transferrin-like domain profile. / Transferrin / Peptidase M28 / Peptidase family M28
類似検索 - ドメイン・相同性
Reticulocyte binding protein 2, putative / Transferrin receptor protein 1 / Serotransferrin
類似検索 - 構成要素
生物種homo sapiens (ヒト) / Homo sapiens (ヒト) / Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Gruszczyk J / Huang RK
引用ジャーナル: Nature / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM structure of an essential Plasmodium vivax invasion complex.
著者: Jakub Gruszczyk / Rick K Huang / Li-Jin Chan / Sébastien Menant / Chuan Hong / James M Murphy / Yee-Foong Mok / Michael D W Griffin / Richard D Pearson / Wilson Wong / Alan F Cowman / ...著者: Jakub Gruszczyk / Rick K Huang / Li-Jin Chan / Sébastien Menant / Chuan Hong / James M Murphy / Yee-Foong Mok / Michael D W Griffin / Richard D Pearson / Wilson Wong / Alan F Cowman / Zhiheng Yu / Wai-Hong Tham /
要旨: Plasmodium vivax is the most widely distributed malaria parasite that infects humans. P. vivax invades reticulocytes exclusively, and successful entry depends on specific interactions between the P. ...Plasmodium vivax is the most widely distributed malaria parasite that infects humans. P. vivax invades reticulocytes exclusively, and successful entry depends on specific interactions between the P. vivax reticulocyte-binding protein 2b (PvRBP2b) and transferrin receptor 1 (TfR1). TfR1-deficient erythroid cells are refractory to invasion by P. vivax, and anti-PvRBP2b monoclonal antibodies inhibit reticulocyte binding and block P. vivax invasion in field isolates. Here we report a high-resolution cryo-electron microscopy structure of a ternary complex of PvRBP2b bound to human TfR1 and transferrin, at 3.7 Å resolution. Mutational analyses show that PvRBP2b residues involved in complex formation are conserved; this suggests that antigens could be designed that act across P. vivax strains. Functional analyses of TfR1 highlight how P. vivax hijacks TfR1, an essential housekeeping protein, by binding to sites that govern host specificity, without affecting its cellular function of transporting iron. Crystal and solution structures of PvRBP2b in complex with antibody fragments characterize the inhibitory epitopes. Our results establish a structural framework for understanding how P. vivax reticulocyte-binding protein engages its receptor and the molecular mechanism of inhibitory monoclonal antibodies, providing important information for the design of novel vaccine candidates.
履歴
登録2018年4月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年4月18日-
マップ公開2018年6月20日-
更新2024年11月20日-
現状2024年11月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.073
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.073
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6d05
  • 表面レベル: 0.073
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7785.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7785.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structural insight into specificity of human malaria parasite Plasmodium vivax towards reticulocytes; two molecules of parasite ligand, subclass 2.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 180 pix.
= 243. Å		1.35 Å/pix.
x 180 pix.
= 243. Å		1.35 Å/pix.
x 180 pix.
= 243. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.073 / ムービー #1: 0.073
最小 - 最大-0.19602607 - 0.31622618
平均 (標準偏差)0.0022096802 (±0.013859668)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 243.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z180180180
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z243.000243.000243.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS180180180
D min/max/mean-0.1960.3160.002

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : ternary complex between human transferrin receptor 1, transferrin...

全体名称: ternary complex between human transferrin receptor 1, transferrin and Plasmodium vivax reticulocyte-binding protein 2b
要素
  • 複合体: ternary complex between human transferrin receptor 1, transferrin and Plasmodium vivax reticulocyte-binding protein 2b
    • タンパク質・ペプチド: Transferrin receptor protein 1
    • タンパク質・ペプチド: Serotransferrin
    • タンパク質・ペプチド: Reticulocyte binding protein 2, putative
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: CARBONATE ION

-
超分子 #1: ternary complex between human transferrin receptor 1, transferrin...

超分子名称: ternary complex between human transferrin receptor 1, transferrin and Plasmodium vivax reticulocyte-binding protein 2b
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 / 詳細: two molecules of parasite ligand, subclass 2
由来(天然)生物種: homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Transferrin receptor protein 1

分子名称: Transferrin receptor protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 73.940477 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: ADPHHHHHHS SGIEGRGEFR LYWDDLKRKL SEKLDSTDFT STIKLLNENS YVPREAGSQK DENLALYVEN QFREFKLSKV WRDQHFVKI QVKDSAQNSV IIVDKNGRLV YLVENPGGYV AYSKAATVTG KLVHANFGTK KDFEDLYTPV NGSIVIVRAG K ITFAEKVA ...文字列:
ADPHHHHHHS SGIEGRGEFR LYWDDLKRKL SEKLDSTDFT STIKLLNENS YVPREAGSQK DENLALYVEN QFREFKLSKV WRDQHFVKI QVKDSAQNSV IIVDKNGRLV YLVENPGGYV AYSKAATVTG KLVHANFGTK KDFEDLYTPV NGSIVIVRAG K ITFAEKVA NAESLNAIGV LIYMDQTKFP IVNAELSFFG HAHLGTGDPY TPGFPSFNHT QFPPSRSSGL PNIPVQTISR AA AEKLFGN MEGDCPSDWK TDSTCRMVTS ESKNVKLTVS NVLKEIKILN IFGVIKGFVE PDHYVVVGAQ RDAWGPGAAK SGV GTALLL KLAQMFSDMV LKDGFQPSRS IIFASWSAGD FGSVGATEWL EGYLSSLHLK AFTYINLDKA VLGTSNFKVS ASPL LYTLI EKTMQNVKHP VTGQFLYQDS NWASKVEKLT LDNAAFPFLA YSGIPAVSFC FCEDTDYPYL GTTMDTYKEL IERIP ELNK VARAAAEVAG QFVIKLTHDV ELNLDYERYN SQLLSFVRDL NQYRADIKEM GLSLQWLYSA RGDFFRATSR LTTDFG NAE KTDRFVMKKL NDRVMRVEYH FLSPYVSPKE SPFRHVFWGS GSHTLPALLE NLKLRKQNNG AFNETLFRNQ LALATWT IQ GAANALSGDV WDIDNEF

UniProtKB: Transferrin receptor protein 1

-
分子 #2: Serotransferrin

分子名称: Serotransferrin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 77.153906 KDa
配列文字列: MRLAVGALLV CAVLGLCLAV PDKTVRWCAV SEHEATKCQS FRDHMKSVIP SDGPSVACVK KASYLDCIRA IAANEADAVT LDAGLVYDA YLAPNNLKPV VAEFYGSKED PQTFYYAVAV VKKDSGFQMN QLRGKKSCHT GLGRSAGWNI PIGLLYCDLP E PRKPLEKA ...文字列:
MRLAVGALLV CAVLGLCLAV PDKTVRWCAV SEHEATKCQS FRDHMKSVIP SDGPSVACVK KASYLDCIRA IAANEADAVT LDAGLVYDA YLAPNNLKPV VAEFYGSKED PQTFYYAVAV VKKDSGFQMN QLRGKKSCHT GLGRSAGWNI PIGLLYCDLP E PRKPLEKA VANFFSGSCA PCADGTDFPQ LCQLCPGCGC STLNQYFGYS GAFKCLKDGA GDVAFVKHST IFENLANKAD RD QYELLCL DNTRKPVDEY KDCHLAQVPS HTVVARSMGG KEDLIWELLN QAQEHFGKDK SKEFQLFSSP HGKDLLFKDS AHG FLKVPP RMDAKMYLGY EYVTAIRNLR EGTCPEAPTD ECKPVKWCAL SHHERLKCDE WSVNSVGKIE CVSAETTEDC IAKI MNGEA DAMSLDGGFV YIAGKCGLVP VLAENYNKSD NCEDTPEAGY FAVAVVKKSA SDLTWDNLKG KKSCHTAVGR TAGWN IPMG LLYNKINHCR FDEFFSEGCA PGSKKDSSLC KLCMGSGLNL CEPNNKEGYY GYTGAFRCLV EKGDVAFVKH QTVPQN TGG KNPDPWAKNL NEKDYELLCL DGTRKPVEEY ANCHLARAPN HAVVTRKDKE ACVHKILRQQ QHLFGSNVTD CSGNFCL FR SETKDLLFRD DTVCLAKLHD RNTYEKYLGE EYVKAVGNLR KCSTSSLLEA CTFRRP

UniProtKB: Serotransferrin

-
分子 #3: Reticulocyte binding protein 2, putative

分子名称: Reticulocyte binding protein 2, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Plasmodium vivax (マラリア 病原虫) / 株: Salvador I
分子量理論値: 96.798477 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GAMGSMHIPI QPSPESTQST NTTDNIDYFD ISDESNYYLI SQLRPHFSNI YFFDEFKRYA SYHTEIKRYE DIHKTKVNSL LNEASRAIG ICNRAKNTVK GLINILENPQ KFKTQRESYD VKLRQYEEKK EAFRGCLLNK NRKNLDQIKK INNEIRDLLE K LKCSQDCQ ...文字列:
GAMGSMHIPI QPSPESTQST NTTDNIDYFD ISDESNYYLI SQLRPHFSNI YFFDEFKRYA SYHTEIKRYE DIHKTKVNSL LNEASRAIG ICNRAKNTVK GLINILENPQ KFKTQRESYD VKLRQYEEKK EAFRGCLLNK NRKNLDQIKK INNEIRDLLE K LKCSQDCQ TNVYFDMIKI YLVDFKKMPY ENYDTFIKQY KNSYLSGVDM IRKIEKQIDN PVTINAIKFT QKEMGYIIDR FE YHLQKVK HSIDQVTALS DGVKPKQVTK NRLKEYYFNI GNYYSIFKFG KDSLNMLNKA LIHKEKIVHN LLGELFGHLE ERI SKLIDS EYFITESNNI ISQSEETLKL AEDVYDKNTK LIEDLTLYPH LEINEFKKDY DNNVEDLRES IIYIQSYVSS IKSA YRYNV LEKDSVESKQ KNIPANSNAQ KKVDELLSII DSISYSNFSV AENFQKMKDY YKEIEKLKIK ILQLIEAIKK YQQHV EELI NKEKAVAILK EDINKIIEYI KGIIEKLKQL ISANKDFDKI FQQVEQLINE ALFNKDQFEH NKNDLHTKMK EIMHTF HER DLQQFLDNMS KFLKDQEASY QNADSKEKLD QLLTTVKAKQ DELKEMKCDD IPDIIDNLKK ESQNVLNLKD EVINKQF EN MRTEMSSSLD QMTKEYNALK SSIEEYEAEK KGIENHKQNI IKRKNTFIVA EHENDEDVPE GKNTYNEFIS NKDTILQK E SAISNQMNTL EEKKRNRKTT LQTYGDAIQK LETYTEKKDE ETKVLLDKFN TEVENFKLDE DEKSFNDAKS IVSNTINEV ENENKNIDSI KKVNIAMKRS

UniProtKB: Reticulocyte binding protein 2, putative

-
分子 #5: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

-
分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

-
分子 #7: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 4 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

-
分子 #8: CARBONATE ION

分子名称: CARBONATE ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 4 / 式: CO3
分子量理論値: 60.009 Da
Chemical component information

ChemComp-CO3:
CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式
20.0 mMNaHEPES
100.0 mMNaCl
50.0 mMNaHCO3
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 15.0 sec. / 平均電子線量: 80.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

1suv

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 302858
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る