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万見
- EMDB-7637: Cytoplasmic domain of mTRPC6 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7637
タイトルCytoplasmic domain of mTRPC6
マップデータCytoplasmic domain of mTRPC6
試料
  • 複合体: cytoplasmic domain of TRPC6
    • タンパク質・ペプチド: Short transient receptor potential channel 6
キーワードIon Channel / Membrane Protein / TRP Channel / TRPC6 / focal segmental glomerulosclerosis / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Elevation of cytosolic Ca2+ levels / Effects of PIP2 hydrolysis / negative regulation of dendrite morphogenesis / slit diaphragm / store-operated calcium channel activity / cation channel complex / TRP channels / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / positive regulation of calcium ion transport / actinin binding ...Elevation of cytosolic Ca2+ levels / Effects of PIP2 hydrolysis / negative regulation of dendrite morphogenesis / slit diaphragm / store-operated calcium channel activity / cation channel complex / TRP channels / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / positive regulation of calcium ion transport / actinin binding / clathrin binding / monoatomic ion channel activity / single fertilization / monoatomic cation channel activity / regulation of cytosolic calcium ion concentration / positive regulation of neuron differentiation / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / cellular response to hydrogen peroxide / actin binding / ATPase binding / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / protein homodimerization activity / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential channel, canonical 6 / Transient receptor ion channel domain / Transient receptor ion channel II / Transient receptor ion channel II / Transient receptor potential channel, canonical / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat ...Transient receptor potential channel, canonical 6 / Transient receptor ion channel domain / Transient receptor ion channel II / Transient receptor ion channel II / Transient receptor potential channel, canonical / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Short transient receptor potential channel 6
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Azumaya CM / Sierra-Valdez FJ
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/Eunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health & Human Development (NIH/NICHD)R01HD061543 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM125629 米国
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM structure of the cytoplasmic domain of murine transient receptor potential cation channel subfamily C member 6 (TRPC6).
著者: Caleigh M Azumaya / Francisco Sierra-Valdez / Julio F Cordero-Morales / Terunaga Nakagawa /
要旨: The kidney maintains the internal milieu by regulating the retention and excretion of proteins, ions, and small molecules. The glomerular podocyte forms the slit diaphragm of the ultrafiltration ...The kidney maintains the internal milieu by regulating the retention and excretion of proteins, ions, and small molecules. The glomerular podocyte forms the slit diaphragm of the ultrafiltration filter, whose damage leads to progressive kidney failure and focal segmental glomerulosclerosis (FSGS). The canonical transient receptor potential 6 (TRPC6) ion channel is expressed in the podocyte, and mutations in its cytoplasmic domain cause FSGS in humans. evaluation of disease-causing mutations in TRPC6 has revealed that these genetic alterations result in abnormal ion channel gating. However, the mechanism whereby the cytoplasmic domain modulates TRPC6 function is largely unknown. Here, we report a cryo-EM structure of the cytoplasmic domain of murine TRPC6 at 3.8 Å resolution. The cytoplasmic fold of TRPC6 is characterized by an inverted dome-like chamber pierced by four radial horizontal helices that converge into a vertical coiled-coil at the central axis. Unlike other TRP channels, TRPC6 displays a unique domain swap that occurs at the junction of the horizontal helices and coiled-coil. Multiple FSGS mutations converge at the buried interface between the vertical coiled-coil and the ankyrin repeats, which form the dome, suggesting these regions are critical for allosteric gating modulation. This functionally critical interface is a potential target for drug design. Importantly, dysfunction in other family members leads to learning deficits (TRPC1/4/5) and ataxia (TRPC3). Our data provide a structural framework for the mechanistic investigation of the TRPC family.
履歴
登録2018年3月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年4月18日-
マップ公開2018年5月23日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0554
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0554
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6cv9
  • 表面レベル: 0.0554
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7637.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7637.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cytoplasmic domain of mTRPC6
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.41 Å/pix.
x 256 pix.
= 360.96 Å		1.41 Å/pix.
x 256 pix.
= 360.96 Å		1.41 Å/pix.
x 256 pix.
= 360.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.41 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0554 / ムービー #1: 0.0554
最小 - 最大-0.12568067 - 0.27699384
平均 (標準偏差)0.00030024402 (±0.005390558)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 360.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.411.411.41
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z360.960360.960360.960
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ242496
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.1260.2770.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_7637_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Halfmap1 for cytoplasmic domain of mTRPC6

ファイルemd_7637_half_map_1.map
注釈Halfmap1 for cytoplasmic domain of mTRPC6
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Halfmap2 for cytoplasmic domain of mTRPC6

ファイルemd_7637_half_map_2.map
注釈Halfmap2 for cytoplasmic domain of mTRPC6
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : cytoplasmic domain of TRPC6

全体名称: cytoplasmic domain of TRPC6
要素
  • 複合体: cytoplasmic domain of TRPC6
    • タンパク質・ペプチド: Short transient receptor potential channel 6

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超分子 #1: cytoplasmic domain of TRPC6

超分子名称: cytoplasmic domain of TRPC6 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 144 KDa

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分子 #1: Short transient receptor potential channel 6

分子名称: Short transient receptor potential channel 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 96.671375 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: AMGSMLSIEE ERFLDAAEYG NIPVVRKMLE ECHSLNVNCV DYMGQNALQL AVANEHLEIT ELLLKKENLS RVGDALLLAI SKGYVRIVE AILNHPAFAE GKRLATSPSQ SELQQDDFYA YDEDGTRFSH DVTPIILAAH CQEYEIVHTL LRKGARIERP H DYFCKCTE ...文字列:
AMGSMLSIEE ERFLDAAEYG NIPVVRKMLE ECHSLNVNCV DYMGQNALQL AVANEHLEIT ELLLKKENLS RVGDALLLAI SKGYVRIVE AILNHPAFAE GKRLATSPSQ SELQQDDFYA YDEDGTRFSH DVTPIILAAH CQEYEIVHTL LRKGARIERP H DYFCKCTE CSQKQKHDSF SHSRSRINAY KGLASPAYLS LSSEDPVMTA LELSNELAVL ANIEKEFKND YRKLSMQCKD FV VGLLDLC RNTEEVEAIL NGDAETRQPG DFGRPNLSRL KLAIKYEVKK FVAHPNCQQQ LLSIWYENLS GLRQQTMAVK FLV VLAVAI GLPFLALIYW CAPCSKMGKI LRGPFMKFVA HAASFTIFLG LLVMNAADRF EGTKLLPNET STDNARQLFR MKTS CFSWM EMLIISWVIG MIWAECKEIW TQGPKEYLFE LWNMLDFGML AIFAASFIAR FMAFWHASKA QSIIDANDTL KDLTK VTLG DNVKYYNLAR IKWDPTDPQI ISEGLYAIAV VLSFSRIAYI LPANESFGPL QISLGRTVKD IFKFMVIFIM VFVAFM IGM FNLYSYYIGA KQNEAFTTVE ESFKTLFWAI FGLSEVKSVV INYNHKFIEN IGYVLYGVYN VTMVIVLLNM LIAMINS SF QEIEDDADVE WKFARAKLWF SYFEEGRTLP VPFNLVPSPK SLLYLLLKFK KWMCELIQGQ KQGFQEDAEM NKRNEEKK F GISGSHEDLS KFSLDKNQLA HNKQSSTRSS EDYHLNSFSN PPRQYQKIMK RLIKRYVLQA QIDKESDEVN EGELKEIKQ DISSLRYELL EEKSQNTEDL AELIRKLGER LSLEPKLEES RR

UniProtKB: Short transient receptor potential channel 6

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
4.0 mMTCEPtris(2-carboxyethyl)phosphine
20.0 mMHEPES4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
グリッドモデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 25 mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細: blotted for 8 seconds, 3 filter papers on each side.
詳細Monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系球面収差補正装置: Microscope was modified with a Cs aberration corrector
エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-30 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 2618 / 平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 46.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.001 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 89000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 663034
初期モデルモデルのタイプ: RANDOM CONICAL TILT / Random conical tilt - Tilt angle: 50 degrees
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 67280
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 3次元分類クラス数: 200 / 平均メンバー数/クラス: 2500 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 113 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6cv9:
Cytoplasmic domain of mTRPC6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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