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- EMDB-7627: Apoferritin 0.5 mM TCEP with spot-to-plunge time of 170ms -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7627
タイトルApoferritin 0.5 mM TCEP with spot-to-plunge time of 170ms
マップデータApoferritin 0.5 mM TCEP with spot-to-plunge time of 170ms
試料
  • 複合体: Apoferritin
生物種Tabanus atratus (昆虫)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Noble AJ / Wei H / Dandey VP / Zhang Z / Potter CS / Carragher B
引用ジャーナル: Nat Methods / 年: 2018
タイトル: Reducing effects of particle adsorption to the air-water interface in cryo-EM.
著者: Alex J Noble / Hui Wei / Venkata P Dandey / Zhening Zhang / Yong Zi Tan / Clinton S Potter / Bridget Carragher /
要旨: Most protein particles prepared in vitreous ice for single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) are adsorbed to air-water or substrate-water interfaces, which can cause the particles to adopt ...Most protein particles prepared in vitreous ice for single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) are adsorbed to air-water or substrate-water interfaces, which can cause the particles to adopt preferred orientations. By using a rapid plunge-freezing robot and nanowire grids, we were able to reduce some of the deleterious effects of the air-water interface by decreasing the dwell time of particles in thin liquid films. We demonstrated this by using single-particle cryo-EM and cryo-electron tomography (cryo-ET) to examine hemagglutinin, insulin receptor complex, and apoferritin.
履歴
登録2018年3月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年4月4日-
マップ公開2018年4月4日-
更新2018年10月17日-
現状2018年10月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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ムービービューア
添付画像

emd_7627.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7627.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.5 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Apoferritin 0.5 mM TCEP with spot-to-plunge time of 170ms
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.34 Å/pix.
x 300 pix.
= 702. Å		2.34 Å/pix.
x 1320 pix.
= 3088.8 Å		2.34 Å/pix.
x 1030 pix.
= 2410.2 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.34 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-0.05555154 - 0.11568687
平均 (標準偏差)0.023998505 (±0.0065333275)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin00-128
サイズ13201030300
Spacing10301320300
セルA: 2410.2 Å / B: 3088.7998 Å / C: 702.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.342.342.34
M x/y/z10301320300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z2410.2003088.800702.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ450450450
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS00-128
NC/NR/NS10301320300
D min/max/mean-0.0560.1160.024

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Apoferritin

全体名称: Apoferritin
要素
  • 複合体: Apoferritin

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超分子 #1: Apoferritin

超分子名称: Apoferritin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: with 0.5 mM TCEP
由来(天然)生物種: Tabanus atratus (昆虫)
組換発現生物種: unidentified (未定義)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度15 mg/mL
緩衝液pH: 0.0001
グリッドモデル: Homemade
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER
詳細: The value given for _emd_vitrification.instrument is SPOTITON. This is not in a list of allowed values set(['LEICA EM CPC', 'GATAN CRYOPLUNGE 3', 'LEICA PLUNGER', 'FEI VITROBOT MARK II', ...詳細: The value given for _emd_vitrification.instrument is SPOTITON. This is not in a list of allowed values set(['LEICA EM CPC', 'GATAN CRYOPLUNGE 3', 'LEICA PLUNGER', 'FEI VITROBOT MARK II', 'HOMEMADE PLUNGER', 'REICHERT-JUNG PLUNGER', 'FEI VITROBOT MARK I', 'LEICA KF80', 'FEI VITROBOT MARK III', 'LEICA EM GP', 'OTHER', 'FEI VITROBOT MARK IV']) so OTHER is written into the XML file.
切片作成その他: NO SECTIONING

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: SIMULTANEOUS ITERATIVE (SIRT) / ソフトウェア - 名称: TOMO3D / ソフトウェア - 詳細: SIRT, 30 iterations / 使用した粒子像数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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