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- EMDB-7620: Structure of the human TRPC3 in a lipid-occupied, closed state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7620
タイトルStructure of the human TRPC3 in a lipid-occupied, closed state
マップデータStructure of the human TRPC3 in a lipid-occupied, closed state
試料
  • 複合体: TRPC3
    • タンパク質・ペプチド: Short transient receptor potential channel 3
  • リガンド: (2S)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(hexanoyloxy)propyl hexanoate
  • リガンド: (2R)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexanoate
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードCanonical transient receptor potential 3 (TRPC3) lipid-sensitive non-selective cation channel / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Role of second messengers in netrin-1 signaling / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / store-operated calcium channel activity / Effects of PIP2 hydrolysis / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / cation channel complex / calcium-activated cation channel activity / TRP channels / response to ATP ...Role of second messengers in netrin-1 signaling / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / store-operated calcium channel activity / Effects of PIP2 hydrolysis / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / inositol 1,4,5 trisphosphate binding / cation channel complex / calcium-activated cation channel activity / TRP channels / response to ATP / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / single fertilization / phototransduction / regulation of cytosolic calcium ion concentration / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / response to calcium ion / calcium ion transport / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Transient receptor potential channel, canonical 3 / Transient receptor ion channel domain / Transient receptor ion channel II / Transient receptor ion channel II / Transient receptor potential channel, canonical / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily ...Transient receptor potential channel, canonical 3 / Transient receptor ion channel domain / Transient receptor ion channel II / Transient receptor ion channel II / Transient receptor potential channel, canonical / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Short transient receptor potential channel 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Lu W / Du J
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Structure of the human lipid-gated cation channel TRPC3.
著者: Chen Fan / Wooyoung Choi / Weinan Sun / Juan Du / Wei Lü /
要旨: The TRPC channels are crucially involved in store-operated calcium entry and calcium homeostasis, and they are implicated in human diseases such as neurodegenerative disease, cardiac hypertrophy, and ...The TRPC channels are crucially involved in store-operated calcium entry and calcium homeostasis, and they are implicated in human diseases such as neurodegenerative disease, cardiac hypertrophy, and spinocerebellar ataxia. We present a structure of the full-length human TRPC3, a lipid-gated TRPC member, in a lipid-occupied, closed state at 3.3 Angstrom. TRPC3 has four elbow-like membrane reentrant helices prior to the first transmembrane helix. The TRP helix is perpendicular to, and thus disengaged from, the pore-lining S6, suggesting a different gating mechanism from other TRP subfamily channels. The third transmembrane helix S3 is remarkably long, shaping a unique transmembrane domain, and constituting an extracellular domain that may serve as a sensor of external stimuli. We identified two lipid-binding sites, one being sandwiched between the pre-S1 elbow and the S4-S5 linker, and the other being close to the ion-conducting pore, where the conserved LWF motif of the TRPC family is located.
履歴
登録2018年3月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年5月9日-
マップ公開2018年5月16日-
更新2024年10月30日-
現状2024年10月30日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6cud
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7620.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7620.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of the human TRPC3 in a lipid-occupied, closed state
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 384 pix.
= 412.416 Å		1.07 Å/pix.
x 384 pix.
= 412.416 Å		1.07 Å/pix.
x 384 pix.
= 412.416 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.074 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.035 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大-0.07392642 - 0.18155782
平均 (標準偏差)-0.002542153 (±0.0041286475)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 412.41602 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0741.0741.074
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z412.416412.416412.416
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-2216-4
NX/NY/NZ376362
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.0740.182-0.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : TRPC3

全体名称: TRPC3
要素
  • 複合体: TRPC3
    • タンパク質・ペプチド: Short transient receptor potential channel 3
  • リガンド: (2S)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(hexanoyloxy)propyl hexanoate
  • リガンド: (2R)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexanoate
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: TRPC3

超分子名称: TRPC3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 390 KDa

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分子 #1: Short transient receptor potential channel 3

分子名称: Short transient receptor potential channel 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 92.691242 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MREKGRRQAV RGPAFMFNDR GTSLTAEEER FLDAAEYGNI PVVRKMLEES KTLNVNCVDY MGQNALQLAV GNEHLEVTEL LLKKENLAR IGDALLLAIS KGYVRIVEAI LNHPGFAASK RLTLSPCEQE LQDDDFYAYD EDGTRFSPDI TPIILAAHCQ K YEVVHMLL ...文字列:
MREKGRRQAV RGPAFMFNDR GTSLTAEEER FLDAAEYGNI PVVRKMLEES KTLNVNCVDY MGQNALQLAV GNEHLEVTEL LLKKENLAR IGDALLLAIS KGYVRIVEAI LNHPGFAASK RLTLSPCEQE LQDDDFYAYD EDGTRFSPDI TPIILAAHCQ K YEVVHMLL MKGARIERPH DYFCKCGDCM EKQRHDSFSH SRSRINAYKG LASPAYLSLS SEDPVLTALE LSNELAKLAN IE KEFKNDY RKLSMQCKDF VVGVLDLCRD SEEVEAILNG DLESAEPLEV HRHKASLSRV KLAIKYEVKK FVAHPNCQQQ LLT IWYENL SGLREQTIAI KCLVVLVVAL GLPFLAIGYW IAPCSRLGKI LRSPFMKFVA HAASFIIFLG LLVFNASDRF EGIT TLPNI TVTDYPKQIF RVKTTQFTWT EMLIMVWVLG MMWSECKELW LEGPREYILQ LWNVLDFGML SIFIAAFTAR FLAFL QATK AQQYVDSYVQ ESDLSEVTLP PEIQYFTYAR DKWLPSDPQI ISEGLYAIAV VLSFSRIAYI LPANESFGPL QISLGR TVK DIFKFMVLFI MVFFAFMIGM FILYSYYLGA KVNAAFTTVE ESFKTLFWSI FGLSEVTSVV LKYDHKFIEN IGYVLYG IY NVTMVVVLLN MLIAMINSSY QEIEDDSDVE WKFARSKLWL SYFDDGKTLP PPFSLVPSPK SFVYFIMRIV NFPKCRRR R LQKDIEMGMG NSKSRLNLFT QSNSRVFESH SFNSILNQPT RYQQIMKRLI KRYVLKAQVD KENDEVNEGE LKEIKQDIS SLRYEL

UniProtKB: Short transient receptor potential channel 3

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分子 #2: (2S)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(hexanoylo...

分子名称: (2S)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(hexanoyloxy)propyl hexanoate
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: 6OE
分子量理論値: 411.428 Da
Chemical component information

ChemComp-6OE:
(2S)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(hexanoyloxy)propyl hexanoate / (-)-D-1,2-ジヘキサノイン3-(2-アミノエチル)水素ホスファ-ト

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分子 #3: (2R)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexanoate

分子名称: (2R)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexanoate / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: FGJ
分子量理論値: 288.38 Da
Chemical component information

ChemComp-FGJ:
(2R)-3-hydroxypropane-1,2-diyl dihexanoate / 2-O,3-O-ジカプロイル-L-グリセロ-ル

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 6.76 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. 9) / 使用した粒子像数: 143855
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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