+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7518 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The catalytic core of the cryo-EM structure of substrate-bound human telomerase holoenzyme | |||||||||
マップデータ | Map of the telomerase catalytic core | |||||||||
試料 |
| |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Nguyen THD / Tam J / Wu RA / Greber BJ / Toso D / Nogales E / Collins K | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2018 タイトル: Cryo-EM structure of substrate-bound human telomerase holoenzyme. 著者: Thi Hoang Duong Nguyen / Jane Tam / Robert A Wu / Basil J Greber / Daniel Toso / Eva Nogales / Kathleen Collins / 要旨: The enzyme telomerase adds telomeric repeats to chromosome ends to balance the loss of telomeres during genome replication. Telomerase regulation has been implicated in cancer, other human diseases, ...The enzyme telomerase adds telomeric repeats to chromosome ends to balance the loss of telomeres during genome replication. Telomerase regulation has been implicated in cancer, other human diseases, and ageing, but progress towards clinical manipulation of telomerase has been hampered by the lack of structural data. Here we present the cryo-electron microscopy structure of the substrate-bound human telomerase holoenzyme at subnanometre resolution, showing two flexibly RNA-tethered lobes: the catalytic core with telomerase reverse transcriptase (TERT) and conserved motifs of telomerase RNA (hTR), and an H/ACA ribonucleoprotein (RNP). In the catalytic core, RNA encircles TERT, adopting a well-ordered tertiary structure with surprisingly limited protein-RNA interactions. The H/ACA RNP lobe comprises two sets of heterotetrameric H/ACA proteins and one Cajal body protein, TCAB1, representing a pioneering structure of a large eukaryotic family of ribosome and spliceosome biogenesis factors. Our findings provide a structural framework for understanding human telomerase disease mutations and represent an important step towards telomerase-related clinical therapeutics. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7518.map.gz | 225.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-7518-v30.xml emd-7518.xml | 10.6 KB 10.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_7518_fsc.xml | 14.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_7518.png | 105.2 KB | ||
マスクデータ | emd_7518_msk_1.map | 244.1 MB | マスクマップ | |
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7518 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7518 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_7518_validation.pdf.gz | 78.6 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_7518_full_validation.pdf.gz | 77.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_7518_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7518 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7518 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7518.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Map of the telomerase catalytic core | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_7518_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human telomerase holoenzyme in complex with DNA substrate
全体 | 名称: Human telomerase holoenzyme in complex with DNA substrate |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Human telomerase holoenzyme in complex with DNA substrate
超分子 | 名称: Human telomerase holoenzyme in complex with DNA substrate タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Sample was purified from human cells |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
---|---|
グリッド | 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 実像数: 11654 / 平均電子線量: 42.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
---|