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- EMDB-7403: Single-particle reconstruction of DARP14 - A designed protein sca... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7403
タイトルSingle-particle reconstruction of DARP14 - A designed protein scaffold displaying ~17kDa DARPin proteins - Helical extension
マップデータ
試料
  • 複合体: DARP14
    • 複合体: DARP14 - Subunit A
    • 複合体: DARP14 - Subunit B
    • 複合体: DARP14 - DARPin
機能・相同性
機能・相同性情報


5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate delta-isomerase activity / catabolic process / transferase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase / 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase / Cobalamin adenosyltransferase-like / Corrinoid adenosyltransferase, PduO-type / Cobalamin adenosyltransferase / Cobalamin adenosyltransferase-like superfamily / Tautomerase/MIF superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Cobalamin adenosyltransferase-like domain-containing protein / 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物) / Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌) / Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.03 Å
データ登録者Gonen S / Liu Y / Yeates TO / Gonen T
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018
タイトル: Near-atomic cryo-EM imaging of a small protein displayed on a designed scaffolding system.
著者: Yuxi Liu / Shane Gonen / Tamir Gonen / Todd O Yeates /
要旨: Current single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) techniques can produce images of large protein assemblies and macromolecular complexes at atomic level detail without the need for crystal ...Current single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) techniques can produce images of large protein assemblies and macromolecular complexes at atomic level detail without the need for crystal growth. However, proteins of smaller size, typical of those found throughout the cell, are not presently amenable to detailed structural elucidation by cryo-EM. Here we use protein design to create a modular, symmetrical scaffolding system to make protein molecules of typical size suitable for cryo-EM. Using a rigid continuous alpha helical linker, we connect a small 17-kDa protein (DARPin) to a protein subunit that was designed to self-assemble into a cage with cubic symmetry. We show that the resulting construct is amenable to structural analysis by single-particle cryo-EM, allowing us to identify and solve the structure of the attached small protein at near-atomic detail, ranging from 3.5- to 5-Å resolution. The result demonstrates that proteins considerably smaller than the theoretical limit of 50 kDa for cryo-EM can be visualized clearly when arrayed in a rigid fashion on a symmetric designed protein scaffold. Furthermore, because the amino acid sequence of a DARPin can be chosen to confer tight binding to various other protein or nucleic acid molecules, the system provides a future route for imaging diverse macromolecules, potentially broadening the application of cryo-EM to proteins of typical size in the cell.
履歴
登録2018年1月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年2月28日-
マップ公開2018年3月21日-
更新2018年4月11日-
現状2018年4月11日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0016
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0016
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7403.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7403.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.66 Å/pix.
x 320 pix.
= 209.6 Å		0.66 Å/pix.
x 320 pix.
= 209.6 Å		0.66 Å/pix.
x 320 pix.
= 209.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.655 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0016 / ムービー #1: 0.0016
最小 - 最大-0.0024018863 - 0.010321523
平均 (標準偏差)0.00018426872 (±0.00093877496)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 209.59999 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.6550.6550.655
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z209.600209.600209.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0020.0100.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : DARP14

全体名称: DARP14
要素
  • 複合体: DARP14
    • 複合体: DARP14 - Subunit A
    • 複合体: DARP14 - Subunit B
    • 複合体: DARP14 - DARPin

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超分子 #1: DARP14

超分子名称: DARP14 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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超分子 #2: DARP14 - Subunit A

超分子名称: DARP14 - Subunit A / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Pyrococcus horikoshii OT3 (古細菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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超分子 #3: DARP14 - Subunit B

超分子名称: DARP14 - Subunit B / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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超分子 #4: DARP14 - DARPin

超分子名称: DARP14 - DARPin / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: T (正4面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 18385
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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