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- EMDB-73900: Gated state sheep connexin-46/50 in DMPC nanodiscs at neutral pH -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-73900
タイトルGated state sheep connexin-46/50 in DMPC nanodiscs at neutral pH
マップデータ
試料
  • 複合体: Gated state dodecameric connexin-46 gap junction in DMPC nanodiscs at neutral pH
    • タンパク質・ペプチド: Gap junction alpha-3 protein
  • リガンド: 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
キーワードconnexin / gap junction / cryo-EM / pH regulation / lipid gating / large-pore channel / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


gap junction-mediated intercellular transport / gap junction hemi-channel activity / connexin complex / gap junction channel activity / visual perception / cell-cell signaling / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Gap junction alpha-3 protein (Cx46) / Gap junction alpha-8 protein (Cx50) / Gap junction alpha-8 protein (Cx50) / Connexin, C-terminal / Connexin / Connexin, N-terminal / Connexin, conserved site / Gap junction protein, cysteine-rich domain / Connexin, N-terminal domain superfamily / Connexin ...Gap junction alpha-3 protein (Cx46) / Gap junction alpha-8 protein (Cx50) / Gap junction alpha-8 protein (Cx50) / Connexin, C-terminal / Connexin / Connexin, N-terminal / Connexin, conserved site / Gap junction protein, cysteine-rich domain / Connexin, N-terminal domain superfamily / Connexin / Connexins signature 1. / Connexins signature 2. / Connexin homologues / Gap junction channel protein cysteine-rich domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Gap junction alpha-8 protein / Gap junction alpha-3 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Jarodsky JM / Myers JB / Reichow SL
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Eye Institute (NIH/NEI)R35GM124779 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2026
タイトル: Reversible lipid-mediated pH-gating of connexin-46/50 by cryo-EM.
著者: Joshua M Jarodsky / Janette B Myers / Steve L Reichow /
要旨: Gap junctions, formed by connexin proteins, establish direct electrical and metabolic coupling between cells, enabling coordinated tissue responses. These channels universally respond to ...Gap junctions, formed by connexin proteins, establish direct electrical and metabolic coupling between cells, enabling coordinated tissue responses. These channels universally respond to intracellular pH changes, closing under acidic conditions to limit the spread of cytotoxic signals during cellular stress, such as ischemia. Using cryo-electron microscopy (cryo-EM), we uncover insights into the structural mechanism of pH-gating in native lens connexin-46/50 (Cx46/50) gap junctions. Mild acidification drives lipid infiltration into the channel pore, displacing the N-terminal (NT) domain and stabilizing pore closure. Lipid involvement is shown to be both essential and fully reversible. Structural transitions involve an ensemble of gated states formed through non-cooperative NT domain movement as well as minor populations of a distinct destabilized open-state. These findings provide molecular insights into pH-gating dynamics, illustrating how structural changes may regulate gap junction function under cellular stress and linking Cx46/50 dysregulation to age-related cataract formation.
履歴
登録2025年11月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年1月28日-
マップ公開2026年1月28日-
更新2026年2月25日-
現状2026年2月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_73900.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_73900.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 384 pix.
= 315.648 Å		0.82 Å/pix.
x 384 pix.
= 315.648 Å		0.82 Å/pix.
x 384 pix.
= 315.648 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.822 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.9615354 - 1.2935127
平均 (標準偏差)0.0019720106 (±0.026097244)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 315.648 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_73900_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_73900_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_73900_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Gated state dodecameric connexin-46 gap junction in DMPC nanodisc...

全体名称: Gated state dodecameric connexin-46 gap junction in DMPC nanodiscs at neutral pH
要素
  • 複合体: Gated state dodecameric connexin-46 gap junction in DMPC nanodiscs at neutral pH
    • タンパク質・ペプチド: Gap junction alpha-3 protein
  • リガンド: 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

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超分子 #1: Gated state dodecameric connexin-46 gap junction in DMPC nanodisc...

超分子名称: Gated state dodecameric connexin-46 gap junction in DMPC nanodiscs at neutral pH
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)

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分子 #1: Gap junction alpha-3 protein

分子名称: Gap junction alpha-3 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
分子量理論値: 44.033027 KDa
配列文字列: MGDWSFLGRL LENAQEHSTV IGKVWLTVLF IFRILVLGAA AEEVWGDEQS DFTCNTQQPG CENVCYDRAF PISHVRFWVL QIIFVSTPT LIYLGHVLHL VRMEEKRKER EEEPPKAAGP AEEHQDPAPV RDDRGKVRIA GALLRTYVFN IIFKTLFEVG F IAGQYFLY ...文字列:
MGDWSFLGRL LENAQEHSTV IGKVWLTVLF IFRILVLGAA AEEVWGDEQS DFTCNTQQPG CENVCYDRAF PISHVRFWVL QIIFVSTPT LIYLGHVLHL VRMEEKRKER EEEPPKAAGP AEEHQDPAPV RDDRGKVRIA GALLRTYVFN IIFKTLFEVG F IAGQYFLY GFQLKPLYRC DRWPCPNTVD CFISRPTEKT IFILFMLAVA CVSLLLNVLE IYHLGWKKLK QGMTSPFRPD TP GSRAGSA KPMGGSPLLL PPNSAPPAVT IGFPPYYAPS ASSLGQASAP GYPEPPLPAA LPGTPGTPGT PGTLGGGGGN QGL RAPAQN CANREAEPQT SARKASPPAS TPPAAPAGGP QQFLPGGAAG SSGDSDGEGA VTAVELHAPP EPPADPGRSS KASK SSGGR ARAADLAI

UniProtKB: Gap junction alpha-3 protein

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分子 #2: 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 192 / 式: MC3
分子量理論値: 677.933 Da
Chemical component information

ChemComp-MC3:
1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
2.0 mMC10H16N2O8EDTA
2.0 mMC14H24N2O10EGTA
150.0 mMNaClSodium Chloride
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6142 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4002015
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.4.1) / タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D6 (2回x6回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.4.1) / 使用した粒子像数: 15342
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.4.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.4.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4.4.1)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

7jkc


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9z8m:
Gated state sheep connexin-46 in DMPC nanodiscs at neutral pH

PDB-9z9b:
Gated state sheep connexin-50 in DMPC nanodiscs at neutral pH

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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