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万見
- EMDB-7344: An anti-gH/gL antibody that neutralizes dual-tropic infection def... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7344
タイトルAn anti-gH/gL antibody that neutralizes dual-tropic infection defines a site of vulnerability on Epstein-Barr virus
マップデータAn anti-gH/gL antibody that neutralizes dual-tropic infection defines a site of vulnerability on Epstein-Barr virus
試料
  • 複合体: Epstein-Barr virus glycoproteins H,L,42 in complex with the human antibody Fab fragment AMMO1.
    • 複合体: Epstein-Barr virus
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein H
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein L
      • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein 42
    • 複合体: Human
      • タンパク質・ペプチド: Antibody Fab AMMO1 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Antibody Fab AMMO1 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020 / host cell endosome membrane / carbohydrate binding / host cell Golgi apparatus / symbiont entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Herpesvirus glycoprotein L, rhadinovirus-type / Herpesvirus glycoprotein L, rhadinovirus-type superfamily / Viral glycoprotein L / Envelope glycoprotein L / Herpesvirus glycoprotein H / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal / Herpesvirus glycoprotein H, C-terminal domain superfamily / Herpesvirus glycoprotein H C-terminal domain / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein H / Glycoprotein 42 / Envelope glycoprotein L
類似検索 - 構成要素
生物種Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å
データ登録者Snijder J / Ortego MS / Weidle C / Stuart AB / Gray MA / McElrath MJ / Pancera M / Veesler D / McGuire AT / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM120553 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)HHSN272201700059C 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2018
タイトル: An Antibody Targeting the Fusion Machinery Neutralizes Dual-Tropic Infection and Defines a Site of Vulnerability on Epstein-Barr Virus.
著者: Joost Snijder / Michael S Ortego / Connor Weidle / Andrew B Stuart / Matthew D Gray / M Juliana McElrath / Marie Pancera / David Veesler / Andrew T McGuire /
要旨: Epstein-Barr virus (EBV) is a causative agent of infectious mononucleosis and is associated with 200,000 new cases of cancer and 140,000 deaths annually. Subunit vaccines against this pathogen have ...Epstein-Barr virus (EBV) is a causative agent of infectious mononucleosis and is associated with 200,000 new cases of cancer and 140,000 deaths annually. Subunit vaccines against this pathogen have focused on the gp350 glycoprotein and remain unsuccessful. We isolated human antibodies recognizing the EBV fusion machinery (gH/gL and gB) from rare memory B cells. One anti-gH/gL antibody, AMMO1, potently neutralized infection of B cells and epithelial cells, the two major cell types targeted by EBV. We determined a cryo-electron microscopy reconstruction of the gH/gL-gp42-AMMO1 complex and demonstrated that AMMO1 bound to a discontinuous epitope formed by both gH and gL at the Domain-I/Domain-II interface. Integrating structural, biochemical, and infectivity data, we propose that AMMO1 inhibits fusion of the viral and cellular membranes. This work identifies a crucial epitope that may aid in the design of next-generation subunit vaccines against this major public health burden.
履歴
登録2018年1月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年2月7日-
マップ公開2018年5月2日-
更新2020年7月29日-
現状2020年7月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6c5v
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7344.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7344.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈An anti-gH/gL antibody that neutralizes dual-tropic infection defines a site of vulnerability on Epstein-Barr virus
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.36 Å/pix.
x 224 pix.
= 304.64 Å		1.36 Å/pix.
x 224 pix.
= 304.64 Å		1.36 Å/pix.
x 224 pix.
= 304.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.36 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08 / ムービー #1: 0.08
最小 - 最大-0.15324071 - 0.30906358
平均 (標準偏差)0.00055957725 (±0.007286191)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ224224224
Spacing224224224
セルA=B=C: 304.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.361.361.36
M x/y/z224224224
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z304.640304.640304.640
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS224224224
D min/max/mean-0.1530.3090.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Epstein-Barr virus glycoproteins H,L,42 in complex with the human...

全体名称: Epstein-Barr virus glycoproteins H,L,42 in complex with the human antibody Fab fragment AMMO1.
要素
  • 複合体: Epstein-Barr virus glycoproteins H,L,42 in complex with the human antibody Fab fragment AMMO1.
    • 複合体: Epstein-Barr virus
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein H
      • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein L
      • タンパク質・ペプチド: Glycoprotein 42
    • 複合体: Human
      • タンパク質・ペプチド: Antibody Fab AMMO1 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Antibody Fab AMMO1 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Epstein-Barr virus glycoproteins H,L,42 in complex with the human...

超分子名称: Epstein-Barr virus glycoproteins H,L,42 in complex with the human antibody Fab fragment AMMO1.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5

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超分子 #2: Epstein-Barr virus

超分子名称: Epstein-Barr virus / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: 293

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超分子 #3: Human

超分子名称: Human / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: 293

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分子 #1: Envelope glycoprotein H

分子名称: Envelope glycoprotein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス) / 株: GD1
分子量理論値: 77.091547 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSASSLSEV KLHLDIEGHA SHYTIPWTEL MAKVPGLSPE ALWREANVTE DLASMLNRYK LIYKTSGTL GIALAEPVDI PAVSEGSMQV DASKVHPGVI SGLNSPACML SAPLEKQLFY YIGTMLPNTR PHSYVFYQLR C HLSYVALS ...文字列:
MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSASSLSEV KLHLDIEGHA SHYTIPWTEL MAKVPGLSPE ALWREANVTE DLASMLNRYK LIYKTSGTL GIALAEPVDI PAVSEGSMQV DASKVHPGVI SGLNSPACML SAPLEKQLFY YIGTMLPNTR PHSYVFYQLR C HLSYVALS INGDKFQYTG AMTSKFLMGT YKRVTEKGDE HVLSLVFGKT KDLPDLRGPF SYPSLTSAQS GDYSLVIVTT FV HYANFHN YFVPNLKDMF SRAVTMTAAS YARYVLQKLV LLEMKGGCRE PELDTETLTT MFEVSVAFFK VGHAVGETGN GCV DLRWLA KSFFELTVLK DIIGICYGAT VKGMQSYGLE RLAAMLMATV KMEELGHLTT EKQEYALRLA TVGYPKAGVY SGLI GGATS VLLSAYNRHP LFQPLHTVMR ETLFIGSHVV LRELRLNVTT QGPNLALYQL LSTALCSALE IGEVLRGLAL GTESG LFSP CYLSLRFDLT RDKLLSMAPQ EATLDQAAVS YAVDGFLGRL SLEREDRDAW HLPAYKCVDR LDKVLMIIPL INVTFI ISS DREVRGSALY EASTTYLSSS LFLSPVIMNK CSQGAVAGEP RQIPKIQNFT RTQKSCIFCG FALLSYDEKE GLETTTY IT SQEVQNSILS SNYFDFDNLH VHYLLLTTNG TVMEIAGLYE ERAHGSGSGH HHHHH

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分子 #2: Envelope glycoprotein L

分子名称: Envelope glycoprotein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス) / 株: AG876
分子量理論値: 15.145395 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSASWAYPC CHVTQLRAQH LLALENISDI YLVSNQTCDG FSLASLNSPK NGSNQLVISR CANGLNVVS FFISILKRSS SALTGHLREL LTTLETLYGS FSVEDLFGAN LNRYAWHRGG

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分子 #3: Glycoprotein 42

分子名称: Glycoprotein 42 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human herpesvirus 4 (ヘルペスウイルス) / 株: GD1
分子量理論値: 25.356859 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSASGGGRV AAAAITWVPK PNVEVWPVDP PPPVNFNKTA EQEYGDKEVK LPHWTPTLHT FQVPQNYTK ANCTYCNTRE YTFSYKGCCF YFTKKKHTWN GCFQACAELY PCTYFYGPTP DILPVVTRNL NAIESLWVGV Y RVGEGNWT ...文字列:
MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSASGGGRV AAAAITWVPK PNVEVWPVDP PPPVNFNKTA EQEYGDKEVK LPHWTPTLHT FQVPQNYTK ANCTYCNTRE YTFSYKGCCF YFTKKKHTWN GCFQACAELY PCTYFYGPTP DILPVVTRNL NAIESLWVGV Y RVGEGNWT SLDGGTFKVY QIFGSHCTYV SKFSTVPVSH HECSFLKPCL CVSQRSNSGS GSGHHHHHH

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分子 #4: Antibody Fab AMMO1 heavy chain

分子名称: Antibody Fab AMMO1 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.982885 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: (PCA)VQLVQSGAD VKKPGASVKV SCKASGYTFI HFGISWVRQA PGQGLEWMGW IDTNNGNTNY AQSLQGRVTM TTDTST GTA YMELRSLSTD DTAVYFCARA LEMGHRSGFP FDYWGQGVLV TVSPASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYF PE ...文字列:
(PCA)VQLVQSGAD VKKPGASVKV SCKASGYTFI HFGISWVRQA PGQGLEWMGW IDTNNGNTNY AQSLQGRVTM TTDTST GTA YMELRSLSTD DTAVYFCARA LEMGHRSGFP FDYWGQGVLV TVSPASTKGP SVFPLAPSSK STSGGTAALG CLVKDYF PE PVTVSWNSGA LTSGVHTFPA VLQSSGLYSL SSVVTVPSSS LGTQTYICNV NHKPSNTKVD KRVEPKSC

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分子 #5: Antibody Fab AMMO1 light chain

分子名称: Antibody Fab AMMO1 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.095514 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: SYELTQPPSV SVAPGQRATI TCGGHNIGAK NVHWYQQKPG QAPVLVIQYD SDRPSGIPER FSGSNSGSTA TLTISRVEAG DEADYYCQV WDSGRGHPLY VFGGGTKVTV LGQPKANPTV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP ...文字列:
SYELTQPPSV SVAPGQRATI TCGGHNIGAK NVHWYQQKPG QAPVLVIQYD SDRPSGIPER FSGSNSGSTA TLTISRVEAG DEADYYCQV WDSGRGHPLY VFGGGTKVTV LGQPKANPTV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP SKQSNNKYAA SSYLSLTPEQ WKSHRSYSCQ VTHEGSTVEK TVAPTECS

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分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 8 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 65.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 72000
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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