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- EMDB-73261: Tra1 module of ctSAGA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-73261
タイトルTra1 module of ctSAGA
マップデータ
試料
  • 複合体: Tra1 module of ctSAGA complex
    • タンパク質・ペプチド: SCA7 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Spt20-like SEP domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Chains: C
    • タンパク質・ペプチド: Putative transcriptional coactivator HFI1 protein
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 12
    • タンパク質・ペプチド: Non-specific serine/threonine protein kinase
キーワードctSAGA complex / Histone Acetyl Transferase (HAT) Module / Tra1 module and Core module / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


RITS complex assembly / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / SAGA complex / transcription factor TFIID complex / NuA4 histone acetyltransferase complex / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / TBP-class protein binding / transcription coregulator activity / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity ...RITS complex assembly / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / SAGA complex / transcription factor TFIID complex / NuA4 histone acetyltransferase complex / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / TBP-class protein binding / transcription coregulator activity / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / protein heterodimerization activity / DNA repair / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Transcription factor Spt20 / Transcriptional coactivator Hfi1/Transcriptional adapter 1 / Spt20-like, SEP domain / Spt20, SEP domain / Transcriptional regulator of RNA polII, SAGA, subunit / SAGA-associated factor 73 / SCA7 domain / SCA7, zinc-binding domain / SCA7 domain profile. / Tra1, HEAT repeat ring region ...Transcription factor Spt20 / Transcriptional coactivator Hfi1/Transcriptional adapter 1 / Spt20-like, SEP domain / Spt20, SEP domain / Transcriptional regulator of RNA polII, SAGA, subunit / SAGA-associated factor 73 / SCA7 domain / SCA7, zinc-binding domain / SCA7 domain profile. / Tra1, HEAT repeat ring region / Tra1, HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat central region / Tra1 HEAT repeat ring region / Transcription initiation factor IID, subunit 13 / Transcription initiation factor IID, 18kD subunit / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 / Transcription initiation factor TFIID subunit A / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 domain / : / FATC domain / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FATC / FATC domain / PIK-related kinase / FAT domain profile. / FATC domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Histone-fold / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Spt20-like SEP domain-containing protein / Transcription initiation factor TFIID subunit 12 domain-containing protein / Uncharacterized protein / SCA7 domain-containing protein / Non-specific serine/threonine protein kinase / Putative transcriptional coactivator HFI1 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochaetoides thermophila (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Mattoo RUH / Chen DH / Bushnell DA / Tamir S / Kornberg RD
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM049985 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2025
タイトル: Structure of the transcriptional co-activator SAGA complex, including the histone acetyltransferase module.
著者: Rayees U H Mattoo / Dong-Hua Chen / David A Bushnell / Sagi Tamir / Roger D Kornberg /
要旨: The Spt-Ada-Gcn5 acetyltransferase (SAGA) complex, a 1.8 MDa multi-subunit assembly comprising 19 subunits, is required for RNA polymerase II transcription in eukaryotes. The complex consists of four ...The Spt-Ada-Gcn5 acetyltransferase (SAGA) complex, a 1.8 MDa multi-subunit assembly comprising 19 subunits, is required for RNA polymerase II transcription in eukaryotes. The complex consists of four modules: transcription-associated protein 1 (Tra1), core, deubiquitination (DUB), and histone acetyltransferase (HAT). Although the structures of the Tra1, core, and DUB modules have been determined, the overall architecture of the HAT module remained elusive due to its inherent flexibility. To address this, we conducted cryo-electron microscopy (cryo-EM) analyses on SAGA purified from the thermophilic fungus Chaetomium thermophilum, yielding structures of Tra1 and core modules at 2.6 Å and three of the four HAT subunits at 3.7 Å. The structure of the HAT module was informative about the aspects of histone acetylation and the interface of HAT-core modules, contradicting earlier AlphaFold predictions. Our structure-guided genetic and biochemical analyses confirmed the roles of Ada1 and Spt7 in anchoring the HAT module within the SAGA complex.
履歴
登録2025年10月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月3日-
マップ公開2025年12月3日-
更新2025年12月3日-
現状2025年12月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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添付画像

emd_73261.png

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_73261.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
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表面レベル登録者による: 0.8
最小 - 最大-5.619441 - 8.598271
平均 (標準偏差)0.0067339637 (±0.15551855)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 374.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_73261_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

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ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_73261_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tra1 module of ctSAGA complex

全体名称: Tra1 module of ctSAGA complex
要素
  • 複合体: Tra1 module of ctSAGA complex
    • タンパク質・ペプチド: SCA7 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Spt20-like SEP domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Chains: C
    • タンパク質・ペプチド: Putative transcriptional coactivator HFI1 protein
    • タンパク質・ペプチド: Transcription initiation factor TFIID subunit 12
    • タンパク質・ペプチド: Non-specific serine/threonine protein kinase

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超分子 #1: Tra1 module of ctSAGA complex

超分子名称: Tra1 module of ctSAGA complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)

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分子 #1: SCA7 domain-containing protein

分子名称: SCA7 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
分子量理論値: 137.082672 KDa
配列文字列: MDSRKDEEAT IKVAPAKGTV LASKPHIWGK LKLKKPPVKQ IKPGNWKEAT LVEDKKKDKD GGAINAASPG PDVNQLDDRA RDTFSNGRP LEDVLELLQC KLCRKGISRT AARDHIAKCL QIKKEKAQRK KEAREARERL KEAAREEEAR RLEEEGAAKG D DDSDDDDG ...文字列:
MDSRKDEEAT IKVAPAKGTV LASKPHIWGK LKLKKPPVKQ IKPGNWKEAT LVEDKKKDKD GGAINAASPG PDVNQLDDRA RDTFSNGRP LEDVLELLQC KLCRKGISRT AARDHIAKCL QIKKEKAQRK KEAREARERL KEAAREEEAR RLEEEGAAKG D DDSDDDDG KEGAGKAGKK TKKTDVAGKK RKAEGELDKG KAKKKKDEPK PKVAKPKGPV DVERQCGVPL PNGQLCARSL TC KSHSMSA KRAVPGRSLP YDMLLAAYQK KNQAKQQKAA LDANAPLEDE DDLNAGAVDS DEETAAVMSA LANWNPQPVV PQP VFAPLK RQYQLARLHE QLQAATNGGR TNIFKVVGFG AQRLSDGHLG LYDAEDAPGE PDPVGLGSLS RRSSSIVAGE DDTT QQAQI AAVDHESQKE DAPLAEVCKK PCWKPKDRPG SVLDQEYVPM SGRSLSKVTK LKATGRAAAN RQPKQSRRAA SAIPE SSKP LADAPVNTIV SKSSPALPTA TPLYAFANLP TTDLRLQPAE LAIQEMRKRL IAASSSSQSS ISSTGVRAPR GRKRKE DRS MPGIHGSQPM ENIHRATDGV RQTPENMAPT PKESPSDSTV EMRVLELGQL LAQEDSLAKS SPVLPNTPVV SLLGTSQ NG ATNGLKQGVQ HIQRQMATKP TSVSRAISHS PMSSRPLFSA PSPPMMSHSL SPLTRAATPK ALSSSPLVMS MLLPQQPP S HPFVSLPSGS TLSQAMQQSP IMTSMSKSGL TPAATRQPSP GVMPHSPPPR QGPGRPPKPR PADPVSPVNP TRSPNLPNA SYLTTLGDLS TGMQPPQLPH MPQQQVPRVK LNQMRNQALA STFSPRPSYL PSQRLDPIRE QAIKRAAERA AGLRMAQAQR QPQMQVHMN VQAQRTPQLQ ARTSPPTASP AETQGQMLSA RAQAEDQGQN RLRMGQPQAN TQLMRIDGPG MAAGMRQPIG N SQMDTMQP QRQVMNTPVV PAPQSSSPPS AERSSSQPQP VRDQIDSASV QAEAAQDETM NLDNDEMDDI LREVKAQAER EA ERQMAAL SRTRPQAQQQ AQNLRSTQNQ SQMHALSPVA SESSSPSLVM SASLPGLNEV NVRATVAAAA KKVAGSISPV ANI SSAATA LSSPLDCRPY TTTSIPRPRL ATTAPVPLMG ATGPPAASGT TQNIGSFHVQ QHRQRRQQQQ LLQQHAQQHQ QRLQ QAAVH NNQQPFRFTY PAESMAAAVA IAGAHNLRPV VPLPPQAYLL SASQGGGRSG SRGSNIRNGS QARTQEQG

UniProtKB: SCA7 domain-containing protein

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分子 #2: Spt20-like SEP domain-containing protein

分子名称: Spt20-like SEP domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
分子量理論値: 128.449367 KDa
配列文字列: MAPTVTAAAP PVNPPSATKV KRPIPPGIQT NGVAPSRSSP SPSMAAKRAP SAVRQPSNPP SAGGTTPGAT RPTIRIRRDP GPGPPLGRG QRSAGLRSAS IATDPVTSPT FDAPPYVITP EYILKKFAGH PPSLIVHLYQ NHFRFDQQEG MFQYKSPMRI F IEHLRNRT ...文字列:
MAPTVTAAAP PVNPPSATKV KRPIPPGIQT NGVAPSRSSP SPSMAAKRAP SAVRQPSNPP SAGGTTPGAT RPTIRIRRDP GPGPPLGRG QRSAGLRSAS IATDPVTSPT FDAPPYVITP EYILKKFAGH PPSLIVHLYQ NHFRFDQQEG MFQYKSPMRI F IEHLRNRT VPHEIMEYLI QGGVPFYEGC LIVQVFDHRT VNQTKEAAKP SSESSKTVPF SIHNHNPYIT PSPYVPYPKE DT PADGSQT PASEKPSEDK DKENMPAPPV PADGQKAKGE PAKPTVYTVV LMPTAQALHT DLLLKTVTPR GASDSGGPPP TPH TAGPPP TPTAAGMPPP AKKQKRDHME LDPKNIYEVE AKILLATYPK LDLEPTKNAE ETIAKLEKLA HPEHSHKPPE PKVR KRTVA EVAHDEALAA EQERYMLTLD ERLSSKLAGA QAGANGADGD GQAPSASWEP RFERFKLIEN IKQEHAEKKE QERIK QAEQ ERKLLQQKQE AAILQARQQQ AEMERKRQEQ IVLQQRQEAQ RRLQQAQAAP VAQAQAQAQA QAQAQAQAQA QAQARA QAR AQAQAQAQAQ AQAQAQAQAQ AQAQAQAQAQ AQAQAQAQAQ AQAQAQAQAQ AQAQAQAQAQ AQAQAQAQAQ AQAAQAQ AQ AQAQAQAQAQ AQAQAQAQAQ AQQAATAATM GQTPHAHPMQ PSPLPAGMTA GMPVSMAQQA QARFSQVSQP QQMSSPIV Q QGTPQAASSP MPPMAAVAMQ HSNSNMGQAG SPPRPPSVVQ NHPMGVPMAP SMSARGSQQS HAAGTPRVPS ATPNIPHAT PITRPQVVPT PRMTQASPPA GVMTPTPQQM GQAMLMNNQG IAQMPNVNIN SLAAAQQMAA QQRLIQQYQQ QLQQSGMVPG NVQANMLQQ QLAARQQMMI QQQLLAQQQQ RAGQMMNPNI QAQLAAQYQQ SLNNMQQQQL AQMNPMQAAH MRQLLAAQQA Q RQGMMGVN VNVNGMTPQQ LAVMQQQIQL QQQAQLIQQQ QQQQQQLQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQQQQQQ QQAAQQQPQP GM PGHPPQA AVAPTAPQVP IAQLQPPQNQ LAALMMNPAV QNQIRNHSNA LYSKNLPALA ERFGGNAQNI PPEALAEFRQ KCL NQAKVQ VLSMLQQQQA GGRLAAGLPP QVQAAQVQAM QQQAQALAVA QAQVQAAQQA AAAQAAQQQG GMGQGM

UniProtKB: Spt20-like SEP domain-containing protein

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分子 #3: Chains: C

分子名称: Chains: C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
分子量理論値: 48.541484 KDa
配列文字列: MALSDNNPEE VDGMFLSNLR SDLELEEIWR MLQSGVTSPE DSQPTVSLDA SSSGDKTMSS ESQVALQDDA DDELLVSILA GKVPLSELL ANDNELLQSD GLSSAVCSAD SDQEEDDNND AGYGEEPDPR DVIANWFELC QMMYVSGETG EPSLETTGII E DIVRQQVI ...文字列:
MALSDNNPEE VDGMFLSNLR SDLELEEIWR MLQSGVTSPE DSQPTVSLDA SSSGDKTMSS ESQVALQDDA DDELLVSILA GKVPLSELL ANDNELLQSD GLSSAVCSAD SDQEEDDNND AGYGEEPDPR DVIANWFELC QMMYVSGETG EPSLETTGII E DIVRQQVI EIIRHDAPKV SRLRTFLAWK DVRKNVKDSD DKGADADIAP GDDPVGAVVP GATVDDTARK TKKSRVGLPW EP ASFYSVE VPEREDEEDE EEEEMNYITL QRLRKADERT KAMTKEEYVT WSEFRQASFT YRKGKRFREW AGFGLVTDSK PSD DIIDIL GFLTFEMVQT LTEEALKIKE QEDLHRERTG ENQSNANNPN GSANSSLSKK RKLTGGGGLF DPPNEGRTPV EPRH IQEAF RRLQQRPKKA RAMLNGTKLQ QRTQLKLF

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #4: Putative transcriptional coactivator HFI1 protein

分子名称: Putative transcriptional coactivator HFI1 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
分子量理論値: 52.133355 KDa
配列文字列: MVDINPAALS RPSIGLSTPS FPGKSGSINV SVPSSASASA SASSAHSKPQ KTSLVPPRID LEPIYTALKA AIGAEQWPVY KETLTNFLI GRLNQAELSE RIDPILASQD GQKEHLHNQL IAAIYANVTR EMPDPGLAPW VSANDKPTTA QTKPVTGDAN E RRLKGEVM ...文字列:
MVDINPAALS RPSIGLSTPS FPGKSGSINV SVPSSASASA SASSAHSKPQ KTSLVPPRID LEPIYTALKA AIGAEQWPVY KETLTNFLI GRLNQAELSE RIDPILASQD GQKEHLHNQL IAAIYANVTR EMPDPGLAPW VSANDKPTTA QTKPVTGDAN E RRLKGEVM QLPARDRRRI KELAHNDFDP YDALANVLME HARAKPPKIA EPPASAGGLK MNFDLEIRKR YAQPLAVESG EF PDTSNIE SRMLPFCYEA GLSSGHAPDA AQFMSIATET FIKEVMSAIF SRTRSNGPGD SGSAGFGLGS GWIQTHRYRK QLA KEEEAF QRGEISRDKM GLLPVEAKAA SERGPLGMAD VRLALEMGDC GLAGFPVIVK SVIYGWREGE LENWEDYTYV DPSR PDGIA IPSRGDGDVE MGGVGVNGVV KGEPEPQQQP LANGVHDVDA MDIDGVSVAG GAANEIWWEG AEPETSDLLN AVLDS CLAV N

UniProtKB: Putative transcriptional coactivator HFI1 protein

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分子 #5: Transcription initiation factor TFIID subunit 12

分子名称: Transcription initiation factor TFIID subunit 12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
分子量理論値: 83.091188 KDa
配列文字列: MNQTPAQGQG QGQPGQGMAN RPPNAPSAAN VAAPGGAPRQ QGTPMYRPEM MRNIPLLSDE EKTKYERGLQ QLWLMHDNTA PGSAENIEA KKKIAEFGRV LLTKLQQRRQ QQQLQQQRQQ QQQQQQQQQQ QQQQQQQVQQ QMQQQAQQPQ TQPQQGQPQQ Q LQQAQVQQ ...文字列:
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UniProtKB: Transcription initiation factor TFIID subunit 12 domain-containing protein

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分子 #6: Non-specific serine/threonine protein kinase

分子名称: Non-specific serine/threonine protein kinase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
分子量理論値: 444.670094 KDa
配列文字列: MATSLIEDVV KKLSVAETGT GNSLSERSLL VLPLMQVSCY TELKVKAEAA CALRDSLDHY TAGPAYPAFL KKVMPVFIHI LRQQPVFQT TGEQGHMQKL RNCILEILHR LPTSQTPPEH FEPYAHEIVD LLLELVRTDN EDNVILCVKI LSDIMRHQHK I MSGKVQTF ...文字列:
MATSLIEDVV KKLSVAETGT GNSLSERSLL VLPLMQVSCY TELKVKAEAA CALRDSLDHY TAGPAYPAFL KKVMPVFIHI LRQQPVFQT TGEQGHMQKL RNCILEILHR LPTSQTPPEH FEPYAHEIVD LLLELVRTDN EDNVILCVKI LSDIMRHQHK I MSGKVQTF LNLIQELFEQ LDKVVRDQLD NTSTTGPPGP PSTPGSTQSS FLPHQQSPRP GSPVTTGVTD FGADANQQAN RL LPRGMYS FKVLAECPII VVSIFQVHRS AVTPNVKAFV PLIKSALLCQ AKAQDQAHRE AAARGTIHIG VSPNIKNRAA FGD FITAQV KTMSFLAYLL RQYSSQLSDF LPHLPDIIVR LLRDCPRDKS SARKELFVAI RHIINFNFRK IFLPKIDELL DERT LVGDG LTVHETMRPL AYSMLADLIH HVRDQLSPEQ IRKTVEVYTR NLQDNFPGTS FQTMSAKLLL NMAECIARLP NKVDA RHYL IMILNAIADK FAAMNRQYPN AVKLSKQYAQ QAAKNVPETY LADKENPPDW DEIDIFNATP IKISNPRDRA ADPVVD NKF LFRNLMTGLK NTFYQLKSCN IPGAVDLTGA PAHWTDVAYG FTAEEVKVIA KLFREGAYVF RYYEIEKPAA ESPYSSP VE YMANFYMVSS SKEEKELLET FATVFHCIDP ATFHEVFQQE IPRLYEMIHE HTALLHIPQF FLASEATSPS FCGILLRF L MERIEDVGSA DIKKSSILLR LFKLAFMAVT LFANQNEQVL LPHVVDIVTK SIELSTKAEE PMNYFLLLRS LFRSIGGGK FEHLYKQILP LLEMLLDVLN NLLMAARKPA ERDLYVELCL TVPARLSNLL PHLSFLMRPL VVALRAGTEL VGQGLRTLEL CVDNLTADY LDPIMAPVID ELMTALFDHL KPHPYSHFHA HTTLRILGKL GGRNRKFMTE ALPVTFQQYV DDRASFDLRL I GSKRDRAF PAHLGIDLAI QKLTEIPKPV KGGVPQLSRQ YDPYYKRQAL NLIIAQTKLR VGFDSVPEDL PRLVRLQVED LV KKNRDVD ISLFEVSDKE RSIAKKNEEQ ALLKRLLKAL LYAESIPEFK QEVDALLVNL ARHFTLIEIG RSVIDMKKAY TPF DTKSGE GPLFIDNRVL SEAILESLAN ENLEVREAAK RLIKEMHNAA VTVFGSPMHV PRMTFWSSLA STFCHGCYEE EWFT KQGGA LGIQTLLTEI DLGDLWVAAK QIEFVRALMY VVKDMPQDLP EKTRRTAQVT LEQLLARITR NAKKQDCLPP PPPPA PPGS HPPQPPPRPP RLAQLVMMLN SELAHMNRHV RATARRSIEA IAAAAQAEVW ELLEPHKKHI LGPIYAKPLR ALPFAI QIG YIDAVTYYMS LKRDFVPFDE NLNRLLMESL ALADASDESL AGKTLEFRTH DFIVNLRVSC IKILSRAMSF EEFGSGS NN PTRPKVVSVF FKCLYSDSQP TIDAANDALK AVLQHTTKLP KDLLQSGLRP VLASLQDAKR LTVHSLDNLG RLLRLLTT Y FKVEIGTRLL EHVKQIADPN FLQQLSFTFF EQNNAMKVIA AVFNIFHLLP DAARQFKERV IDNVLDLEQK LRRTHHSPF RLPLYKYLNK YPSDIWAFTL QKLEDLRYGR FLAQVLRHPD SQVLRDYGAA NVEFIIKTCN TVVVSGKETK FIAIINTINM LDALCQFPT ANSQSWLDNK EHIEWLKTVG KELELQQKKN SLTPNLRLPA HQASEQLMNI LTKALDRNPN DLDALFSLVE G ITSDDFRE TPALLSHIYN KIIRSDSIDF WRITILRCLD IYSGKTASQR MKWYLLHNIV NPIIAMDVMR TWDDPNKASR LL DRTVIDS INTKIWKVNL PDPQEDLLQP RVDHTRMEVL QLSAMLVKYR HALLQDARKD FIKFAWTYIR LDDVINKHAA YVV IGYFIA HYETPAKIVS QIYFSLLKTN QNEGRALVTQ ALELMAPVMP KRCPFPPGDR NPVWALAPRR ILAEESQNVQ QMTA IFHYL VRHPDLFYDT RDKFAMLIIQ CLRKVASPPN PSNDNRKLAL NMMWLIWQWE QRRVESKLSE PLRAPSESPN SNKRK LDEQ QGLSPSATRQ AEFQIPSVGR HKMIRYLVEF IAQLNERYPL PSARPSDPPT TTSFLLPSPS NELCKKATAL LYNLLQ PQY WGDLVEEMDL FPNVTDLVLA GEKSATLLSA DPSDPEKCDD KLITSIINTL QVVRIVLHFK SDRWILDNMP QIQKILE KC LKSANPEIQD CLHMADRKYD GDRDVKPTIK RILDAVPEDI PMEDADGDIE PESQTSELIA WLSGIATESM AAGNYVSG I NILWSLGHRK PSIIDQHIPA IMRSLQSKLA RDHVSHYAAL GHQASGLRPQ ADPNAPTEMK AYDLEIQTNL ILKAIEVTA MRMEILGDNR RPFLSVLATI VEKSLHIPLC EKILEMVEGW VFRSEGTWPT LKEKTAVLHK MISFEHRTDP TMLHKFLNLV LRIYEDPKI TRTELTVRME HAFLIGTRAQ DVEMRNKFMS IFDKCLSKTA SARLAYVILG QNWDTLADSY WLAQASQLLL G AVDMNPTI QLHQDDFRTL PISQLVAPYA KDSREPSVMI DDKFEAFMAN HRRFLAELGD VRARDVLEPL MQLQHIDANF AH ELWVALF PMFWSAVPKE DRPDLERGLV TLLTKDYHSR QMDKRPNVVQ SLMAGAVKTW PHCKIPPHVL KFEAKTYDAW YTA LHQLEN AAIKPEIDSA AVRESNLDAL VDLYSTLGED DLFYGTWRRR CQFVETNAGL SYEQHGMWEK AQRMYESAQI KART GVIPF SEAEYMLWED HWVLCAQKLQ QWEILQDFAK HENFQDLLLE CAWRNTEYWQ NQENRDQLDT VIKGVMDAPT PRRYF FQAF MSLLKLHNKQ ETPQDFNRVV DEAIQLSIRK WHQLPKRLTA AHVPLLQNFQ QLVELHDASV ICQSLAQTNA SNLDVK SGE LKLLLGSWRD RLPNMWDDIV AWQDLVTWRQ HVFGLINATY LQLIPQQAQN AGGASFAYRG YHETAWIINR FAHVARK HA LPEVCISQLS RIYTLPNIEI QEAFLKLREQ AKCHYQNPDE LTSGLDVINN TNLNYFSAPQ KAEFYTLKGM FLEKLGQK E EADTAFGTAL YFDITAAKAW AEWGYFNDRK FKENPSDLPS AKQALTSYLQ AASSYKNHKS RKLIARILWL LSLDDANGT IAAGFDDFKG EIYVWWWIIF IPQLLVGLGY KEAPRVQAIL LKIAKTYPQA LYFLLRTNRE DMLTIKKNQE AKERARQRAA QAAIPNKPN GSPQLTKKDG AAGAADGRPP TANGETPKPP EIKIEGAAPN APTAATPQAA ANAPQVPGAA PAEQQTGGVQ K KPPWELTE EIMSVLKTAF PLLALSMETM VDQIQKHFKC PPDEDAYRLI VALLNDGLSY VSRMPASYAK DVKLPAATEN NI TRFAETI LPNHIRPTFE ADFVKVKPTM YEYIHNLRKW RDKFEEKLDR RASPAPLESF AHYSPHLSEF RYQKFDDVEI PGQ YLQHKD KNQDFIRIDR FLPNVDLVRT IGASHRRLRI RGHDGSVHAF AVQHPAARHC RREERVLQLF RQLNQTLANK KESR RRDLQ FTLPLMVPLA PHIRIVQEDT SYITLQSVYE DHCRRHGMNK DEPILFTMEK LRGLMDAKAL QKPEQAVTAK LEVYR AIQE KFVDHTIVLE YFQGAYPNFA DFWLFRRRFS YQLAALTFMT YTMHIDKRYP HKMNIARGSG NIWGSEAVSY MAPSRP LFQ NTEPVPFRLT PNLQTLMGPL ATEGIFAASV MAIARCLTEP EQHLEHALTL FVRDEMMFWF TNSHRTMSLT ENQLRET VQ ANCDMIVKKA LALAQTPQGN LPAHQTVTDL IAKATNPMNL ALCDALWMPY L

UniProtKB: Non-specific serine/threonine protein kinase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
糖包埋材質: HEPES Buffer
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 68.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND / タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 1886619
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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