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万見
- EMDB-7318: Cryo-EM structure of CENP-A nucleosome complexed with CENP-LN -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7318
タイトルCryo-EM structure of CENP-A nucleosome complexed with CENP-LN
マップデータCryo-EM structure of CENP-A nucleosome complexed with CENP-LN
試料
  • 複合体: CENP-A NCP/CENP-LN complex
    • 複合体: CENP-A NCP
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3-like centromeric protein A (CENP-A)
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B
      • DNA: DNA (147-MER)
      • DNA: DNA (147-MER)
    • 複合体: CENP-NL complex
      • タンパク質・ペプチド: Centromere protein N (CENP-N)
      • タンパク質・ペプチド: Centromere protein L (CENP-L)
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.8 Å
データ登録者Li XR / Wang CL / Tian T / Zang JY / Zhou ZH
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2018
タイトル: Molecular basis for CENP-N recognition of CENP-A nucleosome on the human kinetochore.
著者: Tian Tian / Xiaorun Li / Yingying Liu / Chengliang Wang / Xing Liu / Guoqiang Bi / Xuan Zhang / Xuebiao Yao / Z Hong Zhou / Jianye Zang /
履歴
登録2017年12月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年1月24日-
マップ公開2018年1月31日-
更新2018年3月14日-
現状2018年3月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7318.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7318.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 18.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of CENP-A nucleosome complexed with CENP-LN
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 168 pix.
= 179.76 Å		1.07 Å/pix.
x 168 pix.
= 179.76 Å		1.07 Å/pix.
x 168 pix.
= 179.76 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01 / ムービー #1: 0.01
最小 - 最大-0.060965627 - 0.12632711
平均 (標準偏差)0.0014361275 (±0.008412439)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ168168168
Spacing168168168
セルA=B=C: 179.76001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z168168168
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z179.760179.760179.760
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS168168168
D min/max/mean-0.0610.1260.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : CENP-A NCP/CENP-LN complex

全体名称: CENP-A NCP/CENP-LN complex
要素
  • 複合体: CENP-A NCP/CENP-LN complex
    • 複合体: CENP-A NCP
      • タンパク質・ペプチド: Histone H3-like centromeric protein A (CENP-A)
      • タンパク質・ペプチド: Histone H4
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2A
      • タンパク質・ペプチド: Histone H2B
      • DNA: DNA (147-MER)
      • DNA: DNA (147-MER)
    • 複合体: CENP-NL complex
      • タンパク質・ペプチド: Centromere protein N (CENP-N)
      • タンパク質・ペプチド: Centromere protein L (CENP-L)

+
超分子 #1: CENP-A NCP/CENP-LN complex

超分子名称: CENP-A NCP/CENP-LN complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: CENP-A nucleosome complexed with CENP-LN
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #2: CENP-A NCP

超分子名称: CENP-A NCP / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4, #13-#14
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)

+
超分子 #3: CENP-NL complex

超分子名称: CENP-NL complex / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #11-#12
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

+
分子 #1: Histone H3-like centromeric protein A (CENP-A)

分子名称: Histone H3-like centromeric protein A (CENP-A) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列:
MGPRRRSRKP EAPRRRSPSP TPTPGPSRRG PSLGASSHQH SRRRQGWLKE IRKLQKSTHL LIRKLPFSRL AREICVKFTR GVDFNWQAQA LLALQEAAEA FLVHLFEDAY LLTLHAGRVT LFPKDVQLAR RIRGLEEGLG

+
分子 #2: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVYA LKRQGRTLYG FGG

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分子 #3: Histone H2A

分子名称: Histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKQGGK ARAKAKTRSS RAGLQFPVGR VHRLLRKGNY SERVGAGAPV YLAAVLEYLT AEILELAGNA ARDNKKTRII PRHLQLAIRN DEELNKLLGR VTIAQGGVLP NIQAVLLPKK TESHHKAKGK

+
分子 #4: Histone H2B

分子名称: Histone H2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列:
MPEPAKSAPA PKKGSKKAVT KAQKKDGKKR KRSRKESYSI YVYKVLKQVH PDTGISSKAM GIMNSFVNDI FERIAGEASR LAHYNKRSTI TSREIQTAVR LLLPGELAKH AVSEGTKAVT KYTSAK

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分子 #11: Centromere protein N (CENP-N)

分子名称: Centromere protein N (CENP-N) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDETVAEFIK RTILKIPMNE LTTILKAWDF LSENQLQTVN FRQRKESVVQ HLIHLCEEKR ASISDAALLD IIYMQFHQHQ KVWDVFQMSK GPGEDVDLFD MKQFKNSFKK ILQRALKNVT VSFRETEENA VWIRIAWGTQ YTKPNQYKPT YVVYYSQTPY AFTSSSMLRR ...文字列:
MDETVAEFIK RTILKIPMNE LTTILKAWDF LSENQLQTVN FRQRKESVVQ HLIHLCEEKR ASISDAALLD IIYMQFHQHQ KVWDVFQMSK GPGEDVDLFD MKQFKNSFKK ILQRALKNVT VSFRETEENA VWIRIAWGTQ YTKPNQYKPT YVVYYSQTPY AFTSSSMLRR NTPLLGQALT IASKHHQIVK MDLRSRYLDS LKAIVFKQYN QTFETHNSTT PLQERSLGLD INMDSRIIHE NIVEKERVQR ITQETFGDYP QPQLEFAQYK LETKFKSGLN GSILAEREEP LRCLIKFSSP HLLEALKSLA PAGIADAPLS PLLTCIPNKR MNYFKIRDK

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分子 #12: Centromere protein L (CENP-L)

分子名称: Centromere protein L (CENP-L) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDSYSAPEST PSASSRPEDY FIGATPLQKR LESVRKQSSF ILTPPRRKIP QCSQLQEDVD PQKVAFLLHK QWTLYSLTPL YKFSYSNLKE YSRLLNAFIV AEKQKGLAVE VGEDFNIKVI FSTLLGMKGT QRDPEAFLVQ IVSKSQLPSE NREGKVLWTG WFCCVFGDSL ...文字列:
MDSYSAPEST PSASSRPEDY FIGATPLQKR LESVRKQSSF ILTPPRRKIP QCSQLQEDVD PQKVAFLLHK QWTLYSLTPL YKFSYSNLKE YSRLLNAFIV AEKQKGLAVE VGEDFNIKVI FSTLLGMKGT QRDPEAFLVQ IVSKSQLPSE NREGKVLWTG WFCCVFGDSL LETVSEDFTC LPLFLANGAE SNTAIIGTWF QKTFDCYFSP LAINAFNLSW MAAMWTACKM DHYVATTEFL WSVPCSPQSL DISFAIHPED AKALWDSVHK TPGEVTQEEV DLFMDCLYSH FHRHFKIHLS ATRLVRVSTS VASAHTDGKI KILCHKYLIG VLAYLTELAI FQIE

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分子 #13: DNA (147-MER)

分子名称: DNA (147-MER) / タイプ: dna / ID: 13 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
ATCGAGAATC CCGGTGCCGA GGCCGCTCAA TTGGTCGTAG ACAGCTCTAG CACCGCTTAA ACGCACGTAC GCGCTGTCCC CCGCGTTTTA ACCGCCAAGG GGATTACTCC CTAGTCTCCA GGCACGTGTC ACATATATAC ATCCGAT

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分子 #14: DNA (147-MER)

分子名称: DNA (147-MER) / タイプ: dna / ID: 14 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
ATCGGATGTA TATATGTGAC ACGTGCCTGG AGACTAGGGA GTAATCCCCT TGGCGGTTAA AACGCGGGGG ACAGCGCGTA CGTGCGTTTA AGCGGTGCTA GAGCTGTCTA CGACCAATTG AGCGGCCTCG GCACCGGGAT TCTCGAT

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II

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電子顕微鏡法 #1

Microscopy ID1
顕微鏡FEI TITAN
撮影Image recording ID: 1
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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電子顕微鏡法 #1~

Microscopy ID1
顕微鏡FEI TECNAI 20
撮影Image recording ID: 2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 46.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

Image recording ID1
CTF補正ソフトウェア: (名称: Gctf (ver. 1.06), CTFFIND (ver. 4.1.5))
詳細: Gctf & CTFFIND4
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: The H2B-K34-ubiquitylation nucleosome single particle reconstruction density achieved in the lab was low-pass filtered and served as the initial model.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 130598
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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