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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7318 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of CENP-A nucleosome complexed with CENP-LN | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM structure of CENP-A nucleosome complexed with CENP-LN | |||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Li XR / Wang CL / Tian T / Zang JY / Zhou ZH | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2018 タイトル: Molecular basis for CENP-N recognition of CENP-A nucleosome on the human kinetochore. 著者: Tian Tian / Xiaorun Li / Yingying Liu / Chengliang Wang / Xing Liu / Guoqiang Bi / Xuan Zhang / Xuebiao Yao / Z Hong Zhou / Jianye Zang / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7318.map.gz | 3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7318-v30.xml emd-7318.xml | 19.6 KB 19.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_7318_fsc.xml | 6.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_7318.png | 56.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7318 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7318 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_7318_validation.pdf.gz | 79.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_7318_full_validation.pdf.gz | 78.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_7318_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7318 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7318 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7318.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 18.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of CENP-A nucleosome complexed with CENP-LN | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : CENP-A NCP/CENP-LN complex
+超分子 #1: CENP-A NCP/CENP-LN complex
+超分子 #2: CENP-A NCP
+超分子 #3: CENP-NL complex
+分子 #1: Histone H3-like centromeric protein A (CENP-A)
+分子 #2: Histone H4
+分子 #3: Histone H2A
+分子 #4: Histone H2B
+分子 #11: Centromere protein N (CENP-N)
+分子 #12: Centromere protein L (CENP-L)
+分子 #13: DNA (147-MER)
+分子 #14: DNA (147-MER)
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II |
-電子顕微鏡法 #1
Microscopy ID | 1 |
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顕微鏡 | FEI TITAN |
撮影 | Image recording ID: 1 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 55.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
-電子顕微鏡法 #1~
Microscopy ID | 1 |
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顕微鏡 | FEI TECNAI 20 |
撮影 | Image recording ID: 2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 46.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |