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- EMDB-7294: Cryo-EM Structure of Hepatitis B virus T=4 capsid in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7294
タイトルCryo-EM Structure of Hepatitis B virus T=4 capsid in complex with the fluorescent allosteric modulator HAP-TAMRA
マップデータA Hepatitis B virus capsid with T=4 symmetry, bound to HAP-TAMRA. HAP-TAMRA is a fluorescent probe derived from the Heteroaryldihydropyrimidine (HAP) class of capsid-directed antivirals.
試料Hepatitis B virus T=4 capsid != Hepatitis B virus genotype D subtype adw

Hepatitis B virus T=4 capsid

  • ウイルス: Hepatitis B virus genotype D subtype adw (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
  • リガンド: Heteroaryldihydropyrimidine tetramethylrodamine
キーワードcapsid / CpAM / antiviral / fluorescent / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / viral penetration into host nucleus / host cell / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / structural molecule activity / DNA binding / RNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Hepatitis core antigen / Viral capsid core domain supefamily, Hepatitis B virus / Hepatitis core antigen
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Hepatitis B virus genotype D subtype adw (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Schlicksup C / Wang JC
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI067417 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Hepatitis B virus core protein allosteric modulators can distort and disrupt intact capsids.
著者: Christopher John Schlicksup / Joseph Che-Yen Wang / Samson Francis / Balasubramanian Venkatakrishnan / William W Turner / Michael VanNieuwenhze / Adam Zlotnick /
要旨: Defining mechanisms of direct-acting antivirals facilitates drug development and our understanding of virus function. Heteroaryldihydropyrimidines (HAPs) inappropriately activate assembly of ...Defining mechanisms of direct-acting antivirals facilitates drug development and our understanding of virus function. Heteroaryldihydropyrimidines (HAPs) inappropriately activate assembly of hepatitis B virus (HBV) core protein (Cp), suppressing formation of virions. We examined a fluorophore-labeled HAP, HAP-TAMRA. HAP-TAMRA induced Cp assembly and also bound pre-assembled capsids. Kinetic and spectroscopic studies imply that HAP-binding sites are usually not available but are bound cooperatively. Using cryo-EM, we observed that HAP-TAMRA asymmetrically deformed capsids, creating a heterogeneous array of sharp angles, flat regions, and outright breaks. To achieve high resolution reconstruction (<4 Å), we introduced a disulfide crosslink that rescued particle symmetry. We deduced that HAP-TAMRA caused quasi-sixfold vertices to become flatter and fivefold more angular. This transition led to asymmetric faceting. That a disordered crosslink could rescue symmetry implies that capsids have tensegrity properties. Capsid distortion and disruption is a new mechanism by which molecules like the HAPs can block HBV infection.
履歴
登録2017年12月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年2月7日-
マップ公開2018年2月7日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.036
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  • 原子モデル: PDB-6bvf
  • 表面レベル: 0.036
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  • 原子モデルPDB-6bvf
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7294.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7294.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈A Hepatitis B virus capsid with T=4 symmetry, bound to HAP-TAMRA. HAP-TAMRA is a fluorescent probe derived from the Heteroaryldihydropyrimidine (HAP) class of capsid-directed antivirals.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.29 Å/pix.
x 380 pix.
= 488.3 Å		1.29 Å/pix.
x 380 pix.
= 488.3 Å		1.29 Å/pix.
x 380 pix.
= 488.3 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.285 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.036 / ムービー #1: 0.036
最小 - 最大-0.056519054 - 0.1568575
平均 (標準偏差)0.00042570985 (±0.01004744)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ380380380
Spacing380380380
セルA=B=C: 488.3 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.2851.2851.285
M x/y/z380380380
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z488.300488.300488.300
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-64-64-64
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS380380380
D min/max/mean-0.0570.1570.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Hepatitis B virus T=4 capsid

全体名称: Hepatitis B virus T=4 capsid
要素
  • ウイルス: Hepatitis B virus genotype D subtype adw (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Capsid protein
  • リガンド: Heteroaryldihydropyrimidine tetramethylrodamine

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超分子 #1: Hepatitis B virus genotype D subtype adw

超分子名称: Hepatitis B virus genotype D subtype adw / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 10419 / 生物種: Hepatitis B virus genotype D subtype adw / Sci species strain: isolate United Kingdom/adyw/1979 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes

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分子 #1: Capsid protein

分子名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hepatitis B virus genotype D subtype adw (ウイルス)
分子量理論値: 16.791104 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MDIDPYKEFG ATVELLSFLP SDFFPSVRDL LDTAAALYRD ALESPEHASP HHTALRQAIL AWGDLMTLAT WVGTNLEDPA SRDLVVSYV NTNVGLKFRQ LLWFHISALT FGRETVLEYL VSFGVWIRTP PAYRPPNAPI LSTLPETTVV C

UniProtKB: Capsid protein

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分子 #2: Heteroaryldihydropyrimidine tetramethylrodamine

分子名称: Heteroaryldihydropyrimidine tetramethylrodamine / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: E9D
分子量理論値: 939.428 Da
Chemical component information

ChemComp-E9D:
Heteroaryldihydropyrimidine tetramethylrodamine

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC8H18N2O4SHEPES
300.0 mMNaClSodium Chloride
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 679 / 平均電子線量: 33.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 24823
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: A spherical volume with a diameter of 35 nm
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / ソフトウェア - 詳細: Automated B-factor Sharpening / 使用した粒子像数: 16008
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5d7y


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 1-143 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation Coefficient
得られたモデル

PDB-6bvf:
Cryo-EM Structure of Hepatitis B virus T=4 capsid in complex with the fluorescent allosteric modulator HAP-TAMRA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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