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- EMDB-7292: Drosophila Dicer-2 (apo, intact helicase density) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7292
タイトルDrosophila Dicer-2 (apo, intact helicase density)
マップデータDrosophila Dicer-2 (intact helicase density)
試料
  • 複合体: Drosophila Dicer-2 (apo)
    • タンパク質・ペプチド: Dicer-2
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.7 Å
データ登録者Shen PS / Sinha NK / Bass BL
引用ジャーナル: Science / 年: 2018
タイトル: Dicer uses distinct modules for recognizing dsRNA termini.
著者: Niladri K Sinha / Janet Iwasa / Peter S Shen / Brenda L Bass /
要旨: Invertebrates rely on Dicer to cleave viral double-stranded RNA (dsRNA), and Dicer-2 distinguishes dsRNA substrates by their termini. Blunt termini promote processive cleavage, while 3' overhanging ...Invertebrates rely on Dicer to cleave viral double-stranded RNA (dsRNA), and Dicer-2 distinguishes dsRNA substrates by their termini. Blunt termini promote processive cleavage, while 3' overhanging termini are cleaved distributively. To understand this discrimination, we used cryo-electron microscopy to solve structures of Dicer-2 alone and in complex with blunt dsRNA. Whereas the Platform-PAZ domains have been considered the only Dicer domains that bind dsRNA termini, unexpectedly, we found that the helicase domain is required for binding blunt, but not 3' overhanging, termini. We further showed that blunt dsRNA is locally unwound and threaded through the helicase domain in an adenosine triphosphate-dependent manner. Our studies reveal a previously unrecognized mechanism for optimizing antiviral defense and set the stage for the discovery of helicase-dependent functions in other Dicers.
履歴
登録2017年12月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年1月10日-
マップ公開2018年1月10日-
更新2018年2月14日-
現状2018年2月14日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.006
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.006
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7292.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7292.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Drosophila Dicer-2 (intact helicase density)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.19 Å/pix.
x 256 pix.
= 305.408 Å		1.19 Å/pix.
x 256 pix.
= 305.408 Å		1.19 Å/pix.
x 256 pix.
= 305.408 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.193 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.006 / ムービー #1: 0.006
最小 - 最大-0.0227887 - 0.03678357
平均 (標準偏差)0.000015886186 (±0.0013535204)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 305.408 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1931.1931.193
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z305.408305.408305.408
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ281156
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0230.0370.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Drosophila Dicer-2 (apo)

全体名称: Drosophila Dicer-2 (apo)
要素
  • 複合体: Drosophila Dicer-2 (apo)
    • タンパク質・ペプチド: Dicer-2

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超分子 #1: Drosophila Dicer-2 (apo)

超分子名称: Drosophila Dicer-2 (apo) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)

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分子 #1: Dicer-2

分子名称: Dicer-2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: GPMEDVEIKP RGYQLRLVDH LTKSNGIVYL PTGSGKTFVA ILVLKRFSQD FDKPIESGGK RALFMCNTVE LARQQAMAVR RCTNFKVGFY VGEQGVDDWT RGMWSDEIKK NQVLVGTAQV FLDMVTQTYV ALSSLSVVII DECHHGTGHH PFREFMRLFT IANQTKLPRV ...文字列:
GPMEDVEIKP RGYQLRLVDH LTKSNGIVYL PTGSGKTFVA ILVLKRFSQD FDKPIESGGK RALFMCNTVE LARQQAMAVR RCTNFKVGFY VGEQGVDDWT RGMWSDEIKK NQVLVGTAQV FLDMVTQTYV ALSSLSVVII DECHHGTGHH PFREFMRLFT IANQTKLPRV VGLTGVLIKG NEITNVATKL KELEITYRGN IITVSDTKEM ENVMLYATKP TEVMVSFPHQ EQVLTVTRLI SAEIEKFYVS LDLMNIGVQP IRRSKSLQCL RDPSKKSFVK QLFNDFLYQM KEYGIYAASI AIISLIVEFD IKRRQAETLS VKLMHRTALT LCEKIRHLLV QKLQDMTYDD DDDNVNTEEV IMNFSTPKVQ RFLMSLKVSF ADKDPKDICC LVFVERRYTC KCIYGLLLNY IQSTPELRNV LTPQFMVGRN NISPDFESVL ERKWQKSAIQ QFRDGNANLM ICSSVLEEGI DVQACNHVFI LDPVKTFNMY VQSKGRARTT EAKFVLFTAD KEREKTIQQI YQYRKAHNDI AEYLKDRVLE KTEPELYEIK GHFQDDIDPF TNENGAVLLP NNALAILHRY CQTIPTDAFG FVIPWFHVLQ EDERDRIFGV SAKGKHVISI NMPVNCMLRD TIYSDPMDNV KTAKISAAFK ACKVLYSLGE LNERFVPKTL KERVASIADV HFEHWNKYGD SVTATVNKAD KSKDRTYKTE CPLEFYDALP RVGEICYAYE IFLEPQFESC EYTEHMYLNL QTPRNYAILL RNKLPRLAEM PLFSNQGKLH VRVANAPLEV IIQNSEQLEL LHQFHGMVFR DILKIWHPFF VLDRRSKENS YLVVPLILGA GEQKCFDWEL MTNFRRLPQS HGSNVQQREQ QPAPRPEDFE GKIVTQWYAN YDKPMLVTKV HRELTPLSYM EKNQQDKTYY EFTMSKYGNR IGDVVHKDKF MIEVRDLTEQ LTFYVHNRGK FNAKSKAKMK VILIPELCFN FNFPGDLWLK LIFLPSILNR MYFLLHAEAL RKRFNTYLNL HLLPFNGTDY MPRPLEIDYS LKRNVDPLGN VIPTEDIEEP KSLLEPMPTK SIEASVANLE ITEFENPWQK YMEPVDLSRN LLSTYPVELD YYYHFSVGNV CEMNEMDFED KEYWAKNQFH MPTGNIYGNR TPAKTNANVP ALMPSKPTVR GKVKPLLILQ KTVSKEHITP AEQGEFLAAI TASSAADVFD MERLEILGAS FLKLSATLYL ASKYSDWNEG TLTEVKSKLV SNRNLLFCLI DADIPKTLNT IQFTPRYTWL PPGISLPHNV LALWRENPEF AKIIGPHNLR DLALGDEESL VKGNCSDINY NRFVEGCRAN GQSFYAGADF SSEVNFCVGL VTIPNKVIAD TLEALLGVIV KNYGLQHAFK MLEYFKICRA DIDKPLTQLL NLELGGKKMR ANVNTTEIDG FLINHYYLEK NLGYTFKDRR YLLQALTHPS YPTNRITGSY QELEFIGAAI LDFLISAYIF ENNTKMNPGA LTDLRSALVN NTTLACICVR HRLHFFILAE NAKLSEIISK FVNFQESQGH RVTNYVRILL EEADVQPTPL DLDDELDMTE LPHANKCISQ EAEKGVPPKG EFNMSTNVDV PKALGDVLEA LIAAVYLDCR DLQRTWEVIF NLFEPELQEF TRKVPINHIR QLVEHKHAKP VFSSPIVEGE TVMVSCQFTC MEKTIKVYGF GSNKDQAKLS AAKHALQQLS KCDA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.2 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 9730
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る