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万見
- EMDB-72903: insect H/ACA snoRNP class IV -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-72903
タイトルinsect H/ACA snoRNP class IV
マップデータMain volume data
試料
  • 複合体: Insect H/ACA snoRNP
    • タンパク質・ペプチド: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 4-like
    • タンパク質・ペプチド: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit
    • タンパク質・ペプチド: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 2-like protein
    • タンパク質・ペプチド: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3
    • RNA: RNA (97-MER)
キーワードPseudouridine synthase / enzyme complex / snoRNA / snoRNP / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


snoRNA guided rRNA pseudouridine synthesis / rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA snoRNP complex / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing / snRNA pseudouridine synthesis / mRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA snoRNA binding / pseudouridine synthase activity / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / telomerase RNA binding ...snoRNA guided rRNA pseudouridine synthesis / rRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA snoRNP complex / box H/ACA sno(s)RNA 3'-end processing / snRNA pseudouridine synthesis / mRNA pseudouridine synthesis / box H/ACA snoRNA binding / pseudouridine synthase activity / positive regulation of telomerase RNA localization to Cajal body / telomerase RNA binding / snoRNA binding / ribonucleoprotein complex / RNA binding
類似検索 - 分子機能
H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 / H/ACA RNP complex subunit Gar1/Naf1, Cbf5-binding domain / Gar1/Naf1 RNA binding region / tRNA pseudouridine synthase B family / Dyskerin-like / DKCLD (NUC011) domain / DKCLD (NUC011) domain / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 superfamily / Nucleolar RNA-binding protein, Nop10p family ...H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 / H/ACA RNP complex subunit Gar1/Naf1, Cbf5-binding domain / Gar1/Naf1 RNA binding region / tRNA pseudouridine synthase B family / Dyskerin-like / DKCLD (NUC011) domain / DKCLD (NUC011) domain / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10 superfamily / Nucleolar RNA-binding protein, Nop10p family / tRNA pseudouridylate synthase B, C-terminal / tRNA pseudouridylate synthase B C-terminal domain / Pseudouridine synthase II, N-terminal / TruB family pseudouridylate synthase (N terminal domain) / Uncharacterised domain CHP00451 / PUA domain / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily / Putative RNA-binding Domain in PseudoUridine synthase and Archaeosine transglycosylase / PUA domain / PUA domain superfamily / PUA domain profile. / PUA-like superfamily / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / : / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 family / 50S ribosomal protein L30e-like / Translation protein, beta-barrel domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 4-like / H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3 / H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 2-like protein / H/ACA ribonucleoprotein complex subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者Panwar HS / Worden EW
資金援助 米国, カナダ, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R35GM147261-01 米国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)437623 カナダ
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: Interprotomer communication and functional asymmetry in H/ACA snoRNPs.
著者: Hemendra Singh Panwar / Timothy J Vos / Xiaoyan Xie / H Josh Jang / Hyoungjoo Lee / Ryan D Sheldon / Evan J Worden / Ute Kothe /
要旨: H/ACA small nucleolar ribonucleoproteins (H/ACA snoRNPs) facilitate essential cellular processes such as RNA modification, folding, and stability. Here, we present multiple cryo-EM structures of ...H/ACA small nucleolar ribonucleoproteins (H/ACA snoRNPs) facilitate essential cellular processes such as RNA modification, folding, and stability. Here, we present multiple cryo-EM structures of endogenous insect H/ACA snoRNPs containing two protomers assembled on a two-hairpin H/ACA snoRNA. By characterizing key protein-protein and protein-RNA interactions, we reveal the coordination of pseudouridylation activity across the two protomers which explains the predominance of two-hairpin structures in eukaryotic H/ACA snoRNAs. Moreover, we found that several mutations in H/ACA proteins associated with dyskeratosis congenita (DC) directly impair pseudouridine formation suggesting how these mutations disrupt RNA modification and ribosome biogenesis in this disease. Additionally, we uncover coordinated structural changes between Nop10, Nhp2, and the N-terminal extensions of Cbf5 in the 3' protomer that resemble active and inactive conformations and may regulate H/ACA snoRNP activity. In summary, this study provides detailed insight into the structure and function of RNA modification-competent H/ACA snoRNPs, which play pivotal roles in cellular processes including ribosome biogenesis, rRNA folding, (m)RNA modification, and telomere maintenance.
履歴
登録2025年9月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年12月10日-
マップ公開2025年12月10日-
更新2025年12月31日-
現状2025年12月31日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_72903.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_72903.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main volume data
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 248.4 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 248.4 Å		0.83 Å/pix.
x 300 pix.
= 248.4 Å

表面

投影像

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断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.828 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.109
最小 - 最大-0.0017709446 - 2.1432853
平均 (標準偏差)0.0016123853 (±0.029486993)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 248.40001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Additional volume data

ファイルemd_72903_additional_1.map
注釈Additional volume data
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half volume data

ファイルemd_72903_half_map_1.map
注釈Half volume data
投影像・断面図
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断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half volume data

ファイルemd_72903_half_map_2.map
注釈Half volume data
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Insect H/ACA snoRNP

全体名称: Insect H/ACA snoRNP
要素
  • 複合体: Insect H/ACA snoRNP
    • タンパク質・ペプチド: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 4-like
    • タンパク質・ペプチド: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit
    • タンパク質・ペプチド: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 2-like protein
    • タンパク質・ペプチド: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3
    • RNA: RNA (97-MER)

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超分子 #1: Insect H/ACA snoRNP

超分子名称: Insect H/ACA snoRNP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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分子 #1: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 4-like

分子名称: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 4-like / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
分子量理論値: 57.643172 KDa
配列文字列: MTEVLQPGAE VFSEKKKKKV KESKEGVSLG QFQKLGDFKI EPTESVTKLD TAYWPLLLKN FDRLNVRTNH YTPLPFGHSP LKRPIAEYV KAGFINVDKP SNPSSHEVVS WIKRILKVEK TGHSGTLDPK VTGCLIVCID RATRLVKSQQ NAGKEYVAVF S LHSAVENV ...文字列:
MTEVLQPGAE VFSEKKKKKV KESKEGVSLG QFQKLGDFKI EPTESVTKLD TAYWPLLLKN FDRLNVRTNH YTPLPFGHSP LKRPIAEYV KAGFINVDKP SNPSSHEVVS WIKRILKVEK TGHSGTLDPK VTGCLIVCID RATRLVKSQQ NAGKEYVAVF S LHSAVENV KKVTQGLEKL RGALFQRPPL ISAVKRQLRV RSVYDSKLLD FDKDRNIGVF WVSCEAGSYI RTMCVHLGLM LG VGGQMIE LRRVRSGIQG EKEGMVTMHD ILDAQWAYEN HKDESYLRRV IKPLEGLLVA HKRIFIKDSA VNAVCYGAKV LLP GILRYE DGIEIDQEIV IVTTKGEAVA LAIALMTTST MASCDHGVAA KLKRVIMERD TYPRKWGLGP KASHKKSLIS QGKL DKFGK PNENTPSEWL NSYVDYKKKD TNGDAEDDVG RKRTASTANA DDPDNSVEVK SEKKKKKKKR DSEAADAVPE DGSGD ATME AETTTEADSS IRKEKKKKKK KDREQERVDE

UniProtKB: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 4-like

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分子 #2: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit

分子名称: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
分子量理論値: 22.800066 KDa
配列文字列: MSFRGRGGGG GGRGGYGGGG GGGGRGFGGR GGGGGRGGFG GRGGGRGGRG GGGGGFRQQD QGPPESVIPL GHYGWTVQDD LICKVDIED VPYFNAPIFL ENKEQIGKID EIFGNLRDYF VSVKMGDNFK ANSFKDGQQF YIDPAKLLPL KRFLPQPPGA K RGGGRGRG ...文字列:
MSFRGRGGGG GGRGGYGGGG GGGGRGFGGR GGGGGRGGFG GRGGGRGGRG GGGGGFRQQD QGPPESVIPL GHYGWTVQDD LICKVDIED VPYFNAPIFL ENKEQIGKID EIFGNLRDYF VSVKMGDNFK ANSFKDGQQF YIDPAKLLPL KRFLPQPPGA K RGGGRGRG GPRGGRGGGG GFGRGGGGGG RGGGFGRGGG GGRGGFGRGG GGGYGGGGGG FNRGGGGFRG GRGGR

UniProtKB: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit

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分子 #3: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 2-like protein

分子名称: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 2-like protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
分子量理論値: 17.704756 KDa
配列文字列:
MGKIKQEPVE QEDQADVSVK NEPQSYDEKV DHCSVIAKPM APKKLSKKIY KLIKKSTSHK NYIRNGLKIV QKQLRLGEKG IVFFAGDIS PIEIMCHLPA VCEEKDIPYC YTPSRKDIGA AMGTMRGCVM VLVKEHDDYK DLFDEVRGEI KLLGHPI

UniProtKB: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 2-like protein

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分子 #4: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3

分子名称: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
分子量理論値: 7.607749 KDa
配列文字列:
MYLRYYLNEN GDRQYTLATI DPYGKPTISA HPARFSPEDK YSRHRIIIKK RFGLLLTQQP EPIL

UniProtKB: H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 3

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分子 #5: RNA (97-MER)

分子名称: RNA (97-MER) / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
分子量理論値: 44.371863 KDa
配列文字列:
CCUGCGGCAA AAAAAGUGCA CGUCCCAAAA CUGGGACGUG CACCAAAAAA AAGGCCGCAG GAACAGCAAC GGAGCGAGUA AAAAAAAUG CACGUCCCAA AACUGGGACG UGCACAAAAA AAAAACUCGC UCACACAU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 74734
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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