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Structure paper

タイトルInterprotomer communication and functional asymmetry in H/ACA snoRNPs.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 122, Issue 51, Page e2514683122, Year 2025
掲載日2025年12月23日
著者Hemendra Singh Panwar / Timothy J Vos / Xiaoyan Xie / H Josh Jang / Hyoungjoo Lee / Ryan D Sheldon / Evan J Worden / Ute Kothe /
PubMed 要旨H/ACA small nucleolar ribonucleoproteins (H/ACA snoRNPs) facilitate essential cellular processes such as RNA modification, folding, and stability. Here, we present multiple cryo-EM structures of ...H/ACA small nucleolar ribonucleoproteins (H/ACA snoRNPs) facilitate essential cellular processes such as RNA modification, folding, and stability. Here, we present multiple cryo-EM structures of endogenous insect H/ACA snoRNPs containing two protomers assembled on a two-hairpin H/ACA snoRNA. By characterizing key protein-protein and protein-RNA interactions, we reveal the coordination of pseudouridylation activity across the two protomers which explains the predominance of two-hairpin structures in eukaryotic H/ACA snoRNAs. Moreover, we found that several mutations in H/ACA proteins associated with dyskeratosis congenita (DC) directly impair pseudouridine formation suggesting how these mutations disrupt RNA modification and ribosome biogenesis in this disease. Additionally, we uncover coordinated structural changes between Nop10, Nhp2, and the N-terminal extensions of Cbf5 in the 3' protomer that resemble active and inactive conformations and may regulate H/ACA snoRNP activity. In summary, this study provides detailed insight into the structure and function of RNA modification-competent H/ACA snoRNPs, which play pivotal roles in cellular processes including ribosome biogenesis, rRNA folding, (m)RNA modification, and telomere maintenance.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:41410763 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.86 - 3.23 Å
構造データ

72897

9yfl

EMDB-72897, PDB-9yfl:
insect H/ACA snoRNP class I
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

72898

9yfm

EMDB-72898, PDB-9yfm:
insect H/ACA snoRNP class II composite
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.95 Å

EMDB-72899: insect H/ACA snoRNP class II Consensus map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.86 Å

EMDB-72900: insect class II H/ACA snoRNP - Focused map 3'half
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.95 Å

EMDB-72901: insect class II H/ACA - Focused map 5' half
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.95 Å

72902

9yfn

EMDB-72902, PDB-9yfn:
insect H/ACA snoRNP class III
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.14 Å

72903

9yfo

EMDB-72903, PDB-9yfo:
insect H/ACA snoRNP class IV
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.23 Å

由来
  • trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Pseudouridine synthase / enzyme complex / snoRNA / snoRNP

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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