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- EMDB-7287: MicroED structure of carbamazepine at 0.85 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7287
タイトルMicroED structure of carbamazepine at 0.85 A resolution
マップデータ2Fo-Fc MicroED map of Carbamazepine (CBZ)
試料
  • 複合体: Carbamazepine
生物種unidentified (未定義)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 0.85 Å
データ登録者Gallagher-Jones M / Glynn C / Boyer DR / Martynowycz MW / Hernandez E / Miao J / Zee CT / NoviKova IV / Goldschmidt L / McFarlane HT ...Gallagher-Jones M / Glynn C / Boyer DR / Martynowycz MW / Hernandez E / Miao J / Zee CT / NoviKova IV / Goldschmidt L / McFarlane HT / Helguera GF / Evans JE / Sawaya MR / Cascio D / Eisenberg D / Gonen T / Rodriguez JA
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
Department of Energy (DOE, United States)FC02-02ER63421 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM103403 米国
National Science Foundation (NSF, United States)DMR 1548924 米国
Department of Energy (DOE, United States)Project FWP #66382 米国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2018
タイトル: Sub-ångström cryo-EM structure of a prion protofibril reveals a polar clasp.
著者: Marcus Gallagher-Jones / Calina Glynn / David R Boyer / Michael W Martynowycz / Evelyn Hernandez / Jennifer Miao / Chih-Te Zee / Irina V Novikova / Lukasz Goldschmidt / Heather T McFarlane / ...著者: Marcus Gallagher-Jones / Calina Glynn / David R Boyer / Michael W Martynowycz / Evelyn Hernandez / Jennifer Miao / Chih-Te Zee / Irina V Novikova / Lukasz Goldschmidt / Heather T McFarlane / Gustavo F Helguera / James E Evans / Michael R Sawaya / Duilio Cascio / David S Eisenberg / Tamir Gonen / Jose A Rodriguez /
要旨: The atomic structure of the infectious, protease-resistant, β-sheet-rich and fibrillar mammalian prion remains unknown. Through the cryo-EM method MicroED, we reveal the sub-ångström-resolution ...The atomic structure of the infectious, protease-resistant, β-sheet-rich and fibrillar mammalian prion remains unknown. Through the cryo-EM method MicroED, we reveal the sub-ångström-resolution structure of a protofibril formed by a wild-type segment from the β2-α2 loop of the bank vole prion protein. The structure of this protofibril reveals a stabilizing network of hydrogen bonds that link polar zippers within a sheet, producing motifs we have named 'polar clasps'.
履歴
登録2017年12月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年1月17日-
マップ公開2018年1月17日-
更新2022年11月16日-
現状2022年11月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7287.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7287.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 68.4 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈2Fo-Fc MicroED map of Carbamazepine (CBZ)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.281 Å
密度
表面レベル登録者による: 1.5 / ムービー #1: 0.6
最小 - 最大-1.417186 - 2.4729836
平均 (標準偏差)2.1282513e-10 (±0.34598488)
対称性空間群: 14
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZXY
Origin000
サイズ285611
Spacing284056
セルA: 7.8679996 Å / B: 11.24 Å / C: 15.735999 Å
α: 90.0 ° / β: 93.2 ° / γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.2810.2810.281
M x/y/z284056
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z7.86811.24015.736
α/β/γ90.00093.20090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ281156
MAP C/R/S312
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS562811
D min/max/mean-1.4172.4730.000

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添付データ

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追加マップ: Fo MicroED map of Carbamazepine (CBZ)

ファイルemd_7287_additional_1.map
注釈Fo MicroED map of Carbamazepine (CBZ)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Fo-Fc MicroED map of Carbamazepine (CBZ)

ファイルemd_7287_additional_2.map
注釈Fo-Fc MicroED map of Carbamazepine (CBZ)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Carbamazepine

全体名称: Carbamazepine
要素
  • 複合体: Carbamazepine

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超分子 #1: Carbamazepine

超分子名称: Carbamazepine / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: Carbamazepine is a small molecule inhibitor of sodium channels used primarily in the treatment of epilepsy.
由来(天然)生物種: unidentified (未定義)
分子量理論値: 234 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線結晶学
試料の集合状態3D array

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.33 / 構成要素 - 濃度: 1.0 mg/mL / 構成要素 - 式: C2H5OH / 構成要素 - 名称: Ethanol / 詳細: Pure ethanol
グリッドモデル: Quantifoil R2/4 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - Film thickness: 10.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: NITROGEN / チャンバー内湿度: 30 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Plunge-frozen after 10 seconds of blotting..
詳細Powder was dissolved in ethanol at 1 mg/mL and applied to EM grids.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度最低: 70.0 K / 最高: 100.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 120 / 回折像の数: 120 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 0.01 e/Å2
詳細: MicroED was collected under continuous rotation at a rate of 0.1 degrees/second with each frame corresponding to 5 seconds of exposure with a total range of tilts between -30 and +30 degrees.
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / カメラ長: 730 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN / 傾斜角度: -30.0, 30.0
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 0.85 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES
結晶パラメータ単位格子 - A: 7.5 Å / 単位格子 - B: 11.0 Å / 単位格子 - C: 13.70 Å / 単位格子 - γ: 90 ° / 単位格子 - α: 90 ° / 単位格子 - β: 93.2 ° / 空間群: P21/n
Crystallography statisticsNumber intensities measured: 2598 / Number structure factors: 956 / Fourier space coverage: 49.4 / R sym: 0.105 / R merge: 0.086 / Overall phase error: 30 / Overall phase residual: 30 / Phase error rejection criteria: 0 / High resolution: 0.85 Å / 殻 - Shell ID: 1 / 殻 - High resolution: 0.85 Å / 殻 - Low resolution: 7.5 Å / 殻 - Number structure factors: 956 / 殻 - Phase residual: 20 / 殻 - Fourier space coverage: 49.4 / 殻 - Multiplicity: 2.7

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原子モデル構築 1

精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 10 / 当てはまり具合の基準: CC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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