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- EMDB-72474: Sro7 bound to His-Exo84 (1-326) on a Nickel-NTA lipid monolayer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-72474
タイトルSro7 bound to His-Exo84 (1-326) on a Nickel-NTA lipid monolayer
マップデータB-factor sharpened map
試料
  • 複合体: Yeast Sro7 complexed with Exo84 (amino acids 1-326)
    • タンパク質・ペプチド: Lethal(2) giant larvae protein homolog SRO7
  • リガンド: SODIUM ION
キーワードExocytosis / membrane trafficking / vesicle tethering
機能・相同性
機能・相同性情報


myosin II binding / Golgi to plasma membrane transport / mating projection tip / syntaxin binding / small GTPase-mediated signal transduction / establishment of cell polarity / exocytosis / GTPase activator activity / SNARE binding / small GTPase binding ...myosin II binding / Golgi to plasma membrane transport / mating projection tip / syntaxin binding / small GTPase-mediated signal transduction / establishment of cell polarity / exocytosis / GTPase activator activity / SNARE binding / small GTPase binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Lethal giant larvae (Lgl)-like, C-terminal domain / Lethal giant larvae(Lgl) like, C-terminal / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Lethal(2) giant larvae protein homolog SRO7
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Baker RW / Strauss JD / McGinty RK
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35 GM150960 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 GM054712 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30CA016086 米国
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2025
タイトル: Nickel-NTA lipid-monolayer affinity grids allow for high-resolution structure determination by cryo-EM.
著者: Aleksandra Skrajna / Clara Lenger / Emily Robinson / Kevin Cannon / Reta Sarsam / Richard G Ouellette / Alberta M Abotsi / Patrick Brennwald / Robert K McGinty / Joshua D Strauss / Richard W Baker /
要旨: Grid preparation is a rate-limiting step in determining high-resolution structures by single particle cryo-EM. Particle interaction with the air-water interface often leads to denaturation, ...Grid preparation is a rate-limiting step in determining high-resolution structures by single particle cryo-EM. Particle interaction with the air-water interface often leads to denaturation, aggregation, or a preferred orientation within the ice. Some samples yield insufficient quantities of particles when using traditional grid making techniques and require the use of solid supports that concentrate samples onto the grid. Recent advances in grid-preparation show that affinity grids are promising tools to selectively concentrate proteins while simultaneously protecting samples from the air-water interface. One such technique utilizes lipid monolayers containing a lipid species with an affinity handle. Some of the first affinity grids used a holey carbon layer coated with nickel nitrilotriacetic acid (Ni-NTA) lipid, which allowed for the binding of proteins bearing the commonly used poly-histidine affinity tag. These studies however used complicated protocols and were conducted before the "resolution revolution" of cryo-EM. Here, we provide a straightforward preparation method and systematic analysis of Ni-NTA lipid monolayers as a tool for high-resolution single particle cryo-EM. We found the lipid affinity grids concentrate particles away from the AWI in thin ice (∼30 nm). We determined three structures ranging from 2.4 to 3.0 Å resolution, showing this method is amenable to high-resolution. Furthermore, we determined a 3.1 Å structure of a sub-100 kDa protein without symmetry, demonstrating the utility for a range of biological macromolecules. Lipid monolayers are therefore an easily extendable tool for most systems and help alleviate common problems such as low yield, disruption by the air-water interface, and thicker ice.
履歴
登録2025年9月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月29日-
マップ公開2025年10月29日-
更新2025年10月29日-
現状2025年10月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_72474.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_72474.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈B-factor sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.88 Å/pix.
x 300 pix.
= 262.8 Å		0.88 Å/pix.
x 300 pix.
= 262.8 Å		0.88 Å/pix.
x 300 pix.
= 262.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.876 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-1.6222601 - 2.528555
平均 (標準偏差)-0.00013688944 (±0.037509795)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 262.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_72474_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Map for coloring by local resolution

ファイルemd_72474_additional_1.map
注釈Map for coloring by local resolution
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Map filtered by local resolution

ファイルemd_72474_additional_2.map
注釈Map filtered by local resolution
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: unsharpened full map

ファイルemd_72474_additional_3.map
注釈unsharpened full map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: deepEMhancer sharpened map

ファイルemd_72474_additional_4.map
注釈deepEMhancer sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_72474_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_72474_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Yeast Sro7 complexed with Exo84 (amino acids 1-326)

全体名称: Yeast Sro7 complexed with Exo84 (amino acids 1-326)
要素
  • 複合体: Yeast Sro7 complexed with Exo84 (amino acids 1-326)
    • タンパク質・ペプチド: Lethal(2) giant larvae protein homolog SRO7
  • リガンド: SODIUM ION

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超分子 #1: Yeast Sro7 complexed with Exo84 (amino acids 1-326)

超分子名称: Yeast Sro7 complexed with Exo84 (amino acids 1-326) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: Yeast Sro7 purified from yeast complexed with Exo84 (amino acids 1-326) purified recombinantly in E. coli.
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: Lethal(2) giant larvae protein homolog SRO7

分子名称: Lethal(2) giant larvae protein homolog SRO7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 114.639422 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MFGSKRLKNV KEAFKSLKGQ NSETPIENSK ASFKSKNSKT STISKDAKSS SSLKIPISSN NKNKIFSLAE TNKYGMSSKP IAAAFDFTQ NLLAIATVTG EVHIYGQQQV EVVIKLEDRS AIKEMRFVKG IYLVVINAKD TVYVLSLYSQ KVLTTVFVPG K ITSIDTDA ...文字列:
MFGSKRLKNV KEAFKSLKGQ NSETPIENSK ASFKSKNSKT STISKDAKSS SSLKIPISSN NKNKIFSLAE TNKYGMSSKP IAAAFDFTQ NLLAIATVTG EVHIYGQQQV EVVIKLEDRS AIKEMRFVKG IYLVVINAKD TVYVLSLYSQ KVLTTVFVPG K ITSIDTDA SLDWMLIGLQ NGSMIVYDID RDQLSSFKLD NLQKSSFFPA ARLSPIVSIQ WNPRDIGTVL ISYEYVTLTY SL VENEIKQ SFIYELPPFA PGGDFSEKTN EKRTPKVIQS LYHPNSLHII TIHEDNSLVF WDANSGHMIM ARTVFETEIN VPQ PDYIRD SSTNAAKISK VYWMCENNPE YTSLLISHKS ISRGDNQSLT MIDLGYTPRY SITSYEGMKN YYANPKQMKI FPLP TNVPI VNILPIPRQS PYFAGCHNPG LILLILGNGE IETMLYPSGI FTDKASLFPQ NLSWLRPLAT TSMAASVPNK LWLGA LSAA QNKDYLLKGG VRTKRQKLPA EYGTAFITGH SNGSVRIYDA SHGDIQDNAS FEVNLSRTLN KAKELAVDKI SFAAET LEL AVSIETGDVV LFKYEVNQFY SVENRPESGD LEMNFRRFSL NNTNGVLVDV RDRAPTGVRQ GFMPSTAVHA NKGKTSA IN NSNIGFVGIA YAAGSLMLID RRGPAIIYME NIREISGAQS ACVTCIEFVI MEYGDDGYSS ILMVCGTDMG EVITYKIL P ASGGKFDVQL MDITNVTSKG PIHKIDAFSK ETKSSCLATI PKMQNLSKGL CIPGIVLITG FDDIRLITLG KSKSTHKGF KYPLAATGLS YISTVEKNND RKNLTVIITL EINGHLRVFT IPDFKEQMSE HIPFPIAAKY ITESSVLRNG DIAIRVSEFQ ASLFSTVKE QDTLAPVSDT LYINGIRIPY RPQVNSLQWA RGTVYCTPAQ LNELLGGVNR PASKYKESII AEGSFSERSS D DNNANHPE HQYTKPTRKG RNSSYGVLRN VSRAVETRWD AVEDRFNDYA TAMGETMNEA VEQTGKDVMK GALGF

UniProtKB: Lethal(2) giant larvae protein homolog SRO7

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分子 #2: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1
分子量理論値: 22.99 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS TALOS
詳細Beam tilt compensation enabled and calibrated using SerialEM
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm / 倍率（公称値）: 45000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

詳細Counting mode
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 詳細: NU Refinement in cryoSPARC / 使用した粒子像数: 524737
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2oaj


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-9y48:
Sro7 bound to His-Exo84 (1-326) on a Nickel-NTA lipid monolayer

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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