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- EMDB-71743: Structure of HTTQ23-HAP40 complex bound to macrocycles HHL1, HD4 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-71743
タイトルStructure of HTTQ23-HAP40 complex bound to macrocycles HHL1, HD4 and HL2
マップデータC1 HHL1 HL2 HD4
試料
  • 複合体: HTT Q23 - HAP40 complex with macrocycles HHL1, HD4 and HL2
    • 複合体: HTT-HAP40
      • タンパク質・ペプチド: 40-kDa huntingtin-associated protein
      • タンパク質・ペプチド: Huntingtin
    • 複合体: Macrocyclic peptides
      • タンパク質・ペプチド: HHL1
      • タンパク質・ペプチド: HD4
      • タンパク質・ペプチド: HL2
キーワードHuntingtin / Macrocycles / Polyglutamine expansion / PEPTIDE BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


vesicle cytoskeletal trafficking / positive regulation of inositol 1,4,5-trisphosphate-sensitive calcium-release channel activity / positive regulation of CAMKK-AMPK signaling cascade / microtubule-based transport / vocal learning / negative regulation of proteasomal protein catabolic process / positive regulation of mitophagy / regulation of CAMKK-AMPK signaling cascade / profilin binding / positive regulation of cilium assembly ...vesicle cytoskeletal trafficking / positive regulation of inositol 1,4,5-trisphosphate-sensitive calcium-release channel activity / positive regulation of CAMKK-AMPK signaling cascade / microtubule-based transport / vocal learning / negative regulation of proteasomal protein catabolic process / positive regulation of mitophagy / regulation of CAMKK-AMPK signaling cascade / profilin binding / positive regulation of cilium assembly / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / vesicle transport along microtubule / positive regulation of aggrephagy / positive regulation of lipophagy / Golgi organization / dynein intermediate chain binding / establishment of mitotic spindle orientation / dynactin binding / phosphoprotein phosphatase activity / Regulation of MECP2 expression and activity / postsynaptic cytosol / beta-tubulin binding / presynaptic cytosol / inclusion body / heat shock protein binding / centriole / autophagosome / cytoplasmic vesicle membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / protein destabilization / kinase binding / p53 binding / late endosome / transmembrane transporter binding / early endosome / nuclear body / positive regulation of apoptotic process / axon / apoptotic process / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Factor VIII intron 22 protein / Huntingtin / Huntingtin, middle-repeat / Huntingtin family / : / : / : / Huntingtin, N-terminal HEAT / Huntingtin, bridge / Huntingtin, N-terminal HEAT 1 ...Factor VIII intron 22 protein / Huntingtin / Huntingtin, middle-repeat / Huntingtin family / : / : / : / Huntingtin, N-terminal HEAT / Huntingtin, bridge / Huntingtin, N-terminal HEAT 1 / Huntingtin, C-terminal HEAT / Armadillo-like helical / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
40-kDa huntingtin-associated protein / Huntingtin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Balakrishnan S / Deme J / Lea SM / Harding RJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)Intramural Research Program 米国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2025
タイトル: High-Affinity, Structure-Validated and Selective Macrocyclic Peptide Tools for Chemical Biology Studies of Huntingtin
著者: Wolf E / Fanti R / Ikenoue T / Deme JC / Balakrishnan S / Keith BA / Alteen MG / Chandrasekaran R / Yadav M / Bhajiawala R / Ackloo S / Feng J / Pouladi MA / Edwards AM / Wilson D / Lea SM / Suga H / Harding RJ
履歴
登録2025年7月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月20日-
マップ公開2025年8月20日-
更新2025年8月20日-
現状2025年8月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_71743.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_71743.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈C1 HHL1 HL2 HD4
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.73 Å/pix.
x 512 pix.
= 374.784 Å		0.73 Å/pix.
x 512 pix.
= 374.784 Å		0.73 Å/pix.
x 512 pix.
= 374.784 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.732 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.111
最小 - 最大-0.18465853 - 2.3011484
平均 (標準偏差)0.00081893185 (±0.019962596)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 374.784 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: C1 HHL1 HL2 HD4 Half map A

ファイルemd_71743_half_map_1.map
注釈C1 HHL1 HL2 HD4 Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: C1 HHL1 HL2 HD4 Half map B

ファイルemd_71743_half_map_2.map
注釈C1 HHL1 HL2 HD4 Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HTT Q23 - HAP40 complex with macrocycles HHL1, HD4 and HL2

全体名称: HTT Q23 - HAP40 complex with macrocycles HHL1, HD4 and HL2
要素
  • 複合体: HTT Q23 - HAP40 complex with macrocycles HHL1, HD4 and HL2
    • 複合体: HTT-HAP40
      • タンパク質・ペプチド: 40-kDa huntingtin-associated protein
      • タンパク質・ペプチド: Huntingtin
    • 複合体: Macrocyclic peptides
      • タンパク質・ペプチド: HHL1
      • タンパク質・ペプチド: HD4
      • タンパク質・ペプチド: HL2

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超分子 #1: HTT Q23 - HAP40 complex with macrocycles HHL1, HD4 and HL2

超分子名称: HTT Q23 - HAP40 complex with macrocycles HHL1, HD4 and HL2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #5, #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 391 KDa

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超分子 #2: HTT-HAP40

超分子名称: HTT-HAP40 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5, #4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Macrocyclic peptides

超分子名称: Macrocyclic peptides / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3 / 詳細: Chemically synthesised
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: HHL1

分子名称: HHL1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Macrocycle peptide / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 2.131497 KDa
配列文字列:
(ACE)YLIRSSFNW FVFVEVPC(NH2)

-
分子 #2: HD4

分子名称: HD4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 2.024365 KDa
配列文字列:
(ACE)(DTY)DIWCETNK QTGILVLC(NH2)

-
分子 #3: HL2

分子名称: HL2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 1.83016 KDa
配列文字列:
(ACE)YTARYLTLG TLHYKC(NH2)

-
分子 #4: Huntingtin

分子名称: Huntingtin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 349.486375 KDa
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列: MATLEKLMKA FESLKSFQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQQQQQQ PPPPPPPPPP PQLPQPPPQA QPLLPQPQPP PPPPPPPPGP AVAEEPLHR PKKELSATKK DRVNHCLTIC ENIVAQSVRN SPEFQKLLGI AMELFLLCSD DAESDVRMVA DECLNKVIKA L MDSNLPRL ...文字列:
MATLEKLMKA FESLKSFQQQ QQQQQQQQQQ QQQQQQQQQQ PPPPPPPPPP PQLPQPPPQA QPLLPQPQPP PPPPPPPPGP AVAEEPLHR PKKELSATKK DRVNHCLTIC ENIVAQSVRN SPEFQKLLGI AMELFLLCSD DAESDVRMVA DECLNKVIKA L MDSNLPRL QLELYKEIKK NGAPRSLRAA LWRFAELAHL VRPQKCRPYL VNLLPCLTRT SKRPEESVQE TLAAAVPKIM AS FGNFAND NEIKVLLKAF IANLKSSSPT IRRTAAGSAV SICQHSRRTQ YFYSWLLNVL LGLLVPVEDE HSTLLILGVL LTL RYLVPL LQQQVKDTSL KGSFGVTRKE MEVSPSAEQL VQVYELTLHH TQHQDHNVVT GALELLQQLF RTPPPELLQT LTAV GGIGQ LTAAKEESGG RSRSGSIVEL IAGGGSSCSP VLSRKQKGKV LLGEEEALED DSESRSDVSS SALTASVKDE ISGEL AASS GVSTPGSAGH DIITEQPRSQ HTLQADSVDL ASCDLTSSAT DGDEEDILSH SSSQVSAVPS DPAMDLNDGT QASSPI SDS SQTTTEGPDS AVTPSDSSEI VLDGTDNQYL GLQIGQPQDE DEEATGILPD EASEAFRNSS MALQQAHLLK NMSHCRQ PS DSSVDKFVLR DEATEPGDQE NKPCRIKGDI GQSTDDDSAP LVHCVRLLSA SFLLTGGKNV LVPDRDVRVS VKALALSC V GAAVALHPES FFSKLYKVPL DTTEYPEEQY VSDILNYIDH GDPQVRGATA ILCGTLICSI LSRSRFHVGD WMGTIRTLT GNTFSLADCI PLLRKTLKDE SSVTCKLACT AVRNCVMSLC SSSYSELGLQ LIIDVLTLRN SSYWLVRTEL LETLAEIDFR LVSFLEAKA ENLHRGAHHY TGLLKLQERV LNNVVIHLLG DEDPRVRHVA AASLIRLVPK LFYKCDQGQA DPVVAVARDQ S SVYLKLLM HETQPPSHFS VSTITRIYRG YNLLPSITDV TMENNLSRVI AAVSHELITS TTRALTFGCC EALCLLSTAF PV CIWSLGW HCGPPLLSAS DESRKSCTVG MATMILTLLS SAWFPLDLSA HQDALILAGN LLAASAPKSL RSSWASEEEA NPA ATKQEE VWPALGDRAL VPMVEQLFSH LLKVINICAH VLDDVAPGPA IKAALPSLTN PPSLSPIRRK GKEKEPGEQA SVPL SPKKG SEASAASRQS DTSGPVTTSK SSSLGSFYHL PSYLKLHDVL KATHANYKVT LDLQNSTEKF GGFLRSALDV LSQIL ELAT LQDIGKCVEE ILGYLKSCFS REPMMATVCV QQLLKTLFGT NLASQFDGLS SNPSKSQGRA QRLGSSSVRP GLYHYC FMA PYTHFTQALA DASLRNMVQA EQENDTSGWF DVLQKVSTQL KTNLTSVTKN RADKNAIHNH IRLFEPLVIK ALKQYTT TT CVQLQKQVLD LLAQLVQLRV NYCLLDSDQV FIGFVLKQFE YIEVGQFRES EAIIPNIFFF LVLLSYERYH SKQIIGIP K IIQLCDGIMA SGRKAVTHAI PALQPIVHDL FVLRGTNKAD AGKELETQKE VVVSMLLRLI QYHQVLEMFI LVLQQCHKE NEDKWKRLSR QIADIILPML AKQQMHIDSH EALGVLNTLF EILAPSSLRP VDMLLRSMFV TPNTMASVST VQLWISGILA ILRVLISQS TEDIVLSRIQ ELSFSPYLIS CTVINRLRDG DSTSTLEEHS EGKQIKNLPE ETFSRFLLQL VGILLEDIVT K QLKVEMSE QQHTFYCQEL GTLLMCLIHI FKSGMFRRIT AAATRLFRSD GCGGSFYTLD SLNLRARSMI TTHPALVLLW CQ ILLLVNH TDYRWWAEVQ QTPKRHSLSS TKLLSPQMSG EEEDSDLAAK LGMCNREIVR RGALILFCDY VCQNLHDSEH LTW LIVNHI QDLISLSHEP PVQDFISAVH RNSAASGLFI QAIQSRCENL STPTMLKKTL QCLEGIHLSQ SGAVLTLYVD RLLC TPFRV LARMVDILAC RRVEMLLAAN LQSSMAQLPM EELNRIQEYL QSSGLAQRHQ RLYSLLDRFR LSTMQDSLSP SPPVS SHPL DGDGHVSLET VSPDKDWYVH LVKSQCWTRS DSALLEGAEL VNRIPAEDMN AFMMNSEFNL SLLAPCLSLG MSEISG GQK SALFEAAREV TLARVSGTVQ QLPAVHHVFQ PELPAEPAAY WSKLNDLFGD AALYQSLPTL ARALAQYLVV VSKLPSH LH LPPEKEKDIV KFVVATLEAL SWHLIHEQIP LSLDLQAGLD CCCLALQLPG LWSVVSSTEF VTHACSLIHC VHFILEAV A VQPGEQLLSP ERRTNTPKAI SEEEEEVDPN TQNPKYITAA CEMVAEMVES LQSVLALGHK RNSGVPAFLT PLLRNIIIS LARLPLVNSY TRVPPLVWKL GWSPKPGGDF GTAFPEIPVE FLQEKEVFKE FIYRINTLGW TSRTQFEETW ATLLGVLVTQ PLVMEQEES PPEEDTERTQ INVLAVQAIT SLVLSAMTVP VAGNPAVSCL EQQPRNKPLK ALDTRFGRKL SIIRGIVEQE I QAMVSKRE NIATHHLYQA WDPVPSLSPA TTGALISHEK LLLQINPERE LGSMSYKLGQ VSIHSVWLGN SITPLREEEW DE EEEEEAD APAPSSPPTS PVNSRKHRAG VDIHSCSQFL LELYSRWILP SSSARRTPAI LISEVVRSLL VVSDLFTERN QFE LMYVTL TELRRVHPSE DEILAQYLVP ATCKAAAVLG MDKAVAEPVS RLLESTLRSS HLPSRVGALH GILYVLECDL LDDT AKQLI PVISDYLLSN LKGIAHCVNI HSQQHVLVMC ATAFYLIENY PLDVGPEFSA SIIQMCGVML SGSEESTPSI IYHCA LRGL ERLLLSEQLS RLDAESLVKL SVDRVNVHSP HRAMAALGLM LTCMYTGKEK VSPGRTSDPN PAAPDSESVI VAMERV SVL FDRIRKGFPC EARVVARILP QFLDDFFPPQ DIMNKVIGEF LSNQQPYPQF MATVVYKVFQ TLHSTGQSSM VRDWVML SL SNFTQRAPVA MATWSLSCFF VSASTSPWVA AILPHVISRM GKLEQVDVNL FCLVATDFYR HQIEEELDRR AFQSVLEV V AAPGSPYHRL LTCLRNVHKV TTCGGSGDYK DDDDK

UniProtKB: Huntingtin

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分子 #5: 40-kDa huntingtin-associated protein

分子名称: 40-kDa huntingtin-associated protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.342254 KDa
組換発現生物種: unidentified baculovirus (ウイルス)
配列文字列: MHHHHHHSSG RENLYFQGMA AAAAGLGGGG AGPGPEAGDF LARYRLVSNK LKKRFLRKPN VAEAGEQFGQ LGRELRAQEC LPYAAWCQL AVARCQQALF HGPGEALALT EAARLFLRQE RDARQRLVCP AAYGEPLQAA ASALGAAVRL HLELGQPAAA A ALCLELAA ...文字列:
MHHHHHHSSG RENLYFQGMA AAAAGLGGGG AGPGPEAGDF LARYRLVSNK LKKRFLRKPN VAEAGEQFGQ LGRELRAQEC LPYAAWCQL AVARCQQALF HGPGEALALT EAARLFLRQE RDARQRLVCP AAYGEPLQAA ASALGAAVRL HLELGQPAAA A ALCLELAA ALRDLGQPAA AAGHFQRAAQ LQLPQLPLAA LQALGEAASC QLLARDYTGA LAVFTRMQRL AREHGSHPVQ SL PPPPPPA PQPGPGATPA LPAALLPPNS GSAAPSPAAL GAFSDVLVRC EVSRVLLLLL LQPPPAKLLP EHAQTLEKYS WEA FDSHGQ ESSGQLPEEL FLLLQSLVMA THEKDTEAIK SLQVEMWPLL TAEQNHLLHL VLQETISPSG QGV

UniProtKB: 40-kDa huntingtin-associated protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaClSodium chloride
0.025 %w/vC8H18N2O4SCHAPS
グリッドモデル: Quantifoil R2/4 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 51.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 165000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 988456
CTF補正ソフトウェア - 名称: SIMPLE (ver. 3.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 230039
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6x90


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-9pmw:
Structure of HTTQ23-HAP40 complex bound to macrocycles HHL1, HD4 and HL2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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