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万見
- EMDB-71576: Structure of the S. cerevisiae clamp loader Replication Factor C ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-71576
タイトルStructure of the S. cerevisiae clamp loader Replication Factor C (RFC) with mixed nucleotide occupancy
マップデータStructure of the S. cerevisiae clamp loader Replication Factor C (RFC) with mixed nucleotide occupancy
試料
  • 複合体: RFC1-5 complex
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 5
  • リガンド: ACETATE ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードAAA+ ATPase / Rossmann Fold / Complex / DNA replication / REPLICATION
機能・相同性
機能・相同性情報


Rad17 RFC-like complex / : / Elg1 RFC-like complex / DNA replication factor C complex / Ctf18 RFC-like complex / Polymerase switching / Translesion synthesis by REV1 / : / : / : ...Rad17 RFC-like complex / : / Elg1 RFC-like complex / DNA replication factor C complex / Ctf18 RFC-like complex / Polymerase switching / Translesion synthesis by REV1 / : / : / : / DNA clamp loader activity / DNA replication checkpoint signaling / : / Activation of ATR in response to replication stress / mitotic sister chromatid cohesion / sister chromatid cohesion / leading strand elongation / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Dual incision in TC-NER / mismatch repair / DNA damage checkpoint signaling / DNA-templated DNA replication / mitotic cell cycle / cell division / DNA repair / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Replication factor C subunit 1 / DNA replication factor RFC1, C-terminal / Replication factor RFC1 C terminal domain / RFC1-like, AAA+ ATPase lid domain / Replication factor C subunit 3, C-terminal domain / RCF1/5-like, AAA+ ATPase lid domain / Replication factor C, C-terminal / Replication factor C C-terminal domain / : / DNA polymerase III, delta subunit ...Replication factor C subunit 1 / DNA replication factor RFC1, C-terminal / Replication factor RFC1 C terminal domain / RFC1-like, AAA+ ATPase lid domain / Replication factor C subunit 3, C-terminal domain / RCF1/5-like, AAA+ ATPase lid domain / Replication factor C, C-terminal / Replication factor C C-terminal domain / : / DNA polymerase III, delta subunit / : / DNA polymerase III, clamp loader complex, gamma/delta/delta subunit, C-terminal / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Replication factor C subunit 5 / Replication factor C subunit 3 / Replication factor C subunit 1 / Replication factor C subunit 4 / Replication factor C subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Pajak J / Kelch BA
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
American Cancer SocietyPF-22-114 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM156361 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM127776 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM145943 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: PCNA is a nucleotide exchange factor for the clamp loader ATPase complex.
著者: Joshua Pajak / Jacob T Landeck / Xingchen Liu / Krishna Anand / Sasha Litvak / Brian A Kelch /
要旨: All life requires loading ring-shaped sliding clamp protein complexes onto DNA. The sliding clamp loader is a conserved AAA+ ATPase that binds the sliding clamp, opens the ring, and places it onto ...All life requires loading ring-shaped sliding clamp protein complexes onto DNA. The sliding clamp loader is a conserved AAA+ ATPase that binds the sliding clamp, opens the ring, and places it onto DNA. While recent structural work on both the canonical and "alternative" clamp loaders has shed light into how these machines perform their task once, it remains unclear how clamp loaders are recycled to load multiple sliding clamps. Here, we present structures of the clamp loader Replication Factor C (RFC) in absence of sliding clamp or supplemented nucleotide. Our structures indicate that RFC holds onto ADP tightly in at least two of its four ATPase active sites, suggesting that nucleotide exchange is regulated. Our molecular dynamics simulations and biochemical data indicate that binding of the sliding clamp Proliferating Cell Nuclear Antigen (PCNA) causes rapid exchange of tightly bound ADP. Our data suggest that PCNA acts as a nucleotide exchange factor (NEF) by prying apart adjacent subunits, providing a pathway for ADP release. We propose that, by using its own substrate as a NEF, RFC excludes off-pathway states that would arise from binding DNA prior to PCNA.
履歴
登録2025年7月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年11月12日-
マップ公開2025年11月12日-
更新2025年11月26日-
現状2025年11月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_71576.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_71576.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of the S. cerevisiae clamp loader Replication Factor C (RFC) with mixed nucleotide occupancy
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.42 Å/pix.
x 512 pix.
= 212.48 Å		0.42 Å/pix.
x 512 pix.
= 212.48 Å		0.42 Å/pix.
x 512 pix.
= 212.48 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.415 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0075
最小 - 最大-0.035035003 - 0.08555766
平均 (標準偏差)-0.000034519693 (±0.0025727057)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 212.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map A

ファイルemd_71576_half_map_1.map
注釈Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map B

ファイルemd_71576_half_map_2.map
注釈Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RFC1-5 complex

全体名称: RFC1-5 complex
要素
  • 複合体: RFC1-5 complex
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 4
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Replication factor C subunit 5
  • リガンド: ACETATE ION
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: RFC1-5 complex

超分子名称: RFC1-5 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 248 KDa

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分子 #1: Replication factor C subunit 1

分子名称: Replication factor C subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 95.048195 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MVNISDFFGK NKKSVRSSTS RPTRQVGSSK PEVIDLDTES DQESTNKTPK KMPVSNVIDV SETPEGEKKL PLPAKRKASS PTVKPASSK KTKPSSKSSD SASNITAQDV LDKIPSLDLS NVHVKENAKF DFKSANSNAD PDEIVSEIGS FPEGKPNCLL G LTIVFTGV ...文字列:
MVNISDFFGK NKKSVRSSTS RPTRQVGSSK PEVIDLDTES DQESTNKTPK KMPVSNVIDV SETPEGEKKL PLPAKRKASS PTVKPASSK KTKPSSKSSD SASNITAQDV LDKIPSLDLS NVHVKENAKF DFKSANSNAD PDEIVSEIGS FPEGKPNCLL G LTIVFTGV LPTLERGASE ALAKRYGARV TKSISSKTSV VVLGDEAGPK KLEKIKQLKI KAIDEEGFKQ LIAGMPAEGG DG EAAEKAR RKLEEQHNIA TKEAELLVKK EEERSKKLAA TRVSGGHLER DNVVREEDKL WTVKYAPTNL QQVCGNKGSV MKL KNWLAN WENSKKNSFK HAGKDGSGVF RAAMLYGPPG IGKTTAAHLV AQELGYDILE QNASDVRSKT LLNAGVKNAL DNMS VVGYF KHNEEAQNLN GKHFVIIMDE VDGMSGGDRG GVGQLAQFCR KTSTPLILIC NERNLPKMRP FDRVCLDIQF RRPDA NSIK SRLMTIAIRE KFKLDPNVID RLIQTTRGDI RQVINLLSTI STTTKTINHE NINEISKAWE KNIALKPFDI AHKMLD GQI YSDIGSRNFT LNDKIALYFD DFDFTPLMIQ ENYLSTRPSV LKPGQSHLEA VAEAANCISL GDIVEKKIRS SEQLWSL LP LHAVLSSVYP ASKVAGHMAG RINFTAWLGQ NSKSAKYYRL LQEIHYHTRL GTSTDKIGLR LDYLPTFRKR LLDPFLKQ G ADAISSVIEV MDDYYLTKED WDSIMEFFVG PDVTTAIIKK IPATVKSGFT RKYNSMTHPV AIYRTGSTIG GGGVGTSTS TPDFEDVVDA DDNPVPADDE ETQDSSTDLK KDKLIKQKAK PTKRKTATSK PGGSKKRKTK A

UniProtKB: Replication factor C subunit 1

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分子 #2: Replication factor C subunit 4

分子名称: Replication factor C subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 36.201039 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSKTLSLQLP WVEKYRPQVL SDIVGNKETI DRLQQIAKDG NMPHMIISGM PGIGKTTSVH CLAHELLGRS YADGVLELNA SDDRGIDVV RNQIKHFAQK KLHLPPGKHK IVILDEADSM TAGAQQALRR TMELYSNSTR FAFACNQSNK IIEPLQSRCA I LRYSKLSD ...文字列:
MSKTLSLQLP WVEKYRPQVL SDIVGNKETI DRLQQIAKDG NMPHMIISGM PGIGKTTSVH CLAHELLGRS YADGVLELNA SDDRGIDVV RNQIKHFAQK KLHLPPGKHK IVILDEADSM TAGAQQALRR TMELYSNSTR FAFACNQSNK IIEPLQSRCA I LRYSKLSD EDVLKRLLQI IKLEDVKYTN DGLEAIIFTA EGDMRQAINN LQSTVAGHGL VNADNVFKIV DSPHPLIVKK ML LASNLED SIQILRTDLW KKGYSSIDIV TTSFRVTKNL AQVKESVRLE MIKEIGLTHM RILEGVGTYL QLASMLAKIH KLN NKA

UniProtKB: Replication factor C subunit 4

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分子 #3: Replication factor C subunit 3

分子名称: Replication factor C subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 38.254543 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSTSTEKRSK ENLPWVEKYR PETLDEVYGQ NEVITTVRKF VDEGKLPHLL FYGPPGTGKT STIVALAREI YGKNYSNMVL ELNASDDRG IDVVRNQIKD FASTRQIFSK GFKLIILDEA DAMTNAAQNA LRRVIERYTK NTRFCVLANY AHKLTPALLS R CTRFRFQP ...文字列:
MSTSTEKRSK ENLPWVEKYR PETLDEVYGQ NEVITTVRKF VDEGKLPHLL FYGPPGTGKT STIVALAREI YGKNYSNMVL ELNASDDRG IDVVRNQIKD FASTRQIFSK GFKLIILDEA DAMTNAAQNA LRRVIERYTK NTRFCVLANY AHKLTPALLS R CTRFRFQP LPQEAIERRI ANVLVHEKLK LSPNAEKALI ELSNGDMRRV LNVLQSCKAT LDNPDEDEIS DDVIYECCGA PR PSDLKAV LKSILEDDWG TAHYTLNKVR SAKGLALIDL IEGIVKILED YELQNEETRV HLLTKLADIE YSISKGGNDQ IQG SAVIGA IKASFENETV KANV

UniProtKB: Replication factor C subunit 3

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分子 #4: Replication factor C subunit 2

分子名称: Replication factor C subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 39.794473 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MFEGFGPNKK RKISKLAAEQ SLAQQPWVEK YRPKNLDEVT AQDHAVTVLK KTLKSANLPH MLFYGPPGTG KTSTILALTK ELYGPDLMK SRILELNASD ERGISIVREK VKNFARLTVS KPSKHDLENY PCPPYKIIIL DEADSMTADA QSALRRTMET Y SGVTRFCL ...文字列:
MFEGFGPNKK RKISKLAAEQ SLAQQPWVEK YRPKNLDEVT AQDHAVTVLK KTLKSANLPH MLFYGPPGTG KTSTILALTK ELYGPDLMK SRILELNASD ERGISIVREK VKNFARLTVS KPSKHDLENY PCPPYKIIIL DEADSMTADA QSALRRTMET Y SGVTRFCL ICNYVTRIID PLASRCSKFR FKALDASNAI DRLRFISEQE NVKCDDGVLE RILDISAGDL RRGITLLQSA SK GAQYLGD GKNITSTQVE ELAGVVPHDI LIEIVEKVKS GDFDEIKKYV NTFMKSGWSA ASVVNQLHEY YITNDNFDTN FKN QISWLL FTTDSRLNNG TNEHIQLLNL LVKISQL

UniProtKB: Replication factor C subunit 2

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分子 #5: Replication factor C subunit 5

分子名称: Replication factor C subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 39.993582 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSLWVDKYRP KSLNALSHNE ELTNFLKSLS DQPRDLPHLL LYGPNGTGKK TRCMALLESI FGPGVYRLKI DVRQFVTASN RKLELNVVS SPYHLEITPS DMGNNDRIVI QELLKEVAQM EQVDFQDSKD GLAHRYKCVI INEANSLTKD AQAALRRTME K YSKNIRLI ...文字列:
MSLWVDKYRP KSLNALSHNE ELTNFLKSLS DQPRDLPHLL LYGPNGTGKK TRCMALLESI FGPGVYRLKI DVRQFVTASN RKLELNVVS SPYHLEITPS DMGNNDRIVI QELLKEVAQM EQVDFQDSKD GLAHRYKCVI INEANSLTKD AQAALRRTME K YSKNIRLI MVCDSMSPII APIKSRCLLI RCPAPSDSEI STILSDVVTN ERIQLETKDI LKRIAQASNG NLRVSLLMLE SM ALNNELA LKSSSPIIKP DWIIVIHKLT RKIVKERSVN SLIECRAVLY DLLAHCIPAN IILKELTFSL LDVETLNTTN KSS IIEYSS VFDERLSLGN KAIFHLEGFI AKVMCCLD

UniProtKB: Replication factor C subunit 5

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分子 #6: ACETATE ION

分子名称: ACETATE ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: ACT
分子量理論値: 59.044 Da
Chemical component information

ChemComp-ACT:
ACETATE ION

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分子 #7: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #8: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 1 / 式: GDP
分子量理論値: 443.201 Da
Chemical component information

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 7660 / 平均電子線量: 49.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.57 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5) / 使用した粒子像数: 223712
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 6
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る