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- EMDB-71401: CryoEM structure of the closed integrin alphaEbeta7 bound to fab LF61 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-71401
タイトルCryoEM structure of the closed integrin alphaEbeta7 bound to fab LF61
マップデータSharpened, locally refined map of the closed integrin alphaEbeta7 bound to fab LF61
試料
  • 複合体: Protein complex of open integrin alphaEbeta7 with fab LF61
    • タンパク質・ペプチド: Integrin alpha-E
    • タンパク質・ペプチド: Integrin beta-7
    • タンパク質・ペプチド: Fab LF61 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab LF61 Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードaEb7 / gut adhesion / tissue residence / membrane receptor / CELL ADHESION
機能・相同性
機能・相同性情報


immune response in gut-associated lymphoid tissue / cell-matrix adhesion involved in ameboidal cell migration / integrin alpha4-beta7 complex / leukocyte tethering or rolling / integrin complex / heterotypic cell-cell adhesion / leukocyte migration / cell adhesion mediated by integrin / receptor clustering / Integrin cell surface interactions ...immune response in gut-associated lymphoid tissue / cell-matrix adhesion involved in ameboidal cell migration / integrin alpha4-beta7 complex / leukocyte tethering or rolling / integrin complex / heterotypic cell-cell adhesion / leukocyte migration / cell adhesion mediated by integrin / receptor clustering / Integrin cell surface interactions / T cell migration / cell adhesion molecule binding / substrate adhesion-dependent cell spreading / cell-matrix adhesion / integrin-mediated signaling pathway / cell-cell adhesion / integrin binding / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / virus receptor activity / receptor complex / cell adhesion / external side of plasma membrane / focal adhesion / cell surface / extracellular exosome / metal ion binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. ...Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / EGF-like domain, extracellular / EGF-like domain / Integrin alpha cytoplasmic region / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain profile. / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain EGF (I-EGF) domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / Integrin alpha chain, C-terminal cytoplasmic region, conserved site / Integrins alpha chain signature. / Integrin alpha chain / Integrin alpha beta-propellor / : / Integrin alpha Ig-like domain 2 / FG-GAP repeat profile. / Integrin alpha (beta-propellor repeats). / FG-GAP repeat / FG-GAP repeat / Integrin alpha, N-terminal / Integrin domain superfamily / von Willebrand factor type A domain / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / VWFA domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
Integrin beta-7 / Integrin alpha-E
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Hollis JA / Campbell MG
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM147414 米国
National Science Foundation (NSF, United States) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM008268 米国
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2025
タイトル: Molecular exaptation by the integrin αI domain.
著者: Jeremy A Hollis / Matthew C Chan / Harmit S Malik / Melody G Campbell /
要旨: Integrins bind ligands between their alpha (α) and beta (β) subunits and transmit signals through conformational changes. Early in chordate evolution, some α subunits acquired an "inserted" (I) ...Integrins bind ligands between their alpha (α) and beta (β) subunits and transmit signals through conformational changes. Early in chordate evolution, some α subunits acquired an "inserted" (I) domain that expanded integrin's ligand-binding repertoire but obstructed the ancestral ligand pocket, seemingly blocking conventional integrin activation. Here, we compare cryo-electron microscopy structures of apo and ligand-bound states of the I domain-containing αEβ integrin and the I domain-lacking αβ integrin to illuminate how the I domain intrinsically mimics an extrinsic ligand to preserve integrin function. We trace the I domain's evolutionary origin to an ancestral collagen-collagen interaction domain, identifying an ancient molecular exaptation that facilitated integrin activation immediately upon I domain insertion. Our analyses reveal the evolutionary and biochemical basis of expanded cellular communication in vertebrates.
履歴
登録2025年6月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年9月24日-
マップ公開2025年9月24日-
更新2025年9月24日-
現状2025年9月24日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_71401.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_71401.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 134.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened, locally refined map of the closed integrin alphaEbeta7 bound to fab LF61
投影像・断面図

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.12 Å/pix.
x 328 pix.
= 368.016 Å		1.12 Å/pix.
x 328 pix.
= 368.016 Å		1.12 Å/pix.
x 328 pix.
= 368.016 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.122 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.051496156 - 2.0835986
平均 (標準偏差)0.00029330215 (±0.012630855)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ328328328
Spacing328328328
セルA=B=C: 368.016 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_71401_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened, locally refined map of the closed integrin...

ファイルemd_71401_additional_1.map
注釈Unsharpened, locally refined map of the closed integrin alphaEbeta7 bound to fab LF61
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened, non-uniform refined map of the closed integrin...

ファイルemd_71401_additional_2.map
注釈Unsharpened, non-uniform refined map of the closed integrin alphaEbeta7 bound to fab LF61
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Sharpened, non-uniform refined map of the closed integrin...

ファイルemd_71401_additional_3.map
注釈Sharpened, non-uniform refined map of the closed integrin alphaEbeta7 bound to fab LF61
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Non-uniform refined half map B of the closed...

ファイルemd_71401_additional_4.map
注釈Non-uniform refined half map B of the closed integrin alphaEbeta7 bound to fab LF61
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Non-uniform refined half map B of the closed...

ファイルemd_71401_additional_5.map
注釈Non-uniform refined half map B of the closed integrin alphaEbeta7 bound to fab LF61
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Locally refined half map B of the closed...

ファイルemd_71401_half_map_1.map
注釈Locally refined half map B of the closed integrin alphaEbeta7 bound to fab LF61
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Locally refined half map A of the closed...

ファイルemd_71401_half_map_2.map
注釈Locally refined half map A of the closed integrin alphaEbeta7 bound to fab LF61
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Protein complex of open integrin alphaEbeta7 with fab LF61

全体名称: Protein complex of open integrin alphaEbeta7 with fab LF61
要素
  • 複合体: Protein complex of open integrin alphaEbeta7 with fab LF61
    • タンパク質・ペプチド: Integrin alpha-E
    • タンパク質・ペプチド: Integrin beta-7
    • タンパク質・ペプチド: Fab LF61 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: Fab LF61 Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: CALCIUM ION

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超分子 #1: Protein complex of open integrin alphaEbeta7 with fab LF61

超分子名称: Protein complex of open integrin alphaEbeta7 with fab LF61
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Integrin alpha-E

分子名称: Integrin alpha-E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Ectodomain / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 129.950203 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: MWLFHTLLCI ASLALLAAFN VDVARPWLTP KGGAPFVLSS LLHQDPSTNQ TWLLVTSPRT KRTPGPLHRC SLVQDEILCH PVEHVPIPK GRHRGVTVVR SHHGVLICIQ VLVRRPHSLS SELTGTCSLL GPDLRPQAQA NFFDLENLLD PDARVDTGDC Y SNKEGGGE ...文字列:
MWLFHTLLCI ASLALLAAFN VDVARPWLTP KGGAPFVLSS LLHQDPSTNQ TWLLVTSPRT KRTPGPLHRC SLVQDEILCH PVEHVPIPK GRHRGVTVVR SHHGVLICIQ VLVRRPHSLS SELTGTCSLL GPDLRPQAQA NFFDLENLLD PDARVDTGDC Y SNKEGGGE DDVNTARQRR ALEKEEEEDK EEEEDEEEEE AGTEIAIILD GSGSIDPPDF QRAKDFISNM MRNFYEKCFE CN FALVQYG GVIQTEFDLR DSQDVMASLA RVQNITQVGS VTKTASAMQH VLDSIFTSSH GSRRKASKVM VVLTDGGIFE DPL NLTTVI NSPKMQGVER FAIGVGEEFK SARTARELNL IASDPDETHA FKVTNYMALD GLLSKLRYNI ISMEGTVGDA LHYQ LAQIG FSAQILDERQ VLLGAVGAFD WSGGALLYDT RSRRGRFLNQ TAAAAADAEA AQYSYLGYAV AVLHKTCSLS YIAGA PRYK HHGAVFELQK EGREASFLPV LEGEQMGSYF GSELCPVDID MDGSTDFLLV AAPFYHVHGE EGRVYVYRLS EQDGSF SLA RILSGHPGFT NARFGFAMAA MGDLSQDKLT DVAIGAPLEG FGADDGASFG SVYIYNGHWD GLSASPSQRI RASTVAP GL QYFGMSMAGG FDISGDGLAD ITVGTLGQAV VFRSRPVVRL KVSMAFTPSA LPIGFNGVVN VRLCFEISSV TTASESGL R EALLNFTLDV DVGKQRRRLQ CSDVRSCLGC LREWSSGSQL CEDLLLMPTE GELCEEDCFS NASVKVSYQL QTPEGQTDH PQPILDRYTE PFAIFQLPYE KACKNKLFCV AELQLATTVS QQELVVGLTK ELTLNINLTN SGEDSYMTSM ALNYPRNLQL KRMQKPPSP NIQCDDPQPV ASVLIMNCRI GHPVLKRSSA HVSVVWQLEE NAFPNRTADI TVTVTNSNER RSLANETHTL Q FRHGFVAV LSKPSIMYVN TGQGLSHHKE FLFHVHGENL FGAEYQLQIC VPTKLRGLQV VAVKKLTRTQ ASTVCTWSQE RA CAYSSVQ HVEEWHSVSC VIASDKENVT VAAEISWDHS EELLKDVTEL QILGEISFNK SLYEGLNAEN HRTKITVVFL KDE KYHGTG GLEVLFQGPG ENAQCEKELQ ALEKENAQLE WELQALEKEL AQWSHPQFEK

UniProtKB: Integrin alpha-E

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分子 #2: Integrin beta-7

分子名称: Integrin beta-7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 84.538789 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: MVALPMVLVL LLVLSRGESE LDAKIPSTGD ATEWRNPHLS MLGSCQPAPS CQKCILSHPS CAWCKQLNFT ASGEAEARRC ARREELLAR GCPLEELEEP RGQQEVLQDQ PLSQGARGEG ATQLAPQRVR VTLRPGEPQQ LQVRFLRAEG YPVDLYYLMD L SYSMKDDL ...文字列:
MVALPMVLVL LLVLSRGESE LDAKIPSTGD ATEWRNPHLS MLGSCQPAPS CQKCILSHPS CAWCKQLNFT ASGEAEARRC ARREELLAR GCPLEELEEP RGQQEVLQDQ PLSQGARGEG ATQLAPQRVR VTLRPGEPQQ LQVRFLRAEG YPVDLYYLMD L SYSMKDDL ERVRQLGHAL LVRLQEVTHS VRIGFGSFVD KTVLPFVSTV PSKLRHPCPT RLERCQSPFS FHHVLSLTGD AQ AFEREVG RQSVSGNLDS PEGGFDAILQ AALCQEQIGW RNVSRLLVFT SDDTFHTAGD GKLGGIFMPS DGHCHLDSNG LYS RSTEFD YPSVGQVAQA LSAANIQPIF AVTSAALPVY QELSKLIPKS AVGELSEDSS NVVQLIMDAY NSLSSTVTLE HSSL PPGVH ISYESQCEGP EKREGKAEDR GQCNHVRINQ TVTFWVSLQA THCLPEPHLL RLRALGFSEE LIVELHTLCD CNCSD TQPQ APHCSDGQGH LQCGVCSCAP GRLGRLCECS VAELSSPDLE SGCRAPNGTG PLCSGKGHCQ CGRCSCSGQS SGHLCE CDD ASCERHEGIL CGGFGRCQCG VCHCHANRTG RACECSGDMD SCISPEGGLC SGHGRCKCNR CQCLDGYYGA LCDQCPG CK TPCERHRDCA ECGAFRTGPL ATNCSTACAH TNVTLALAPI LDDGWCKERT LDNQLFFFLV EDDARGTVVL RVRPQEKG A DHDTSGLEVL FQGPGKNAQC KKKLQALKKK NAQLKWKLQA LKKKLAQGGH HHHHH

UniProtKB: Integrin beta-7

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分子 #3: Fab LF61 Heavy Chain

分子名称: Fab LF61 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.634564 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: MVQLQRAGPT IVKPGSAVKL SCKATGFAYE DYYIFWVRQR EGGNGQKWIG RIHPGSGETK YNDKFKGKAT LTADTEASSA YMRLTSLTS EDTAVWYCGW ERSVGRATFA YWGQGTSVTV SSAKTTPPSV YPLAPGSAAQ TNSMVTLGCL VKGYFPEPVT V TWNSGSLS ...文字列:
MVQLQRAGPT IVKPGSAVKL SCKATGFAYE DYYIFWVRQR EGGNGQKWIG RIHPGSGETK YNDKFKGKAT LTADTEASSA YMRLTSLTS EDTAVWYCGW ERSVGRATFA YWGQGTSVTV SSAKTTPPSV YPLAPGSAAQ TNSMVTLGCL VKGYFPEPVT V TWNSGSLS SGVHTFPAVL QSDLYTLSSS VTVPSSTWPS ETVTCNVAHP ASSTKVDKKI VP

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分子 #4: Fab LF61 Light Chain

分子名称: Fab LF61 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.439385 KDa
組換発現生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: AAITFNLAPE SLVVTAGSKV TFSCKASQDF LNSATKRNYL TWYQQRDGKP PKLLIYWASA RLSGVPARFT GSGGGGTEFT LTISSVKAA DIGTYYCRQL RSRPLTFGGG TKLTVKQPKS SPSVTLFPPS SEELETNKAT LVCTITDFYP GVVTVDWKVD G TPVTQGME ...文字列:
AAITFNLAPE SLVVTAGSKV TFSCKASQDF LNSATKRNYL TWYQQRDGKP PKLLIYWASA RLSGVPARFT GSGGGGTEFT LTISSVKAA DIGTYYCRQL RSRPLTFGGG TKLTVKQPKS SPSVTLFPPS SEELETNKAT LVCTITDFYP GVVTVDWKVD G TPVTQGME TTQPSKQSNN KYMASSYLTL TARAWERHSS YSCQVTHEGH TVEKSLS

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分子 #8: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 3 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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分子 #9: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 6 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.15 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 402099
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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