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Structure paper

タイトルMolecular exaptation by the integrin αI domain.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 11, Issue 37, Page eadx9567, Year 2025
掲載日2025年9月12日
著者Jeremy A Hollis / Matthew C Chan / Harmit S Malik / Melody G Campbell /
PubMed 要旨Integrins bind ligands between their alpha (α) and beta (β) subunits and transmit signals through conformational changes. Early in chordate evolution, some α subunits acquired an "inserted" (I) ...Integrins bind ligands between their alpha (α) and beta (β) subunits and transmit signals through conformational changes. Early in chordate evolution, some α subunits acquired an "inserted" (I) domain that expanded integrin's ligand-binding repertoire but obstructed the ancestral ligand pocket, seemingly blocking conventional integrin activation. Here, we compare cryo-electron microscopy structures of apo and ligand-bound states of the I domain-containing αEβ integrin and the I domain-lacking αβ integrin to illuminate how the I domain intrinsically mimics an extrinsic ligand to preserve integrin function. We trace the I domain's evolutionary origin to an ancestral collagen-collagen interaction domain, identifying an ancient molecular exaptation that facilitated integrin activation immediately upon I domain insertion. Our analyses reveal the evolutionary and biochemical basis of expanded cellular communication in vertebrates.
リンクSci Adv / PubMed:40929264 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.92 - 3.37 Å
構造データ

71399

9p95

EMDB-71399, PDB-9p95:
CryoEM structure of integrin alpha4beta7 bound to MAdCAM-1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.05 Å

71400

9p96

EMDB-71400, PDB-9p96:
CryoEM structure of the apo integrin alpha4beta7
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

71401

9p97

EMDB-71401, PDB-9p97:
CryoEM structure of the closed integrin alphaEbeta7 bound to fab LF61
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.92 Å

71402

9p98

EMDB-71402, PDB-9p98:
CryoEM structure of the open integrin alphaEbeta7 bound to fab LF61
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.93 Å

71403

9p99

EMDB-71403, PDB-9p99:
CryoEM structure of integrin alphaEbeta7 bound to E-cadherin
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.37 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

ChemComp-CA:
Unknown entry

ChemComp-MN:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードCELL ADHESION / a4b7 / gut adhesion / lymphocyte homing / membrane receptor / aEb7 / tissue residence

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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