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- EMDB-71093: Nanodisc-embedded human TF/FVIIa/XK1 in complex with 10H10 Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-71093
タイトルNanodisc-embedded human TF/FVIIa/XK1 in complex with 10H10 Fab
マップデータUnsharpened cryoem map of TF/FVIIa/XK1 complex in nanodiscs without particle subtraction
試料
  • 複合体: Complex of factor VIIa, XK1 and the Fab fragment of antibody 10H10, all bound to tissue factor embedded in a nanodisc membrane bilayer.
    • 複合体: Human 10H10 antibody Fab
      • タンパク質・ペプチド: Human 10H10 antibody Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Human 10H10 antibody Fab light chain
    • 複合体: XK1 chimeric protein
      • タンパク質・ペプチド: Human factor X (FX) light chain
      • タンパク質・ペプチド: Human TFPI Kunitz domain 1 (K1)
    • 複合体: Human activated factor VIIa
      • タンパク質・ペプチド: Human factor VIIa (FVIIa) light chain
      • タンパク質・ペプチド: Human factor VIIa (FVIIa) protease domain
    • 複合体: Human MBP-tagged tissue factor
      • タンパク質・ペプチド: Human tissue factor (TF)
キーワードcomplex / nanodisc / blood clotting
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Photenhauer AL / Sedzro JC / Morrissey JH / Ohi MD
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R35 HL135823 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R35 HL171334 米国
National Institutes of Health/Office of the DirectorS10OD030275 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R24 GM145965 米国
American Heart AssociationN028347 米国
引用ジャーナル: Blood / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structure of the tissue factor/factor VIIa complex with a factor X mimetic reveals a novel allosteric mechanism.
著者: Josepha C Sedzro / Amanda L Photenhauer / Fabienne Birkle / Katarina Meze / Alex Mortenson / Cade Duckworth / Po-Chao Wen / Sarah Kearns / Michael A Cianfrocco / Emad Tajkhorshid / Melanie D ...著者: Josepha C Sedzro / Amanda L Photenhauer / Fabienne Birkle / Katarina Meze / Alex Mortenson / Cade Duckworth / Po-Chao Wen / Sarah Kearns / Michael A Cianfrocco / Emad Tajkhorshid / Melanie D Ohi / James H Morrissey /
要旨: Blood clotting is triggered in hemostasis and thrombosis when the membrane-bound tissue factor (TF)/factor VIIa (FVIIa) complex activates factor X (FX). There are no structures of TF/FVIIa on ...Blood clotting is triggered in hemostasis and thrombosis when the membrane-bound tissue factor (TF)/factor VIIa (FVIIa) complex activates factor X (FX). There are no structures of TF/FVIIa on membranes, with or without FX. Using cryo-EM to address this gap, we assembled TF/FVIIa complexes on nanoscale membrane bilayers (nanodiscs), bound to XK1 and an antibody fragment. XK1 is a FX mimetic whose protease domain is replaced by the first Kunitz-type (K1) domain of tissue factor pathway inhibitor, while 10H10 is a non-inhibitory, anti-TF antibody. We determined a cryo-EM structure of a TF/FVIIa/XK1/10H10/nanodisc complex with a resolution of 3.7 Å, allowing us to model all the protein backbones. TF/FVIIa extends perpendicularly from the membrane, interacting with a "handle shaped" XK1 at two locations: the K1 domain docks into FVIIa's active site, while the γ-carboxyglutamate-rich (GLA) domain binds to TF's substrate-binding exosite. The FX and FVIIa GLA domains also contact each other and the membrane surface. Except for a minor contact between the first epidermal growth factor (EGF)-like domain of XK1 and TF, the rest of the FX light chain does not interact with TF/FVIIa. The structure reveals a previously unrecognized, membrane-dependent allosteric activation mechanism between FVIIa and TF where a serine-rich loop in TF that partially obscures the TF exosite must undergo a shift to allow access of the FX GLA domain to its final binding location on the membrane-bound TF/FVIIa complex. This mechanism also provides a novel explanation for the otherwise puzzling phenomenon of TF encryption/decryption on cell surfaces.
履歴
登録2025年6月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月27日-
マップ公開2025年8月27日-
更新2025年8月27日-
現状2025年8月27日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_71093.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_71093.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Unsharpened cryoem map of TF/FVIIa/XK1 complex in nanodiscs without particle subtraction
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 420 pix.
= 350.28 Å		0.83 Å/pix.
x 420 pix.
= 350.28 Å		0.83 Å/pix.
x 420 pix.
= 350.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.834 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.3066422 - 0.61088324
平均 (標準偏差)-0.0000669639 (±0.010212363)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 350.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map B

ファイルemd_71093_half_map_1.map
注釈half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_71093_half_map_2.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of factor VIIa, XK1 and the Fab fragment of antibody 10H1...

全体名称: Complex of factor VIIa, XK1 and the Fab fragment of antibody 10H10, all bound to tissue factor embedded in a nanodisc membrane bilayer.
要素
  • 複合体: Complex of factor VIIa, XK1 and the Fab fragment of antibody 10H10, all bound to tissue factor embedded in a nanodisc membrane bilayer.
    • 複合体: Human 10H10 antibody Fab
      • タンパク質・ペプチド: Human 10H10 antibody Fab heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Human 10H10 antibody Fab light chain
    • 複合体: XK1 chimeric protein
      • タンパク質・ペプチド: Human factor X (FX) light chain
      • タンパク質・ペプチド: Human TFPI Kunitz domain 1 (K1)
    • 複合体: Human activated factor VIIa
      • タンパク質・ペプチド: Human factor VIIa (FVIIa) light chain
      • タンパク質・ペプチド: Human factor VIIa (FVIIa) protease domain
    • 複合体: Human MBP-tagged tissue factor
      • タンパク質・ペプチド: Human tissue factor (TF)

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超分子 #1: Complex of factor VIIa, XK1 and the Fab fragment of antibody 10H1...

超分子名称: Complex of factor VIIa, XK1 and the Fab fragment of antibody 10H10, all bound to tissue factor embedded in a nanodisc membrane bilayer.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Map with nanodisc.

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超分子 #2: Human 10H10 antibody Fab

超分子名称: Human 10H10 antibody Fab / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #6-#7
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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超分子 #3: XK1 chimeric protein

超分子名称: XK1 chimeric protein / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #4: Human activated factor VIIa

超分子名称: Human activated factor VIIa / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #5: Human MBP-tagged tissue factor

超分子名称: Human MBP-tagged tissue factor / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Human factor VIIa (FVIIa) light chain

分子名称: Human factor VIIa (FVIIa) light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
ANAFL(CGU)(CGU)LRP GSL(CGU)R(CGU)CK(CGU)(CGU) QCSF(CGU)(CGU)AR(CGU)I FKDA(CGU)RTKLF

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分子 #2: Human factor VIIa (FVIIa) protease domain

分子名称: Human factor VIIa (FVIIa) protease domain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
IVGGKVCPKG ECPWQVLLLV NGAQLCGGTL INTIWVVSAA HCFDKIKNWR NLIAVLGEHD LSEHDGDEQS RRVAQVIIPS

+
分子 #3: Human factor X (FX) light chain

分子名称: Human factor X (FX) light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
ANSFL(CGU)(CGU)MKK GHL(CGU)R(CGU)CM(CGU)(CGU) TCSY(CGU)(CGU)AR(CGU)V F(CGU)DSDKTN

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分子 #4: Human TFPI Kunitz domain 1 (K1)

分子名称: Human TFPI Kunitz domain 1 (K1) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
TDTELPPLKL MHSFCAFKAD DGPCKAIMKR FFFNIFTRQC EEFIYGGCEG NQNRFESLEE CKKMCTRD

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分子 #5: Human tissue factor (TF)

分子名称: Human tissue factor (TF) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
TVAAYNLTWK STNFKTILEW EPKPVNQVYT VQISTKSGDW KSKCFYTTDT ECDLTDEIVK DVKQTYLARV FSYPAGNVES

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分子 #6: Human 10H10 antibody Fab heavy chain

分子名称: Human 10H10 antibody Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列:
QVHLQQSGAE LMKPGASVKI SCKASGYTFI TYWIEWVKQR PGHGLEWIGD ILPGSGSTNY NENFKGKATF TADSSSNTAY

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分子 #7: Human 10H10 antibody Fab light chain

分子名称: Human 10H10 antibody Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列:
DIVMTQSPSS LTVTAGEKVT MSCKSSQSLL SSGNQKNYLT WYQQIPGQPP KLLIYWASTR ESGVPDRFTG SGSGTDFTLT

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7132 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3440922
CTF補正タイプ: NONE
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.3) / ソフトウェア - 詳細: Non-uniform refinement / 使用した粒子像数: 91001
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

9p0x


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model / 詳細: Model generated from associated entry

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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