+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7102 | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | TPX2_micro decorated GMPCPP-microtubule | ||||||||||||||||||
マップデータ | TPX2_micro decorated GMPCPP-microtubule | ||||||||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||||||||
生物種 | sus scrofa (ブタ) / Homo sapiens (ヒト) / Sus scrofa (ブタ) | ||||||||||||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Zhang R / Nogales E | ||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 英国, 5件
| ||||||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2017 タイトル: Structural insight into TPX2-stimulated microtubule assembly. 著者: Rui Zhang / Johanna Roostalu / Thomas Surrey / Eva Nogales / 要旨: During mitosis and meiosis, microtubule (MT) assembly is locally upregulated by the chromatin-dependent Ran-GTP pathway. One of its key targets is the MT-associated spindle assembly factor TPX2. The ...During mitosis and meiosis, microtubule (MT) assembly is locally upregulated by the chromatin-dependent Ran-GTP pathway. One of its key targets is the MT-associated spindle assembly factor TPX2. The molecular mechanism of how TPX2 stimulates MT assembly remains unknown because structural information about the interaction of TPX2 with MTs is lacking. Here, we determine the cryo-electron microscopy structure of a central region of TPX2 bound to the MT surface. TPX2 uses two flexibly linked elements ('ridge' and 'wedge') in a novel interaction mode to simultaneously bind across longitudinal and lateral tubulin interfaces. These MT-interacting elements overlap with the binding site of importins on TPX2. Fluorescence microscopy-based in vitro reconstitution assays reveal that this interaction mode is critical for MT binding and facilitates MT nucleation. Together, our results suggest a molecular mechanism of how the Ran-GTP gradient can regulate TPX2-dependent MT formation. | ||||||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7102.map.gz | 156 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-7102-v30.xml emd-7102.xml | 15.5 KB 15.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_7102.png | 395.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7102 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7102 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_7102_validation.pdf.gz | 79.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_7102_full_validation.pdf.gz | 78.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_7102_validation.xml.gz | 493 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7102 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7102 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7102.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | TPX2_micro decorated GMPCPP-microtubule | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.33 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : TPX2_micro decorated GMPCPP-microtubule
全体 | 名称: TPX2_micro decorated GMPCPP-microtubule |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: TPX2_micro decorated GMPCPP-microtubule
超分子 | 名称: TPX2_micro decorated GMPCPP-microtubule / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|
-超分子 #2: tubulin
超分子 | 名称: tubulin / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: sus scrofa (ブタ) |
-超分子 #3: TPX2
超分子 | 名称: TPX2 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (蝶・蛾) / 組換株: sf21 |
-分子 #1: alpha tubulin
分子 | 名称: alpha tubulin / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: brain |
配列 | 文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHPE QLITGKEDAA NNYARGHYTI GKEIIDLVLD RIRKLADQCT GLQGFLVFHS FGGGTGSGFT SLLMERLSVD YGKKSKLEFS ...文字列: MRECISIHVG QAGVQIGNAC WELYCLEHGI QPDGQMPSDK TIGGGDDSFN TFFSETGAGK HVPRAVFVDL EPTVIDEVRT GTYRQLFHPE QLITGKEDAA NNYARGHYTI GKEIIDLVLD RIRKLADQCT GLQGFLVFHS FGGGTGSGFT SLLMERLSVD YGKKSKLEFS IYPAPQVSTA VVEPYNSILT THTTLEHSDC AFMVDNEAIY DICRRNLDIE RPTYTNLNRL ISQIVSSITA SLRFDGALNV DLTEFQTNLV PYPRIHFPLA TYAPVISAEK AYHEQLSVAE ITNACFEPAN QMVKCDPRHG KYMACCLLYR GDVVPKDVNA AIATIKTKRS IQFVDWCPTG FKVGINYQPP TVVPGGDLAK VQRAVCMLSN TTAIAEAWAR LDHKFDLMYA KRAFVHWYVG EGMEEGEFSE AREDMAALEK DYEEVGVDSV EGEGEEEGEE Y |
-分子 #2: beta tubulin
分子 | 名称: beta tubulin / タイプ: other / ID: 2 / 分類: other |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Sus scrofa (ブタ) / 器官: brain |
配列 | 文字列: MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEAAGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDNF VFGQSGAGNN WAKGHYTEGA ELVDSVLDVV RKESESCDCL QGFQLTHSLG GGTGSGMGTL LISKIREEYP DRIMNTFSVV ...文字列: MREIVHIQAG QCGNQIGAKF WEVISDEHGI DPTGSYHGDS DLQLERINVY YNEAAGNKYV PRAILVDLEP GTMDSVRSGP FGQIFRPDNF VFGQSGAGNN WAKGHYTEGA ELVDSVLDVV RKESESCDCL QGFQLTHSLG GGTGSGMGTL LISKIREEYP DRIMNTFSVV PSPKVSDTVV EPYNATLSVH QLVENTDETY CIDNEALYDI CFRTLKLTTP TYGDLNHLVS ATMSGVTTCL RFPGQLNADL RKLAVNMVPF PRLHFFMPGF APLTSRGSQQ YRALTVPELT QQMFDAKNMM AACDPRHGRY LTVAAVFRGR MSMKEVDEQM LNVQNKNSSY FVEWIPNNVK TAVCDIPPRG LKMSATFIGN STAIQELFKR ISEQFTAMFR RKAFLHWYTG EGMDEMEFTE AESNMNDLVS EYQQYQDATA DEQGEFEEEG EEDEA |
-分子 #3: TPX2
分子 | 名称: TPX2 / タイプ: other / ID: 3 / 分類: other |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MSQVKSSYSY DAPSDFINFS SLDDEGDTQN IDSWFEEKAN LENKLLGKNG TGGLFQGKTP LRKANLQQA IVTPLKPVDN TYYKEAEKEN LVEQSIPSNA CSSLEVEAAI SRKTPAQPQR R SLRLSAQK DLEQKEKHHV KMKAKRCATP VIIDEILPSK KMKVSNNKKK ...文字列: MSQVKSSYSY DAPSDFINFS SLDDEGDTQN IDSWFEEKAN LENKLLGKNG TGGLFQGKTP LRKANLQQA IVTPLKPVDN TYYKEAEKEN LVEQSIPSNA CSSLEVEAAI SRKTPAQPQR R SLRLSAQK DLEQKEKHHV KMKAKRCATP VIIDEILPSK KMKVSNNKKK PEEEGSAHQD TA EKNASSP EKAKGRHTVP CMPPAKQKFL KSTEEQELEK SMKMQQEVVE MRKKNEEFKK LAL AGIGQP VKKSVSQVTK SVDFHFRTDE RIKQHPKNQE EYKEVNFTSE LRKHPSSPAR VTKG CTIVK PFNLSQGKKR TFDETVSTYV PLAQQVEDFH KRTPNRYHLR SKKDDINLLP SKSSV TKIC RDPQTPVLQT KHRARAVTCK STAELEAEEL EKLQQYKFKA RELDPRILEG GPILPK KPP VKPPTEPIGF DLEIEKRIQE RESKKKTEDE HFEFHSRPCP TKILEDVVGV PEKKVLP IT VPKSPAFALK NRIRMPTKED EEEDEPVVIK AQPVPHYGVP FKPQIPEART VEICPFSF D SRDKERQLQK EKKIKELQKG EVPKFKALPL PHFDTINLPE KKVKNVTQIE PFCLETDRR GALKAQTWKH QLEEELRQQK EAACFKARPN TVISQEPFVP KKEKKSVAEG LSGSLVQEPF QLATEKRAK ERQELEKRMA EVEAQKAQQL EEARLQEEEQ KKEELARLRR ELVHKANPIR K YQGLEIKS SDQPLTVPVS PKFSTRFHC |
組換発現 | 生物種: Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (蝶・蛾) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6.8 / 詳細: BRB80 |
---|---|
グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 4C / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 288 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II / 詳細: blot for 4 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 4 / 実像数: 2000 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 27.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 9.04 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -25.74 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN / 使用した粒子像数: 85000 |
---|---|
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: CTFFIND |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: FREALIGN |
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
---|