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万見
- EMDB-7072: RagA/RagC:Ragulator complex structure determined by single partic... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7072
タイトルRagA/RagC:Ragulator complex structure determined by single particle negative stain electron microscopy
マップデータRagA/RagC Ragulator complex determined by single particle negative stain electron microscopy
試料
  • 複合体: RagA/RagC:Ragulator
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 16.2 Å
データ登録者Morris KL / Su M / Kim DJ / Fu Y / Lawrence R / Stjepanovic G / Zoncu R / Hurley JH
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM111730 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2017
タイトル: Hybrid Structure of the RagA/C-Ragulator mTORC1 Activation Complex.
著者: Ming-Yuan Su / Kyle L Morris / Do Jin Kim / Yangxue Fu / Rosalie Lawrence / Goran Stjepanovic / Roberto Zoncu / James H Hurley /
要旨: The lysosomal membrane is the locus for sensing cellular nutrient levels, which are transduced to mTORC1 via the Rag GTPases and the Ragulator complex. The crystal structure of the five-subunit human ...The lysosomal membrane is the locus for sensing cellular nutrient levels, which are transduced to mTORC1 via the Rag GTPases and the Ragulator complex. The crystal structure of the five-subunit human Ragulator at 1.4 Å resolution was determined. Lamtor1 wraps around the other four subunits to stabilize the assembly. The Lamtor2:Lamtor3 dimer stacks upon Lamtor4:Lamtor5 to create a platform for Rag binding. Hydrogen-deuterium exchange was used to map the Rag binding site to the outer face of the Lamtor2:Lamtor3 dimer and to the N-terminal intrinsically disordered region of Lamtor1. EM was used to reconstruct the assembly of the full-length RagA:RagC dimer bound to Ragulator at 16 Å resolution, revealing that the G-domains of the Rags project away from the Ragulator core. The combined structural model shows how Ragulator functions as a platform for the presentation of active Rags for mTORC1 recruitment, and might suggest an unconventional mechanism for Rag GEF activity.
履歴
登録2017年10月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年11月15日-
マップ公開2017年11月15日-
更新2020年1月29日-
現状2020年1月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.73
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.73
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7072.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7072.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈RagA/RagC Ragulator complex determined by single particle negative stain electron microscopy
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.5 Å/pix.
x 192 pix.
= 288. Å		1.5 Å/pix.
x 192 pix.
= 288. Å		1.5 Å/pix.
x 192 pix.
= 288. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.73 / ムービー #1: 1.73
最小 - 最大-0.3337062 - 2.7926908
平均 (標準偏差)0.04365978 (±0.24719733)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 288.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.51.51.5
M x/y/z192192192
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z288.000288.000288.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-38-19-20
NX/NY/NZ858082
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS192192192
D min/max/mean-0.3342.7930.044

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : RagA/RagC:Ragulator

全体名称: RagA/RagC:Ragulator
要素
  • 複合体: RagA/RagC:Ragulator

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超分子 #1: RagA/RagC:Ragulator

超分子名称: RagA/RagC:Ragulator / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
分子量理論値: 150 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: cryosparc ab-initio
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 16.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 24061
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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