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- EMDB-70271: Ecoli DnaB helicase and Phage Lambda loader P with ADP-Mg in a 6:... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70271
タイトルEcoli DnaB helicase and Phage Lambda loader P with ADP-Mg in a 6:6 stoichiometry ratio.
マップデータ
試料
  • 複合体: Replication initiation intermediate with Escherichia coli DnaB helicase and Phage Lambda loader P in a 6:6 stoichiometry ratio
    • 複合体: Ecoli DnaB helicase
      • タンパク質・ペプチド: Replicative DNA helicase
    • 複合体: Phage Lambda loader P
      • タンパク質・ペプチド: Helicase loader
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードHexameric DnaB helicase / Phage Lambda P helicase loader / bacterial DNA replication initiation intermediate / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


DnaB-DnaC complex / DnaB-DnaC-Rep-PriC complex / DnaB-DnaG complex / DnaB-DnaC-DnaT-PriA-PriC complex / DnaB-DnaC-DnaT-PriA-PriB complex / DNA helicase complex / primosome complex / DNA 5'-3' helicase / bidirectional double-stranded viral DNA replication / DNA replication, synthesis of primer ...DnaB-DnaC complex / DnaB-DnaC-Rep-PriC complex / DnaB-DnaG complex / DnaB-DnaC-DnaT-PriA-PriC complex / DnaB-DnaC-DnaT-PriA-PriB complex / DNA helicase complex / primosome complex / DNA 5'-3' helicase / bidirectional double-stranded viral DNA replication / DNA replication, synthesis of primer / replisome / response to ionizing radiation / replication fork processing / DNA replication initiation / DNA helicase activity / helicase activity / 5'-3' DNA helicase activity / DNA replication / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Replication P / Replication protein P / DNA helicase, DnaB type / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal / DnaB-like helicase N terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal domain superfamily / DNA helicase DnaB, N-terminal/DNA primase DnaG, C-terminal / DnaB-like helicase C terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. ...Replication P / Replication protein P / DNA helicase, DnaB type / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal / DnaB-like helicase N terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, N-terminal domain superfamily / DNA helicase DnaB, N-terminal/DNA primase DnaG, C-terminal / DnaB-like helicase C terminal domain / DNA helicase, DnaB-like, C-terminal / Superfamily 4 helicase domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Helicase loader / Replicative DNA helicase DnaB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Escherichia phage Lambda (λファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.85 Å
データ登録者Shatarupa A / Brown D / Olinares PDB / Chase J / Isiorho E / Chait BT / Jeruzalmi D
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Science Foundation (NSF, United States)1818255 米国
引用
ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Distinct Quaternary States, Intermediates, and Autoinhibition During Loading of the DnaB-Replicative Helicase by the Phage λP Helicase Loader.
著者: Abhipsa Shatarupa / Dhanjai Brown / Paul Dominic B Olinares / Jillian Chase / Eta Isiorho / Brian T Chait / David Jeruzalmi
要旨: Replicative helicases require loader proteins for assembly at the origins of DNA replication. Multiple copies of the bacteriophage λP (P) loader bind to and load the DnaB (B) replicative helicase ...Replicative helicases require loader proteins for assembly at the origins of DNA replication. Multiple copies of the bacteriophage λP (P) loader bind to and load the DnaB (B) replicative helicase on replication-origin-derived single-stranded DNA. We find that the DnaB•λP complex exists in two forms: B P and B P . In the 2.66 Å cryo-EM model of B P , five copies of the λP loader assemble into a crown-like shape that tightly grips DnaB. In this complex, closed planar DnaB is reconfigured into an open spiral with a sufficiently sized breach to permit ssDNA to enter an internal chamber. The transition to the open spiral involves λP-mediated changes to the Docking Helix (DH)-Linker Helix (LH) interface. The loader directly stabilizes the open spiral. Unexpectedly, one λP chain in B P is bound across the breach, precluding entry of replication-origin-derived ssDNA into DnaB's central chamber. We suggest that the B P complex is an early intermediate in the helicase activation pathway wherein neither the DnaB helicase nor the λP loader has attained its final form. DnaB in this complex adopts a partially open planar configuration, termed ajar planar. The partially ordered λP loader assembly features a much looser interaction with DnaB. The ssDNA and ATP sites in both complexes are in a configuration ill-suited for binding or hydrolysis. Our work specifies the conformational changes required for the intermediate B P to transition to B P on the pathway to recruitment by the initiator protein complex to the replication origin.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: An Autoinhibited Conformation of the DnaB-Replicative Helicase- phage LP Helicase Loader Complex
著者: Brown D / Shatarupa A / Olinares PDB / Chase J / Isiorho E / Chait BT / Jeruzalmi D
履歴
登録2025年4月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月16日-
マップ公開2025年7月16日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_70271.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70271.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 400 pix.
= 433.2 Å		1.08 Å/pix.
x 400 pix.
= 433.2 Å		1.08 Å/pix.
x 400 pix.
= 433.2 Å

表面

投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.083 Å
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ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.109
最小 - 最大-0.001793018 - 2.3803186
平均 (標準偏差)0.0005537458 (±0.016108785)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 433.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_70271_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_70271_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Replication initiation intermediate with Escherichia coli DnaB he...

全体名称: Replication initiation intermediate with Escherichia coli DnaB helicase and Phage Lambda loader P in a 6:6 stoichiometry ratio
要素
  • 複合体: Replication initiation intermediate with Escherichia coli DnaB helicase and Phage Lambda loader P in a 6:6 stoichiometry ratio
    • 複合体: Ecoli DnaB helicase
      • タンパク質・ペプチド: Replicative DNA helicase
    • 複合体: Phage Lambda loader P
      • タンパク質・ペプチド: Helicase loader
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Replication initiation intermediate with Escherichia coli DnaB he...

超分子名称: Replication initiation intermediate with Escherichia coli DnaB helicase and Phage Lambda loader P in a 6:6 stoichiometry ratio
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
分子量理論値: 473.4 KDa

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超分子 #2: Ecoli DnaB helicase

超分子名称: Ecoli DnaB helicase / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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超分子 #3: Phage Lambda loader P

超分子名称: Phage Lambda loader P / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Escherichia phage Lambda (λファージ)

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分子 #1: Replicative DNA helicase

分子名称: Replicative DNA helicase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 52.450945 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MAGNKPFNKQ QAEPRERDPQ VAGLKVPPHS IEAEQSVLGG LMLDNERWDD VAERVVADDF YTRPHRHIFT EMARLQESGS PIDLITLAE SLERQGQLDS VGGFAYLAEL SKNTPSAANI SAYADIVRER AVVREMISVA NEIAEAGFDP QGRTSEDLLD L AESRVFKI ...文字列:
MAGNKPFNKQ QAEPRERDPQ VAGLKVPPHS IEAEQSVLGG LMLDNERWDD VAERVVADDF YTRPHRHIFT EMARLQESGS PIDLITLAE SLERQGQLDS VGGFAYLAEL SKNTPSAANI SAYADIVRER AVVREMISVA NEIAEAGFDP QGRTSEDLLD L AESRVFKI AESRANKDEG PKNIADVLDA TVARIEQLFQ QPHDGVTGVN TGYDDLNKKT AGLQPSDLII VAARPSMGKT TF AMNLVEN AAMLQDKPVL IFSLEMPSEQ IMMRSLASLS RVDQTKIRTG QLDDEDWARI SGTMGILLEK RNIYIDDSSG LTP TEVRSR ARRIAREHGG IGLIMIDYLQ LMRVPALSDN RTLEIAEISR SLKALAKELN VPVVALSQLN RSLEQRADKR PVNS DLRES GSIEQDADLI MFIYRDEVYH ENSDLKGIAE IIIGKQRNGP IGTVRLTFNG QWSRFDNYAG PQYDDE

UniProtKB: Replicative DNA helicase DnaB

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分子 #2: Helicase loader

分子名称: Helicase loader / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage Lambda (λファージ)
分子量理論値: 26.551326 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MENIAAQMVN FDREQMRRIA NNMPEQYDEK PQVQQVAQII NGVFSQLLAT FPASLANRDQ NEVNEIRRQW VLAFRENGIT TMEQVNAGM RVARRQNRPF LPSPGQFVAW CREEASVTAG LPNVSELVDM VYEYCRKRGL YPDAESYPWK SNAHYWLVTN L YQNMRANA ...文字列:
MENIAAQMVN FDREQMRRIA NNMPEQYDEK PQVQQVAQII NGVFSQLLAT FPASLANRDQ NEVNEIRRQW VLAFRENGIT TMEQVNAGM RVARRQNRPF LPSPGQFVAW CREEASVTAG LPNVSELVDM VYEYCRKRGL YPDAESYPWK SNAHYWLVTN L YQNMRANA LTDAELRRKA ADELVHMTAR INRGEAIPEP VKQLPVMGGR PLNRAQALAK IAEIKAKFGL KGASV

UniProtKB: Helicase loader

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分子 #3: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 6 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4.9 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMNaC8H17N2O4SHEPES-Sodium salt
450.0 mMNaClSodium Chloride
2.0 mMC4H10O2S2Dithiothreitol (DTT)
0.5 mMMgCl2Magnesium Chloride
0.2 mMC10H16N5O13P3Adenosine triphosphate (ATP)
0.25 %C3H8O3Glycerol

詳細: 20 mM Na-HEPES pH 7.5, 450mM NaCl, 2mM DTT, 0.5mM MgCl2, 0.2mM ATP, 0.25% Glycerol
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 120 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Protein BP (1.5 uM), ssDNA (1.875 uM), and LO-156-299-NHis (2.25 uM) was mixed at 1.25 and 1.5 molar excess, respectively. 3uL of the sample was added to a plasma-cleaned grid at 4 degrees ...詳細: Protein BP (1.5 uM), ssDNA (1.875 uM), and LO-156-299-NHis (2.25 uM) was mixed at 1.25 and 1.5 molar excess, respectively. 3uL of the sample was added to a plasma-cleaned grid at 4 degrees celsius, 100 percent humidity, blot force 4, blot time 4s, wait time 30s, total blots 1, and plunge-frozen into liquid nitrogen-cooled ethane..

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
ソフトウェア名称: Leginon
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6479 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 51.19 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2315940
詳細: Particle picking was performed using Topaz in CryoSPARC.
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

1b79

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4) / 使用した粒子像数: 572557
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

1b79

chain_id: A, residue_range: 24-127, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
chain_id: A, residue_range: 128-471, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
chain_id: A, residue_range: 2-118, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

8v9s

chain_id: A, residue_range: 119-192, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
chain_id: A, residue_range: 193-233, source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
ソフトウェア名称: PHENIX (ver. 1.21.2_5419)
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 153.98
得られたモデル

PDB-9oa2:
Ecoli DnaB helicase and Phage Lambda loader P with ADP-Mg in a 6:6 stoichiometry ratio.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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