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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8v9s
タイトルDistinct Quaternary States, Intermediates, and Autoinhibition During Loading of the DnaB-Replicative Helicase by the Phage Lambda P Helicase Loader
要素Replication protein P
キーワードREPLICATION / hexameric DnaB helicase / replicative loader / Phage Lambda P helicase loader / bacterial DNA replication initiation
機能・相同性Replication P / Replication protein P / bidirectional double-stranded viral DNA replication / DNA replication initiation / Helicase loader
機能・相同性情報
生物種Escherichia phage Lambda (λファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Brown, D. / Shatarupa, A. / Olinares, P.D.B. / Chase, J. / Isiorho, E. / Chait, B. / Jeruzalmi, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)1818255 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Distinct Quaternary States, Intermediates, and Autoinhibition During Loading of the DnaB-Replicative Helicase by the Phage λP Helicase Loader.
著者: Abhipsa Shatarupa / Dhanjai Brown / Paul Dominic B Olinares / Jillian Chase / Eta Isiorho / Brian T Chait / David Jeruzalmi
要旨: Replicative helicases require loader proteins for assembly at the origins of DNA replication. Multiple copies of the bacteriophage λP (P) loader bind to and load the DnaB (B) replicative helicase ...Replicative helicases require loader proteins for assembly at the origins of DNA replication. Multiple copies of the bacteriophage λP (P) loader bind to and load the DnaB (B) replicative helicase on replication-origin-derived single-stranded DNA. We find that the DnaB•λP complex exists in two forms: B P and B P . In the 2.66 Å cryo-EM model of B P , five copies of the λP loader assemble into a crown-like shape that tightly grips DnaB. In this complex, closed planar DnaB is reconfigured into an open spiral with a sufficiently sized breach to permit ssDNA to enter an internal chamber. The transition to the open spiral involves λP-mediated changes to the Docking Helix (DH)-Linker Helix (LH) interface. The loader directly stabilizes the open spiral. Unexpectedly, one λP chain in B P is bound across the breach, precluding entry of replication-origin-derived ssDNA into DnaB's central chamber. We suggest that the B P complex is an early intermediate in the helicase activation pathway wherein neither the DnaB helicase nor the λP loader has attained its final form. DnaB in this complex adopts a partially open planar configuration, termed ajar planar. The partially ordered λP loader assembly features a much looser interaction with DnaB. The ssDNA and ATP sites in both complexes are in a configuration ill-suited for binding or hydrolysis. Our work specifies the conformational changes required for the intermediate B P to transition to B P on the pathway to recruitment by the initiator protein complex to the replication origin.
履歴
登録2023年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Replication protein P


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,4051
ポリマ－13,4051
非ポリマー00
水1,36976
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.731, 49.731, 70.772
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 Replication protein P


分子量: 13405.462 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 105 to 210 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia phage Lambda (λファージ)
プラスミド: pCDFDuet
詳細 (発現宿主): Duet expression system; Streptomycin resistance
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03689
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.97 % / 解説: Smooth rhombus; Trigonal pyramidal with one screw.
結晶化温度: 298.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Crystals were prepared using the sitting drop vapor diffusion method by mixing either 0.1, or 0.2, or 0.4 uL of the protein solution and 0.2 uL of a series of commercially available ...詳細: Crystals were prepared using the sitting drop vapor diffusion method by mixing either 0.1, or 0.2, or 0.4 uL of the protein solution and 0.2 uL of a series of commercially available crystallization screens (Qiagen). Optimized crystals for X-ray diffraction were grown at room temperature in a buffer consisting of 3 M to 4 M NaCl with 0.1 M HEPES-NaOH, pH 7 to 8 and required 7 days to form.
PH範囲: 7 - 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cold nitrogen gas stream / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月30日
放射モノクロメーター: dual-canted undulatory / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→43.07 Å / Num. obs: 8852 / % possible obs: 98.49 % / 冗長度: 5.7 % / Biso Wilson estimate: 20.16 Å2 / CC1/2: 0.987 / CC star: 0.997 / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.115 / Rsym value: 0.105 / Χ2: 0.824 / Net I/av σ(I): 18.98 / Net I/σ(I): 18.99
反射 シェル解像度: 1.86→1.98 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.8 / Num. unique obs: 1205 / CC1/2: 0.678 / CC star: 0.899 / Rpim(I) all: 0.364 / Rrim(I) all: 0.721 / Χ2: 0.251

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1-4487-000精密化
PHENIX1.20.1-4487-000モデル構築
HKL-2000v721.2データ削減
HKL-2000v721.2データスケーリング
PHENIX1.20.1-4487-000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.86→43.07 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.15 / 位相誤差: 25.73
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2436 870 9.98 %
Rwork0.2258 7848 -
obs0.2276 8718 98.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 27.94 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.86→43.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数607 0 0 76 683
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0108621
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.256842
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052988
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0142109
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.155986
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.86-1.980.31551370.29831205X-RAY DIFFRACTION94
1.98-2.130.29811440.22331292X-RAY DIFFRACTION98.76
2.13-2.350.25891460.25331299X-RAY DIFFRACTION98.7
2.35-2.690.25841430.23341301X-RAY DIFFRACTION99.59
2.69-3.390.25411430.2321347X-RAY DIFFRACTION99.67
3.39-43.070.19881570.19681404X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.5053836562 Å / Origin y: 29.1086348662 Å / Origin z: 15.0877517953 Å
111213212223313233
T0.256231957948 Å20.192865377138 Å2-0.051313889178 Å2-0.128249385432 Å2-0.0712631144211 Å2--0.0986557014693 Å2
L0.0796461148361 °2-0.00610451244823 °2-0.0242151916152 °2-0.0017721020955 °20.00428897454681 °2--0.00775584809801 °2
S0.0582811732352 Å °0.0376724836247 Å °-0.00435064833951 Å °0.0088133513492 Å °-0.00789480612036 Å °-0.00758404462291 Å °0.00344009132536 Å °0.0228599734257 Å °0.127139026381 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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