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- EMDB-70265: ytrEF nucleotide-free conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70265
タイトルytrEF nucleotide-free conformation
マップデータA main cryoEM map with a sharpening factor of -119.5. The resolution of this map is 3.4 angstrom at a FSC threshold of 0.143.
試料
  • 複合体: Bacillus ABC transporter ytrEF in nucleotide-free conformation
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter ATP-binding protein YtrE
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter permease YtrF
キーワードABC Transporter / transporter / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transporter activity / transmembrane transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / MacB-like periplasmic core domain / MacB-like periplasmic core domain / ABC transporter, lipoprotein release, LolD / MacB, ATP-binding domain / ABC3 transporter permease protein domain / FtsX-like permease C-terminal / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter ...: / MacB-like periplasmic core domain / MacB-like periplasmic core domain / ABC transporter, lipoprotein release, LolD / MacB, ATP-binding domain / ABC3 transporter permease protein domain / FtsX-like permease C-terminal / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ABC transporter ATP-binding protein YtrE / ABC transporter permease YtrF
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Yu P / Krah BS / Orlando MA / Orlando BJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM146721 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2025
タイトル: Structural analysis of a Gram-positive type VII ABC transporter induced by cell wall-targeting antibiotics.
著者: Peixuan Yu / Bradon S Krah / Melanie A Orlando / Sundharraman Subramanian / Benjamin J Orlando /
要旨: Bacteria utilize a variety of mechanisms to remodel the cell wall in response to environmental and antimicrobial stress. In the model organism Bacillus subtilis, the ytr operon encoding putative ATP- ...Bacteria utilize a variety of mechanisms to remodel the cell wall in response to environmental and antimicrobial stress. In the model organism Bacillus subtilis, the ytr operon encoding putative ATP-binding cassette (ABC) transporter(s) is highly upregulated in response to cell wall-targeting antibiotics. Here we show that the ytr operon encodes two distinct ABC transporters: YtrBCD and YtrEF. Using cryo-electron microscopy(cryo-EM), we determined the structures of YtrEF in nucleotide-free and ADP-vanadate bound states. The structures demonstrate that YtrEF adopts a type VII ABC transporter fold. Nucleotide binding induced conformational changes that propagate from the cytosolic region through the transmembrane helices to ultimately reorient the extracellular domains. Extended bacterial growth assays and suppressor mutation identification indicated that YtrEF contributes to alteration of colony morphology. These findings establish YtrEF as a type VII ABC transporter that is induced by cell wall-targeting antibiotics and a new avenue to phenotypically assess the ytr operon.
履歴
登録2025年4月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年10月15日-
マップ公開2025年10月15日-
更新2025年11月12日-
現状2025年11月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_70265.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70265.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈A main cryoEM map with a sharpening factor of -119.5. The resolution of this map is 3.4 angstrom at a FSC threshold of 0.143.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.89 Å/pix.
x 300 pix.
= 265.8 Å		0.89 Å/pix.
x 300 pix.
= 265.8 Å		0.89 Å/pix.
x 300 pix.
= 265.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.886 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0831
最小 - 最大-1.0168449 - 1.585497
平均 (標準偏差)-0.00045380433 (±0.028295347)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 265.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: A cryoEM map derived from DeepEMhancer algorithm.

ファイルemd_70265_additional_1.map
注釈A cryoEM map derived from DeepEMhancer algorithm.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened cryoEM map

ファイルemd_70265_additional_2.map
注釈Unsharpened cryoEM map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unsharpened cryoEM half map B

ファイルemd_70265_half_map_1.map
注釈Unsharpened cryoEM half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Unsharpened cryoEM half map A

ファイルemd_70265_half_map_2.map
注釈Unsharpened cryoEM half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Bacillus ABC transporter ytrEF in nucleotide-free conformation

全体名称: Bacillus ABC transporter ytrEF in nucleotide-free conformation
要素
  • 複合体: Bacillus ABC transporter ytrEF in nucleotide-free conformation
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter ATP-binding protein YtrE
    • タンパク質・ペプチド: ABC transporter permease YtrF

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超分子 #1: Bacillus ABC transporter ytrEF in nucleotide-free conformation

超分子名称: Bacillus ABC transporter ytrEF in nucleotide-free conformation
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 150 KDa

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分子 #1: ABC transporter ATP-binding protein YtrE

分子名称: ABC transporter ATP-binding protein YtrE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: The construct has a HIS tag and a thrombin cleavage site in the N terminal of ytrE.
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
株: Strain 168
分子量理論値: 27.664412 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MIDVQHIDHS FTIGKKGREN EVPVLKDVSL SVAKGEIACI VGRSGSGKST LLNLISGYIS PTKGRIVIN GTDVTGFNEK EWAQFRLDHF GFIFQSFQLI PGLTTYENVE MPLALKGIKP SERKQKVQDM LKRVGLENHA A HYPNELSG ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MIDVQHIDHS FTIGKKGREN EVPVLKDVSL SVAKGEIACI VGRSGSGKST LLNLISGYIS PTKGRIVIN GTDVTGFNEK EWAQFRLDHF GFIFQSFQLI PGLTTYENVE MPLALKGIKP SERKQKVQDM LKRVGLENHA A HYPNELSG GQQQRVSIAR ALILNPSIIL ADEPTGSLDS ETEHEVLELI QQLNRERGIT FVIITHDDEV ASIGHSKFQL HD GVLKGGI TVEV

UniProtKB: ABC transporter ATP-binding protein YtrE

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分子 #2: ABC transporter permease YtrF

分子名称: ABC transporter permease YtrF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 48.477973 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MRFKDQVHFI RRNMKKNRLR VFMTILATTM ACAFLVVLSS VGFGIQKTIT DMTMSQQIVT KVSVMGKEGD KPIKKADLEK YDHVRSVVE RTQVYEPNKA TLGNRTNESS NLIFTNMNDE LKANMELEKG RVAKSENEIV VGYDFAKRLL TKKESEEYNK K IEEAKGNP ...文字列:
MRFKDQVHFI RRNMKKNRLR VFMTILATTM ACAFLVVLSS VGFGIQKTIT DMTMSQQIVT KVSVMGKEGD KPIKKADLEK YDHVRSVVE RTQVYEPNKA TLGNRTNESS NLIFTNMNDE LKANMELEKG RVAKSENEIV VGYDFAKRLL TKKESEEYNK K IEEAKGNP EDIKEPKGYT KDILNKTIEL SVSKTDSKTG DVTKTKTYDF KIVGITKKPS QDWMEDSNIF ISDQFKKDFS EF LDFKGGN VETNIGVFAD KFENVEQLTN DLTDDGYYVT SVTTELEGAN TFFMVFKIGL IFVGCIAVII SAIGIFNTMT MAV TERTQE IGIMKAIGAS PSIIRRMFLM ESAYIGILGC VIGIIISYGV SYLVNLAVPM ILAATSGGDA GDLNYTFSYI PASL VIIAV VICGGVAVIS GMNPARKATK TNVLTALRRE L

UniProtKB: ABC transporter permease YtrF

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMHEPES4-(2-Hydroxyethyl)piperazine-1-ethane-sulfonic acid
150.0 mMNAClSodium chloride
5.0 mMBME2-Hydroxyethylmercaptan
0.005 %LMNGlauryl maltose neopentyl glycol
グリッドモデル: Quantifoil / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細The ytrEF in nucleotide-free conformation is mono disperse and pure before plunge-frozen onto the cryoEM grids.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 10933 / 平均電子線量: 44.34 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The images were corrected for beam induced motion using patch motion correction in cryoSPARC.
粒子像選択選択した数: 8685623
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / ソフトウェア - 詳細: Patch CTF estimation / 詳細: Patch CTF estimation was performed in cryoSPARC. / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Ab-initio reconstruction were used to generate the initial model.
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1) / 使用した粒子像数: 137371
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.4.1)
最終 3次元分類クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 147640 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5.0)
詳細: The last round of the 3D classification was performed using a mask around ytrF transmembrane domain and tyrE.
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

1-v4

source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

1-v4

source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
詳細Refinement in phenix.real_space_refine
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-9o9x:
ytrEF nucleotide-free conformation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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