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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7024 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the small subunit of Leishmania ribosome bound to paromomycin | |||||||||
マップデータ | primary map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 translation regulator activity / small-subunit processome / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / rRNA binding ...translation regulator activity / small-subunit processome / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / rRNA binding / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア) / Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Shalev-Benami M / Zhang Y / Rozenberg H / Matzov D / Zimmerman E / Bashan A / Jaffe CL / Yonath A / Skiniotis G | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017 タイトル: Atomic resolution snapshot of Leishmania ribosome inhibition by the aminoglycoside paromomycin. 著者: Moran Shalev-Benami / Yan Zhang / Haim Rozenberg / Yuko Nobe / Masato Taoka / Donna Matzov / Ella Zimmerman / Anat Bashan / Toshiaki Isobe / Charles L Jaffe / Ada Yonath / Georgios Skiniotis / 要旨: Leishmania is a single-celled eukaryotic parasite afflicting millions of humans worldwide, with current therapies limited to a poor selection of drugs that mostly target elements in the parasite's ...Leishmania is a single-celled eukaryotic parasite afflicting millions of humans worldwide, with current therapies limited to a poor selection of drugs that mostly target elements in the parasite's cell envelope. Here we determined the atomic resolution electron cryo-microscopy (cryo-EM) structure of the Leishmania ribosome in complex with paromomycin (PAR), a highly potent compound recently approved for treatment of the fatal visceral leishmaniasis (VL). The structure reveals the mechanism by which the drug induces its deleterious effects on the parasite. We further show that PAR interferes with several aspects of cytosolic translation, thus highlighting the cytosolic rather than the mitochondrial ribosome as the primary drug target. The results also highlight unique as well as conserved elements in the PAR-binding pocket that can serve as hotspots for the development of novel therapeutics. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_7024.map.gz | 202.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-7024-v30.xml emd-7024.xml | 45.6 KB 45.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_7024.png | 165.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7024 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-7024 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_7024_validation.pdf.gz | 565.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_7024_full_validation.pdf.gz | 564.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_7024_validation.xml.gz | 7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_7024_validation.cif.gz | 8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7024 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-7024 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_7024.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | primary map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.02 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Leishmania donovani 91S ribosome SSU
+超分子 #1: Leishmania donovani 91S ribosome SSU
+分子 #1: Ribosomal protein s1e
+分子 #2: ribosomal protein S2
+分子 #3: ribosomal protein S3
+分子 #4: ribosomal protein S4
+分子 #5: ribosomal protein S4e
+分子 #6: ribosomal protein S5
+分子 #7: ribosomal protein S6e
+分子 #8: ribosomal protein S7
+分子 #9: ribosomal protein S7e
+分子 #10: ribosomal protein S8
+分子 #11: ribosomal protein S8e
+分子 #12: ribosomal protein S9
+分子 #13: ribosomal protein S10
+分子 #14: ribosomal protein S10e
+分子 #15: ribosomal protein S11
+分子 #16: ribosomal protein S12
+分子 #17: ribosomal protein S12e
+分子 #18: ribosomal protein S13
+分子 #19: ribosomal protein S14
+分子 #20: ribosomal protein S15
+分子 #21: ribosomal protein S17
+分子 #22: ribosomal protein S17e
+分子 #23: ribosomal protein S19
+分子 #24: ribosomal protein S19e
+分子 #25: ribosomal protein S21e
+分子 #26: ribosomal protein S24e
+分子 #27: ribosomal protein S25e
+分子 #28: ribosomal protein S26e
+分子 #29: ribosomal protein S27e
+分子 #30: ribosomal protein S28e
+分子 #31: ribosomal protein S30e
+分子 #32: ribosomal protein S31e
+分子 #33: LACK1
+分子 #34: ribosomal RNA 18S
+分子 #35: tRNA-Phe
+分子 #36: P-site tRNA
+分子 #37: E-site tRNA
+分子 #38: mRNA
+分子 #39: MAGNESIUM ION
+分子 #40: PAROMOMYCIN
+分子 #41: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 1.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 141028 |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |