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- EMDB-7017: Segment from bank vole prion protein 168-176 QYNNQNNFV -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7017
タイトルSegment from bank vole prion protein 168-176 QYNNQNNFV
マップデータprotein segment
試料
  • 複合体: bank vole prion 168-176
    • タンパク質・ペプチド: Major prion protein
  • リガンド: water
キーワードpolar clasp / amyloid fibril / prion / PROTEIN FIBRIL
機能・相同性
機能・相同性情報


side of membrane / protein homooligomerization / Golgi apparatus / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Prion, copper binding octapeptide repeat / Copper binding octapeptide repeat region / Major prion protein N-terminal domain / Major prion protein bPrPp - N terminal / Prion protein signature 1. / Prion protein signature 2. / Prion protein / Major prion protein / Prion/Doppel protein, beta-ribbon domain / Prion/Doppel beta-ribbon domain superfamily / Prion/Doppel alpha-helical domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Major prion protein
類似検索 - 構成要素
生物種Myodes glareolus (ネズミ)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Glynn C / Rodriguez JA
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2018
タイトル: Sub-ångström cryo-EM structure of a prion protofibril reveals a polar clasp.
著者: Marcus Gallagher-Jones / Calina Glynn / David R Boyer / Michael W Martynowycz / Evelyn Hernandez / Jennifer Miao / Chih-Te Zee / Irina V Novikova / Lukasz Goldschmidt / Heather T McFarlane / ...著者: Marcus Gallagher-Jones / Calina Glynn / David R Boyer / Michael W Martynowycz / Evelyn Hernandez / Jennifer Miao / Chih-Te Zee / Irina V Novikova / Lukasz Goldschmidt / Heather T McFarlane / Gustavo F Helguera / James E Evans / Michael R Sawaya / Duilio Cascio / David S Eisenberg / Tamir Gonen / Jose A Rodriguez /
要旨: The atomic structure of the infectious, protease-resistant, β-sheet-rich and fibrillar mammalian prion remains unknown. Through the cryo-EM method MicroED, we reveal the sub-ångström-resolution ...The atomic structure of the infectious, protease-resistant, β-sheet-rich and fibrillar mammalian prion remains unknown. Through the cryo-EM method MicroED, we reveal the sub-ångström-resolution structure of a protofibril formed by a wild-type segment from the β2-α2 loop of the bank vole prion protein. The structure of this protofibril reveals a stabilizing network of hydrogen bonds that link polar zippers within a sheet, producing motifs we have named 'polar clasps'.
履歴
登録2017年9月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年11月1日-
マップ公開2018年1月17日-
更新2024年3月13日-
現状2024年3月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.44
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.44
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6axz
  • 表面レベル: 0.44
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7017.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7017.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 484.4 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈protein segment
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Y (Sec.)X (Row.)Z (Col.)
0.24 Å/pix.
x 44 pix.
= 10.34 Å		0.22 Å/pix.
x 22 pix.
= 4.94 Å		0.24 Å/pix.
x 128 pix.
= 31.15 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX: 0.22455 Å / Y: 0.235 Å / Z: 0.24336 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.44 / ムービー #1: 0.44
最小 - 最大-0.719746 - 3.6190872
平均 (標準偏差)-0.000000000425498 (±0.3238952)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZXY
Origin000
サイズ2212844
Spacing2244128
セルA: 4.94 Å / B: 10.34 Å / C: 31.15 Å
α: 94.205 ° / β: 92.375 ° / γ: 102.204 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.224545454545450.2350.243359375
M x/y/z2244128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z4.94010.34031.150
α/β/γ94.20592.375102.204
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ2244128
MAP C/R/S312
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS1282244
D min/max/mean-0.7203.619-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : bank vole prion 168-176

全体名称: bank vole prion 168-176
要素
  • 複合体: bank vole prion 168-176
    • タンパク質・ペプチド: Major prion protein
  • リガンド: water

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超分子 #1: bank vole prion 168-176

超分子名称: bank vole prion 168-176 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Myodes glareolus (ネズミ)
分子量理論値: 4.6 KDa

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分子 #1: Major prion protein

分子名称: Major prion protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Myodes glareolus (ネズミ)
分子量理論値: 1.140162 KDa
配列文字列:
QYNNQNNFV

UniProtKB: Major prion protein

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分子 #2: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線結晶学
試料の集合状態3D array

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試料調製

緩衝液pH: 6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k)
平均電子線量: 0.025 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / カメラ長: 950 mm
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES
Crystallography statisticsNumber intensities measured: 43252 / Number structure factors: 7474 / Fourier space coverage: 97.1 / R sym: 23.2 / R merge: 23.2 / Overall phase error: 0.01 / Overall phase residual: 0.01 / Phase error rejection criteria: 0 / High resolution: 0.75 Å / 殻 - Shell ID: 1 / 殻 - High resolution: 0.75 Å / 殻 - Low resolution: 0.77 Å / 殻 - Number structure factors: 532 / 殻 - Phase residual: 0.01 / 殻 - Fourier space coverage: 96.2 / 殻 - Multiplicity: 4.4

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原子モデル構築 1

精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 6.068 / 当てはまり具合の基準: maximum likelihood
得られたモデル

PDB-6axz:
Segment from bank vole prion protein 168-176 QYNNQNNFV

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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