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- EMDB-70148: CryoEM structure of Siamese algae-eater influenza-like virus (SAE... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70148
タイトルCryoEM structure of Siamese algae-eater influenza-like virus (SAEILV) NA
マップデータ
試料
  • 複合体: Siamese algae-eater influenza-like virus (SAEILV) NA tetramer
    • タンパク質・ペプチド: Neuraminidase
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードSiamese algae-eater influenza-like virus / SAEILV / Flu neuraminidase / NA / VIRUS / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase / exo-alpha-sialidase activity / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 34 / Neuraminidase / Sialidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Siamese algae-eater influenza-like virus (インフルエンザウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Huang J / Han J / Ward AB
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)75N93019C00051 米国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2025
タイトル: Characterization of the glycoproteins of novel fish influenza B-like viruses.
著者: Gagandeep Singh / Jiachen Huang / Disha Bhavsar / Kirill Vasilev / James A Ferguson / Geert-Jan Boons / Viviana Simon / Robert P de Vries / Julianna Han / Andrew Ward / Florian Krammer /
要旨: Novel influenza-like virus sequences previously identified in fish and amphibians were found to cluster as a sister clade of influenza B viruses, but have thus far remained uncharacterized. We ...Novel influenza-like virus sequences previously identified in fish and amphibians were found to cluster as a sister clade of influenza B viruses, but have thus far remained uncharacterized. We demonstrate that salamander influenza-like virus (SILV) HA is functionally divergent from influenza B virus HA and does not bind to α 2,3- and α2,6-linked sialic acids. However, the HAs of Siamese algae-eater influenza-like virus (SAEILV) and chum salmon influenza-like virus (CSILV) bind to α2,3 linked sialic acid. Furthermore, SAEILV HA binds to sialyated Lewis X, is activated by human airway enzymes and is fusogenic at a wide range of pH conditions. SAEILV NA has a highly conserved active site and a similar structure to other known NAs. We also determined the cryo-electron microscopy structure of the HA of a previously described virus from the same sister clade, the Wuhan spiny eel influenza virus (WSEIV). Importantly, no cross-reactive antibodies against these HAs or NAs were found in the human serum, suggesting that humans are immunologically naïve to these viruses.
履歴
登録2025年4月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年8月6日-
マップ公開2025年8月6日-
更新2025年8月6日-
現状2025年8月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_70148.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70148.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 274.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.72 Å/pix.
x 416 pix.
= 298.688 Å		0.72 Å/pix.
x 416 pix.
= 298.688 Å		0.72 Å/pix.
x 416 pix.
= 298.688 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.718 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.2
最小 - 最大-0.88360834 - 1.1459613
平均 (標準偏差)0.000024707255 (±0.0269213)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ416416416
Spacing416416416
セルA=B=C: 298.688 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_70148_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_70148_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_70148_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Siamese algae-eater influenza-like virus (SAEILV) NA tetramer

全体名称: Siamese algae-eater influenza-like virus (SAEILV) NA tetramer
要素
  • 複合体: Siamese algae-eater influenza-like virus (SAEILV) NA tetramer
    • タンパク質・ペプチド: Neuraminidase
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Siamese algae-eater influenza-like virus (SAEILV) NA tetramer

超分子名称: Siamese algae-eater influenza-like virus (SAEILV) NA tetramer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Siamese algae-eater influenza-like virus (インフルエンザウイルス)

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分子 #1: Neuraminidase

分子名称: Neuraminidase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO / EC番号: exo-alpha-sialidase
由来(天然)生物種: Siamese algae-eater influenza-like virus (インフルエンザウイルス)
分子量理論値: 50.069203 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MLWHCPGSQG TTKWILPSML LAGLLGVSSY LVYSHVSLRL DIAAAVSLIQ NSGNQSSCAA PNPVTVLNQT TVVINTLPVS TSPTYFQPR MSCTGTRFQP FMMMNSPRYG GTGDRGSIHL NREPFVSCSM NECRHFALGH TATQNGPYSA GTGADRSIQR M LFSTKLGE ...文字列:
MLWHCPGSQG TTKWILPSML LAGLLGVSSY LVYSHVSLRL DIAAAVSLIQ NSGNQSSCAA PNPVTVLNQT TVVINTLPVS TSPTYFQPR MSCTGTRFQP FMMMNSPRYG GTGDRGSIHL NREPFVSCSM NECRHFALGH TATQNGPYSA GTGADRSIQR M LFSTKLGE PFTIDNAIVH MSGWSGSACH DGVEWTYVTV FGTDPDALVK TKYGNNLVDS YRSFAGNILR TQESECVCLN GS CYVMITD GYAGGGGVSQ ARFLVMKQGK IIDVINTSGR SKFTEECTCA ATGNTTIMCA CRDNAYTDRR PIVAIDTIAK TAN VGLMCS PTRMDTPRSA DSAPSSCNVD DGTGGGGVKG GFAVVRRPNG NQFYYTRTGS ASSRVGMEVR GPQTEDPMTG TSAI PLLDI IVSTSVNTGY SSSFEMKGIE CDTPCFVVEH IRSNTWTTAS SSIYCLSGDA SMFQFDDGVN PTA

UniProtKB: Neuraminidase

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分子 #2: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMTrisTris
100.0 mMNaClSodium chloride
0.1 %Octyl-beta-GlucosideOctyl-beta-Glucoside
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 47.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / 詳細: CryoSPARC Ab-initio
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0) / 使用した粒子像数: 65094
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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