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- EMDB-7004: Eilat virus/eastern equine encephalitis virus chimeric vaccine ca... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7004
タイトルEilat virus/eastern equine encephalitis virus chimeric vaccine candidate
マップデータEilat virus/eastern equine encephalitis virus chimeric vaccine candidate
試料Eilat virus/Eastern equine encephalitis virus chimera != Eilat virus

Eilat virus/Eastern equine encephalitis virus chimera

  • ウイルス: Eilat virus (ウイルス)
生物種Eilat virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.0 Å
データ登録者Sherman MB / Erasmus JH / Frolov I / Weaver SC / Nasar F
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2018
タイトル: Novel Insect-Specific Eilat Virus-Based Chimeric Vaccine Candidates Provide Durable, Mono- and Multivalent, Single-Dose Protection against Lethal Alphavirus Challenge.
著者: Jesse H Erasmus / Robert L Seymour / Jason T Kaelber / Dal Y Kim / Grace Leal / Michael B Sherman / Ilya Frolov / Wah Chiu / Scott C Weaver / Farooq Nasar /
要旨: Most alphaviruses are mosquito borne and exhibit a broad host range, infecting many different vertebrates, including birds, rodents, equids, humans, and nonhuman primates. Recently, a host- ...Most alphaviruses are mosquito borne and exhibit a broad host range, infecting many different vertebrates, including birds, rodents, equids, humans, and nonhuman primates. Recently, a host-restricted, mosquito-borne alphavirus, Eilat virus (EILV), was described with an inability to infect vertebrate cells based on defective attachment and/or entry, as well as a lack of genomic RNA replication. We investigated the utilization of EILV recombinant technology as a vaccine platform against eastern (EEEV) and Venezuelan equine encephalitis viruses (VEEV), two important pathogens of humans and domesticated animals. EILV chimeras containing structural proteins of EEEV or VEEV were engineered and successfully rescued in cells. Cryo-electron microscopy reconstructions at 8 and 11 Å of EILV/VEEV and EILV/EEEV, respectively, showed virion and glycoprotein spike structures similar to those of VEEV-TC83 and other alphaviruses. The chimeras were unable to replicate in vertebrate cell lines or in brains of newborn mice when injected intracranially. Histopathologic examinations of the brain tissues showed no evidence of pathological lesions and were indistinguishable from those of mock-infected animals. A single-dose immunization of either monovalent or multivalent EILV chimera(s) generated neutralizing antibody responses and protected animals against lethal challenge 70 days later. Lastly, a single dose of monovalent EILV chimeras generated protective responses as early as day 1 postvaccination and partial or complete protection by day 6. These data demonstrate the safety, immunogenicity, and efficacy of novel insect-specific EILV-based chimeras as potential EEEV and VEEV vaccines. Mostly in the last decade, insect-specific viruses have been discovered in several arbovirus families. However, most of these viruses are not well studied and largely have been ignored. We explored the use of the mosquito-specific alphavirus EILV as an alphavirus vaccine platform in well-established disease models for eastern (EEE) and Venezuelan equine encephalitis (VEE). EILV-based chimeras replicated to high titers in a mosquito cell line yet retained their host range restriction in vertebrates both and In addition, the chimeras generated immune responses that were higher than those of other human and/or equine vaccines. These findings indicate the feasibility of producing a safe, efficacious, mono- or multivalent vaccine against the encephalitic alphaviruses VEEV and EEEV. Lastly, these data demonstrate how host-restricted, insect-specific viruses can be engineered to develop vaccines against related pathogenic arboviruses that cause severe disease in humans and domesticated animals.
履歴
登録2017年8月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年9月13日-
マップ公開2017年11月22日-
更新2018年7月18日-
現状2018年7月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7004.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7004.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Eilat virus/eastern equine encephalitis virus chimeric vaccine candidate
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.35 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0045 / ムービー #1: 0.0045
最小 - 最大-0.005502032 - 0.010450059
平均 (標準偏差)0.00027772094 (±0.0010883694)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-225-225-225
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 1057.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.352.352.35
M x/y/z450450450
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1057.5001057.5001057.500
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-225-225-225
NC/NR/NS450450450
D min/max/mean-0.0060.0100.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Eilat virus/Eastern equine encephalitis virus chimera

全体名称: Eilat virus/Eastern equine encephalitis virus chimera
要素
  • ウイルス: Eilat virus (ウイルス)

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超分子 #1: Eilat virus

超分子名称: Eilat virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 1231903 / 生物種: Eilat virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Aedes (カ)
Host system生物種: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ) / 組換細胞: C7/10
分子量理論値: 42 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / T番号(三角分割数): 4

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
0.05 molarC4H11NO3Tris
0.1 molarNaClsodium chloride
0.001 molarC10H16N2O8ethylenediaminetetraacetic acid
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2200FS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k)
実像数: 126 / 平均電子線量: 20.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: IMAGIC (ver. 5)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC (ver. 5) / 使用した粒子像数: 2145
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: IMAGIC (ver. 5)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: IMAGIC (ver. 5)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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