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万見
- EMDB-70038: 5mC-TC-6HBC Type-2 dimer RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-70038
タイトル5mC-TC-6HBC Type-2 dimer RNA
マップデータ
試料
  • 複合体: Dimeric structure of a 6-helix bundle with a clasp helix transcribed with 5-methyl-cytidine.
    • RNA: Twist corrected 6-helix bundle type 2 dimer
キーワードRNA / origami / 5mC / 5-methyl-cytidine / modified base
生物種synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.3 Å
データ登録者McRae EKS / Kumar DY
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RR230015 米国
引用ジャーナル: Res Sq / 年: 2025
タイトル: Base modifications reshape RNA folding landscapes and structure-function relationships in synthetic and natural RNAs.
著者: Ewan McRae / Deepak Yadav / Haoyun Yang / Sukyeong Lee /
要旨: Modified bases such as 5-methylcytosine (5mC) and N1-methyl-pseudouridine (N1Ψ) are widely used to reduce the immunogenicity of and enhance the stability and translational efficiency of therapeutic ...Modified bases such as 5-methylcytosine (5mC) and N1-methyl-pseudouridine (N1Ψ) are widely used to reduce the immunogenicity of and enhance the stability and translational efficiency of therapeutic RNAs, yet their effects on RNA 3D structure remain poorly understood. Here, we investigate how these base modifications influence the folding and function of structured RNAs using both an engineered RNA origami nanostructure and a naturally occurring ribozyme. We show that modified bases impair kinetic maturation of RNA nanostructures and promote alternative folding topologies via stabilization of noncanonical stacking arrangements. Cryo-EM and FRET experiments reveal that this conformational shift is driven not by changes in base pairing, but by altered stacking energetics at key junctions. Our findings highlight the need to consider structural consequences when using base modifications and offer design principles for the development of functional, structured RNAs in synthetic biology and therapeutic applications.
履歴
登録2025年4月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月16日-
マップ公開2025年7月16日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_70038.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_70038.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.68 Å/pix.
x 180 pix.
= 662.4 Å		3.68 Å/pix.
x 180 pix.
= 662.4 Å		3.68 Å/pix.
x 180 pix.
= 662.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.68 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0
最小 - 最大-1.1651666 - 5.825442
平均 (標準偏差)0.0010105824 (±0.1789805)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 662.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_70038_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_70038_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_70038_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dimeric structure of a 6-helix bundle with a clasp helix transcri...

全体名称: Dimeric structure of a 6-helix bundle with a clasp helix transcribed with 5-methyl-cytidine.
要素
  • 複合体: Dimeric structure of a 6-helix bundle with a clasp helix transcribed with 5-methyl-cytidine.
    • RNA: Twist corrected 6-helix bundle type 2 dimer

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超分子 #1: Dimeric structure of a 6-helix bundle with a clasp helix transcri...

超分子名称: Dimeric structure of a 6-helix bundle with a clasp helix transcribed with 5-methyl-cytidine.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 464 KDa

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分子 #1: Twist corrected 6-helix bundle type 2 dimer

分子名称: Twist corrected 6-helix bundle type 2 dimer / タイプ: rna / ID: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列: GGGUCCGCAC UUUGCACCGA GCUCUCGGCA ACAAGCCAGC CGAGAGUUCG GUAGUGGGUA UGUUCGCAUA CCCGCUUCCA GUACGCUAAU UCGUUAGUGU ACUCCGCUGU UAAGGGUUCG CCCUUGACAG GCCCUGAUAG UCGUUCGCGG CUAUCAGCCG GAGUGUGACU ...文字列:
GGGUCCGCAC UUUGCACCGA GCUCUCGGCA ACAAGCCAGC CGAGAGUUCG GUAGUGGGUA UGUUCGCAUA CCCGCUUCCA GUACGCUAAU UCGUUAGUGU ACUCCGCUGU UAAGGGUUCG CCCUUGACAG GCCCUGAUAG UCGUUCGCGG CUAUCAGCCG GAGUGUGACU UUCGAGUUGC ACUCGGGCCU GCAGUAUUUC GAUACUGUGG GCCCUGUCAC AUAACAAGGU AUCAGUUGUG UGACACGGGC UGGUCGCUAA AUCGACGAUA GCGAUCAGCG GCGUGGGUCC GUAAAAGACC GAUACGGAUC UACCGGGAGU UGCGAUCAAU GAUGGAGAUC GUAGCUCGGA GUAAAGUGUG GACCCUAAGG AUAACUCAUA CCGUGAGGGU UGCGAACCAU CAACGCGACC UUCGGCCAGG GUCGUAGGAA CGGUCUACCU ACGAUCCUCC CGAACUGAUU CGAACGUCGA ACGAAUCGGU UCCCGCCAGU GUUAUGAAGA UACCACAUAG CACUGGGAUG UUGCGGGUAC AAGGCUUGAG UGUUCGCAAU AUCACGGGAG UCUUUCGAGG CUCCCGUCGG AUCUAGGUCA UUCGUGACCU AGGUGGGCAU AUCCGCCUUC GGGCGGAUGU GGGCGUGUCU GUCCUUCGGG GCAGACACCG GGUGCACGCG GUUCGCCGCG UGUACGCCAC AUAAUCCUUU CGAGGGUUAU GUGGCUAUGA GUUGUCCUUA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: SEC purified in 50mM HEPES pH 8.0, 50mM KCl, 5mM MgCl2
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 15.0 kPa / 詳細: 15mA in gloQube
凍結凍結剤: ETHANE
詳細SEC purified in 50mM HEPES pH 8.0, 50mM KCl, 5mM MgCl2

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
倍率（公称値）: 130000

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画像解析

粒子像選択選択した数: 73602 / 詳細: Blob picking on denoised micrographs
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 詳細: Patch CTF / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / ソフトウェア - 詳細: non-uniform refinement / 使用した粒子像数: 11203
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 10000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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