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万見
- EMDB-6935: Cryo-EM structure of PCV3 VLP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6935
タイトルCryo-EM structure of PCV3 VLP
マップデータCryo-EM structure of PCV3 VLP
試料
  • ウイルス: Porcine circovirus (ウイルス)
    • Other: PCV3 capsid protein
機能・相同性Circovirus capsid protein / Circovirus capsid superfamily / Circovirus capsid protein / viral capsid assembly / viral capsid / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / virion attachment to host cell / Cap
機能・相同性情報
生物種Porcine circovirus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.5 Å
データ登録者Mo X / Yuan AY
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Cryo-EM Structure of Virus-like-particle of Porcine Circovirus type 3 reveals an T=1 symmetry icosahedral particle
著者: Mo X / Yuan AY
履歴
登録2018年3月31日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年4月11日-
マップ公開2018年4月11日-
更新2018年4月11日-
現状2018年4月11日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.36
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 2.36
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6935.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6935.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of PCV3 VLP
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.69 Å/pix.
x 200 pix.
= 338. Å		1.69 Å/pix.
x 200 pix.
= 338. Å		1.69 Å/pix.
x 200 pix.
= 338. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.69 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.36 / ムービー #1: 2.36
最小 - 最大-5.758031 - 6.432379
平均 (標準偏差)0.015526598 (±0.75232685)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-100-100-100
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 338.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.691.691.69
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z338.000338.000338.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-100-100-100
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-5.7586.4320.016

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Porcine circovirus

全体名称: Porcine circovirus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Porcine circovirus (ウイルス)
    • Other: PCV3 capsid protein

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超分子 #1: Porcine circovirus

超分子名称: Porcine circovirus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Porcine circovirus 3 capsid protein / NCBI-ID: 46221 / 生物種: Porcine circovirus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
Host system生物種: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
分子量実験値: 1.7 MDa

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分子 #1: PCV3 capsid protein

分子名称: PCV3 capsid protein / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other
由来(天然)生物種: Porcine circovirus (ウイルス)
配列文字列: MRHRAIFRRR PRPRRRRRHR RRYVRRKLFI RRPTAGTYYT KKYSTMNVIS VGTPQNNKPW HANHFITRLN EWETAISFEY YKILKMKVT LSPVISPAQQ TKTMFGHTAI DLDGAWTTNT WLQDDPYAES STRKVMTSKK KHSRYFTPKP ILAGTTSAHP G QSLFFFSR ...文字列:
MRHRAIFRRR PRPRRRRRHR RRYVRRKLFI RRPTAGTYYT KKYSTMNVIS VGTPQNNKPW HANHFITRLN EWETAISFEY YKILKMKVT LSPVISPAQQ TKTMFGHTAI DLDGAWTTNT WLQDDPYAES STRKVMTSKK KHSRYFTPKP ILAGTTSAHP G QSLFFFSR PTPWLNTYDP TVQWGALLWS IYVPEKTGMT DFYGTKEVWI RYKSVL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度式名称
500.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMPBphosphate buffer

詳細: 20mM PB(pH 6.5), 500mM NaCl
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: FORMVAR / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot for 5 seconds before pluning.
詳細This sample was monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN
温度最低: 70.0 K / 最高: 70.0 K
詳細Preliminary grid screening was performed manually.
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 5 / 実像数: 90 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 35.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.0 µm / 倍率（補正後）: 47000 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: DARK FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 47000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 12000
CTF補正ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.1)
最終 再構成使用したクラス数: 30 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 5200
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 3次元分類クラス数: 32 / 平均メンバー数/クラス: 200 / ソフトウェア - 名称: EMAN2 (ver. 2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 300

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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