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- EMDB-6877: Cryo-EM structure of polycystic kidney disease-like channel PKD2L1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6877
タイトルCryo-EM structure of polycystic kidney disease-like channel PKD2L1
マップデータ
試料
  • 複合体: PKD2L1
    • タンパク質・ペプチド: Polycystic kidney disease 2-like 1 protein
  • リガンド: N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of chemical stimulus involved in sensory perception of sour taste / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of taste / response to water / calcium-activated potassium channel activity / cellular response to pH / detection of mechanical stimulus / cation channel complex / muscle alpha-actinin binding / cellular response to acidic pH / sodium channel activity ...detection of chemical stimulus involved in sensory perception of sour taste / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of taste / response to water / calcium-activated potassium channel activity / cellular response to pH / detection of mechanical stimulus / cation channel complex / muscle alpha-actinin binding / cellular response to acidic pH / sodium channel activity / non-motile cilium / inorganic cation transmembrane transport / ciliary membrane / smoothened signaling pathway / monoatomic cation transport / monoatomic cation channel activity / potassium ion transmembrane transport / calcium channel complex / protein tetramerization / calcium channel activity / actin cytoskeleton / cytoplasmic vesicle / protein homotetramerization / transmembrane transporter binding / receptor complex / calcium ion binding / endoplasmic reticulum / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ferredoxin I 4Fe-4S cluster domain / Polycystin domain / Polycystin domain / Polycystic kidney disease type 2 protein / Polycystin cation channel, PKD1/PKD2 / Polycystin cation channel / Voltage-dependent channel domain superfamily / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Polycystin-2-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.38 Å
データ登録者Zhang YQ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Cryo-EM structure of the polycystic kidney disease-like channel PKD2L1.
著者: Qiang Su / Feizhuo Hu / Yuxia Liu / Xiaofei Ge / Changlin Mei / Shengqiang Yu / Aiwen Shen / Qiang Zhou / Chuangye Yan / Jianlin Lei / Yanqing Zhang / Xiaodong Liu / Tingliang Wang /
要旨: PKD2L1, also termed TRPP3 from the TRPP subfamily (polycystic TRP channels), is involved in the sour sensation and other pH-dependent processes. PKD2L1 is believed to be a nonselective cation channel ...PKD2L1, also termed TRPP3 from the TRPP subfamily (polycystic TRP channels), is involved in the sour sensation and other pH-dependent processes. PKD2L1 is believed to be a nonselective cation channel that can be regulated by voltage, protons, and calcium. Despite its considerable importance, the molecular mechanisms underlying PKD2L1 regulations are largely unknown. Here, we determine the PKD2L1 atomic structure at 3.38 Å resolution by cryo-electron microscopy, whereby side chains of nearly all residues are assigned. Unlike its ortholog PKD2, the pore helix (PH) and transmembrane segment 6 (S6) of PKD2L1, which are involved in upper and lower-gate opening, adopt an open conformation. Structural comparisons of PKD2L1 with a PKD2-based homologous model indicate that the pore domain dilation is coupled to conformational changes of voltage-sensing domains (VSDs) via a series of π-π interactions, suggesting a potential PKD2L1 gating mechanism.
履歴
登録2017年12月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年3月28日-
マップ公開2018年3月28日-
更新2019年4月17日-
現状2019年4月17日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.09
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.09
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5z1w
  • 表面レベル: 0.09
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6877.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6877.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.88 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.09 / ムービー #1: 0.09
最小 - 最大-0.22843578 - 0.45770916
平均 (標準偏差)0.0011068488 (±0.016226148)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 264.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.880.880.88
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z264.000264.000264.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.2280.4580.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : PKD2L1

全体名称: PKD2L1
要素
  • 複合体: PKD2L1
    • タンパク質・ペプチド: Polycystic kidney disease 2-like 1 protein
  • リガンド: N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

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超分子 #1: PKD2L1

超分子名称: PKD2L1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F

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分子 #1: Polycystic kidney disease 2-like 1 protein

分子名称: Polycystic kidney disease 2-like 1 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 65.600883 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: TLVSSCCLHI CRSIRGLWGT TLTENTAENR ELYVKTTLRE LVVYIVFLVD ICLLTYGMTS SSAYYYTKVM SELFLHTPSD SGVSFQTIS SMSDFWDFAQ GPLLDSLYWT KWYNNQSLGR GSHSFIYYEN LLLGAPRLRQ LRVRNDSCVV HEDFREDILN C YDVYSPDK ...文字列:
TLVSSCCLHI CRSIRGLWGT TLTENTAENR ELYVKTTLRE LVVYIVFLVD ICLLTYGMTS SSAYYYTKVM SELFLHTPSD SGVSFQTIS SMSDFWDFAQ GPLLDSLYWT KWYNNQSLGR GSHSFIYYEN LLLGAPRLRQ LRVRNDSCVV HEDFREDILN C YDVYSPDK EDQLPFGPQN GTAWTYHSQN ELGGSSHWGR LTSYSGGGYY LDLPGSRQAS AEALQGLQEG LWLDRGTRVV FI DFSVYNA NINLFCILRL VVEFPATGGT IPSWQIRTVK LIRYVNNWDF FIVGCEVVFC VFIFYYVVEE ILEIHLHRLR YLS SVWNIL DLVVILLSIV AVGFHIFRTL EVNRLMGKLL QQPDTYADFE FLAFWQTQYN NMNAVNLFFA WIKIFKYISF NKTM TQLSS TLARCAKDIL GFAIMFFIVF FAYAQLGYLL FGTQVENFST FVKCIFTQFR IILGDFDYNA IDNANRILGP VYFVT YVFF VFFVLLNMFL AIINDTYSEV KEELAGQKDQ LQLSDFLKQS YNKTLLRLRL RKERVSDVQK VLKGGEPEIQ FEDFTS TLR ELG

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分子 #2: N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE

分子名称: N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 12 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.001 mm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 22296
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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