EMDB-6860: a bifunctional kinase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-6860

タイトル

a bifunctional kinase

マップデータ

試料

複合体: FKP

生物種

Bacteroides fragilis (バクテリア)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å

データ登録者

Jia W / Ying L

引用

ジャーナル: Protein Cell / 年: 2019
タイトル: Cryo-EM structure of L-fucokinase/GDP-fucose pyrophosphorylase (FKP) in Bacteroides fragilis.
著者: Ying Liu / Huifang Hu / Jia Wang / Qiang Zhou / Peng Wu / Nieng Yan / Hong-Wei Wang / Jia-Wei Wu / Linfeng Sun /

履歴

登録	2017年12月11日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2019年1月2日	-
マップ公開	2019年1月2日	-
更新	2020年2月19日	-
現状	2020年2月19日	処理サイト: PDBj / 状態: 公開

ムービー	表面図（断面を密度値に従い着色）表面レベル: 0.04 UCSF Chimeraによる作画ダウンロード表面図（半径に従い着色）表面レベル: 0.04 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像	emd_6860.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_6860.map.gz	1.7 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-6860-v30.xml emd-6860.xml	7.8 KB 7.8 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_6860_fsc.xml	8.4 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_6860.png	20.9 KB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6860 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6860	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_6860_validation.pdf.gz	78.6 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_6860_full_validation.pdf.gz	77.7 KB	表示
XML形式データ	emd_6860_validation.xml.gz	494 B	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6860 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6860	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6859C 6861C 5yysC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6f7p-d 3w1v-1 10936 3vvc-1 6qcv-d 6qcw-d 2zzc-d 4g5h-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_6860.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.3 Å/pix. x 240 pix. = 312. Å	1.3 Å/pix. x 240 pix. = 312. Å	1.3 Å/pix. x 240 pix. = 312. Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.3 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大	-0.07184772 - 0.1506307
平均 (標準偏差)	0.00024004902 (±0.0036876283)

対称性

空間群: 1

詳細

EMDB XML:

マップ形状

Axis order	X	Y	Z
Origin	0	0	0
サイズ	240	240	240
Spacing	240	240	240

セル

A=B=C: 312.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップヘッダ情報:

mode	Image stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z	1.3	1.3	1.3
M x/y/z	240	240	240
origin x/y/z	0.000	0.000	0.000
length x/y/z	312.000	312.000	312.000
α/β/γ	90.000	90.000	90.000
start NX/NY/NZ	-53	2	-20
NX/NY/NZ	101	93	93
MAP C/R/S	1	2	3
start NC/NR/NS	0	0	0
NC/NR/NS	240	240	240
D min/max/mean	-0.072	0.151	0.000

-
全体 : FKP

全体	名称: FKP
要素	複合体: FKP

-
超分子 #1: FKP

超分子	名称: FKP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)	生物種: Bacteroides fragilis (バクテリア)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 8
グリッド	モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結	凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終再構成	解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 96749
初期角度割当	タイプ: PROJECTION MATCHING
最終角度割当	タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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