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万見
- EMDB-6859: Cryo-EM structure of L-fucokinase,GDP-fucose pyrophosphorylase (F... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6859
タイトルCryo-EM structure of L-fucokinase,GDP-fucose pyrophosphorylase (FKP) in Bacteroides fragilis
マップデータ
試料
  • 複合体: FKP
    • タンパク質・ペプチド: L-fucokinase, L-fucose-1-P guanylyltransferase
キーワードbifunctional / kinase / ATP / GTP / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotidyltransferase activity / kinase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
L-fucokinase / L-fucokinase / Galactokinase/homoserine kinase / : / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases C terminal / GHMP kinase N-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
L-fucokinase/L-fucose-1-P guanylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides fragilis (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Wang J / Hu H
引用ジャーナル: Protein Cell / 年: 2019
タイトル: Cryo-EM structure of L-fucokinase/GDP-fucose pyrophosphorylase (FKP) in Bacteroides fragilis.
著者: Ying Liu / Huifang Hu / Jia Wang / Qiang Zhou / Peng Wu / Nieng Yan / Hong-Wei Wang / Jia-Wei Wu / Linfeng Sun /
履歴
登録2017年12月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年12月12日-
マップ公開2018年12月12日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.017
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.017
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5yys
  • 表面レベル: 0.017
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6859.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6859.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.3 Å/pix.
x 240 pix.
= 312. Å		1.3 Å/pix.
x 240 pix.
= 312. Å		1.3 Å/pix.
x 240 pix.
= 312. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.017 / ムービー #1: 0.017
最小 - 最大-0.02450013 - 0.07406046
平均 (標準偏差)0.00037402968 (±0.0030467487)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 312.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.31.31.3
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z312.000312.000312.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ300300300
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.0250.0740.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : FKP

全体名称: FKP
要素
  • 複合体: FKP
    • タンパク質・ペプチド: L-fucokinase, L-fucose-1-P guanylyltransferase

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超分子 #1: FKP

超分子名称: FKP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Bacteroides fragilis (バクテリア)

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分子 #1: L-fucokinase, L-fucose-1-P guanylyltransferase

分子名称: L-fucokinase, L-fucose-1-P guanylyltransferase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacteroides fragilis (バクテリア)
分子量理論値: 105.782789 KDa
配列文字列: MQKLLSLPSN LVQSFHELER VNRTDWFCTS DPVGKKLGSG GGTSWLLEEC YNEYSDGATF GEWLEKEKRI LLHAGGQSRR LPGYAPSGK ILTPVPVFRW ERGQHLGQNL LSLQLPLYEK IMSLAPDKLH TLIASGDVYI RSEKPLQSIP EADVVCYGLW V DPSLATHH ...文字列:
MQKLLSLPSN LVQSFHELER VNRTDWFCTS DPVGKKLGSG GGTSWLLEEC YNEYSDGATF GEWLEKEKRI LLHAGGQSRR LPGYAPSGK ILTPVPVFRW ERGQHLGQNL LSLQLPLYEK IMSLAPDKLH TLIASGDVYI RSEKPLQSIP EADVVCYGLW V DPSLATHH GVFASDRKHP EQLDFMLQKP SLAELESLSK THLFLMDIGI WLLSDRAVEI LMKRSHKESS EELKYYDLYS DF GLALGTH PRIEDEEVNT LSVAILPLPG GEFYHYGTSK ELISSTLSVQ NKVYDQRRIM HRKVKPNPAM FVQNAVVRIP LCA ENADLW IENSHIGPKW KIASRHIITG VPENDWSLAV PAGVCVDVVP MGDKGFVARP YGLDDVFKGD LRDSKTTLTG IPFG EWMSK RGLSYTDLKG RTDDLQAVSV FPMVNSVEEL GLVLRWMLSE PELEEGKNIW LRSEHFSADE ISAGANLKRL YAQRE EFRK GNWKALAVNH EKSVFYQLDL ADAAEDFVRL GLDMPELLPE DALQMSRIHN RMLRARILKL DGKDYRPEEQ AAFDLL RDG LLDGISNRKS TPKLDVYSDQ IVWGRSPVRI DMAGGWTDTP PYSLYSGGNV VNLAIELNGQ PPLQVYVKPC KDFHIVL RS IDMGAMEIVS TFDELQDYKK IGSPFSIPKA ALSLAGFAPA FSAVSYASLE EQLKDFGAGI EVTLLAAIPA GSGLGTSS I LASTVLGAIN DFCGLAWDKN EICQRTLVLE QLLTTGGGWQ DQYGGVLQGV KLLQTEAGFA QSPLVRWLPD HLFTHPEYK DCHLLYYTGI TRTAKGILAE IVSSMFLNSS LHLNLLSEMK AHALDMNEAI QRGSFVEFGR LVGKTWEQNK ALDSGTNPPA VEAIIDLIK DYTLGYKLPG AGGGGYLYMV AKDPQAAVRI RKILTENAPN PRARFVEMTL SDKGFQVSRS

UniProtKB: L-fucokinase/L-fucose-1-P guanylyltransferase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 120 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 96749
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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