+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6808 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Class1 cryoEM structure of human M-type phospholipase A2 receptor | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Dong Y / Cao L / Shi X / Tang H / He Y | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2017 タイトル: Structure of Human M-type Phospholipase A2 Receptor Revealed by Cryo-Electron Microscopy. 著者: Yue Dong / Longxing Cao / Hua Tang / Xiangyi Shi / Yongning He / 要旨: M-type phospholipase A2 receptor (M-PLA2R) is a member of the mannose receptor family and known as the receptor of secretory phospholipase A2s. It has also been identified as the major autoantigen of ...M-type phospholipase A2 receptor (M-PLA2R) is a member of the mannose receptor family and known as the receptor of secretory phospholipase A2s. It has also been identified as the major autoantigen of idiopathic membranous nephropathy, one of the most common causes for nephrotic syndrome in adults. Here we determine the structure of human M-PLA2R ectodomain by cryo-electron microscopy. The results show that the ectodomain has high internal flexibility and forms a compact dual-ring-shaped conformation at acidic pH and adopts extended conformations at basic pH. The inter-domain interactions of human M-PLA2R are explored by the binding studies with individual domains, showing the mechanism of the conformational change. In addition, the biochemical data suggest that mouse M-PLA2R recognizes mouse secretory phospholipase A2-G1B only at physiological or basic pH, rather than at acidic pH. These results suggest that the pH-dependent conformational change might play important roles in the functional activities of M-PLA2R such as ligand binding and release, and may also be relevant to the immunogenicity in membranous nephropathy. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6808.map.gz | 375.4 KB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-6808-v30.xml emd-6808.xml | 13.4 KB 13.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_6808.png | 29.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6808 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6808 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6808_validation.pdf.gz | 78.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_6808_full_validation.pdf.gz | 77.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6808_validation.xml.gz | 494 B | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6808 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6808 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6808.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 432.6 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : The ectodomain of human M-type phospholipase A2 receptor
全体 | 名称: The ectodomain of human M-type phospholipase A2 receptor |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: The ectodomain of human M-type phospholipase A2 receptor
超分子 | 名称: The ectodomain of human M-type phospholipase A2 receptor タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 実験値: 180 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: PLA2R1
分子 | 名称: PLA2R1 / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MLLSPSLLLL LLLGAPRGCA EGVAAALTPE RLLEWQDKGI FVIQSESLKK CIQAGKSVLT LENCKQANKH MLWKWVSNH GLFNIGGSGC LGLNFSAPEQ PLSLYECDST LVSLRWRCNR KMITGPLQYS VQVAHDNTVV A SRKYIHKW ISYGSGGGDI CEYLHKDLHT ...文字列: MLLSPSLLLL LLLGAPRGCA EGVAAALTPE RLLEWQDKGI FVIQSESLKK CIQAGKSVLT LENCKQANKH MLWKWVSNH GLFNIGGSGC LGLNFSAPEQ PLSLYECDST LVSLRWRCNR KMITGPLQYS VQVAHDNTVV A SRKYIHKW ISYGSGGGDI CEYLHKDLHT IKGNTHGMPC MFPFQYNHQW HHECTREGRE DDLLWCATTS RY ERDEKWG FCPDPTSAEV GCDTIWEKDL NSHICYQFNL LSSLSWSEAH SSCQMQGGTL LSITDETEEN FIR EHMSSK TVEVWMGLNQ LDEHAGWQWS DGTPLNYLNW SPEVNFEPFV EDHCGTFSSF MPSAWRSRDC ESTL PYICK KYLNHIDHEI VEKDAWKYYA THCEPGWNPY NRNCYKLQKE EKTWHEALRS CQADNSALID ITSLA EVEF LVTLLGDENA SETWIGLSSN KIPVSFEWSN DSSVIFTNWH TLEPHIFPNR SQLCVSAEQS EGHWKV KNC EERLFYICKK AGHVLSDAES GCQEGWERHG GFCYKIDTVL RSFDQASSGY YCPPALVTIT NRFEQAF IT SLISSVVKMK DSYFWIALQD QNDTGEYTWK PVGQKPEPVQ YTHWNTHQPR YSGGCVAMRG RHPLGRWE V KHCRHFKAMS LCKQPVENQE KAEYEERWPF HPCYLDWESE PGLASCFKVF HSEKVLMKRT WREAEAFCE EFGAHLASFA HIEEENFVNE LLHSKFNWTE ERQFWIGFNK RNPLNAGSWE WSDRTPVVSS FLDNTYFGED ARNCAVYKA NKTLLPLHCG SKREWICKIP RDVKPKIPFW YQYDVPWLFY QDAEYLFHTF ASEWLNFEFV C SWLHSDLL TIHSAHEQEF IHSKIKALSK YGASWWIGLQ EERANDEFRW RDGTPVIYQN WDTGRERTVN NQ SQRCGFI SSITGLWGSE ECSVSMPSIC KRKKVWLIEK KKDTPKQHGT CPKGWLYFNY KCLLLNIPKD PSS WKNWTH AQHFCAEEGG TLVAIESEVE QAFITMNLFG QTTSVWIGLQ NDDYETWLNG KPVVYSNWSP FDII NIPSH NTTEVQKHIP LCALLSSNPN FHFTGKWYFE DCGKEGYGFV CEKMQDTSGH GVNTSDMYPM PNTLE YGNR TYKIINANMT WYAAIKTCLM HKAQLVSITD QYHQSFLTVV LNRLGYAHWI GLFTTDNGLN FDWSDG TKS SFTFWKDEES SLLGDCVFAD SNGRWHSTAC ESFLQGAICH VPPETRQSEH PELCSETSIP WIKFKSN CY SFSTVLDSMS FEAAHEFCKK EGSNLLTIKD EAENAFLLEE LFAFGSSVQM VWLNAQFDGN NETIKWFD G TPTDQSNWGI RKPDTDYFKP HHCVALRIPE GLWQLSPCQE KKGFICKMEA DIHTAEALPE KG |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 6 構成要素:
| |||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 4-37 / 平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 1.25 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
---|