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- EMDB-6806: Class2 cryoEM structure of human M-type phospholipase A2 receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6806
タイトルClass2 cryoEM structure of human M-type phospholipase A2 receptor
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: The ectodomain of human M-type phospholipase A2 receptor
    • Other: PLA2R1
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.0 Å
データ登録者Dong Y / Cao L / Shi X / Tang H / He Y
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2017
タイトル: Structure of Human M-type Phospholipase A2 Receptor Revealed by Cryo-Electron Microscopy.
著者: Yue Dong / Longxing Cao / Hua Tang / Xiangyi Shi / Yongning He /
要旨: M-type phospholipase A2 receptor (M-PLA2R) is a member of the mannose receptor family and known as the receptor of secretory phospholipase A2s. It has also been identified as the major autoantigen of ...M-type phospholipase A2 receptor (M-PLA2R) is a member of the mannose receptor family and known as the receptor of secretory phospholipase A2s. It has also been identified as the major autoantigen of idiopathic membranous nephropathy, one of the most common causes for nephrotic syndrome in adults. Here we determine the structure of human M-PLA2R ectodomain by cryo-electron microscopy. The results show that the ectodomain has high internal flexibility and forms a compact dual-ring-shaped conformation at acidic pH and adopts extended conformations at basic pH. The inter-domain interactions of human M-PLA2R are explored by the binding studies with individual domains, showing the mechanism of the conformational change. In addition, the biochemical data suggest that mouse M-PLA2R recognizes mouse secretory phospholipase A2-G1B only at physiological or basic pH, rather than at acidic pH. These results suggest that the pH-dependent conformational change might play important roles in the functional activities of M-PLA2R such as ligand binding and release, and may also be relevant to the immunogenicity in membranous nephropathy.
履歴
登録2017年8月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年5月30日-
マップ公開2018年5月30日-
更新2018年5月30日-
現状2018年5月30日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0322
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0322
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6806.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6806.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 432.6 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.3 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0322 / ムービー #1: 0.0322
最小 - 最大-0.012210009 - 0.09211341
平均 (標準偏差)0.002604429 (±0.014536916)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ484848
Spacing484848
セルA=B=C: 110.399994 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.32.32.3
M x/y/z484848
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z110.400110.400110.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS484848
D min/max/mean-0.0120.0920.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : The ectodomain of human M-type phospholipase A2 receptor

全体名称: The ectodomain of human M-type phospholipase A2 receptor
要素
  • 細胞器官・細胞要素: The ectodomain of human M-type phospholipase A2 receptor
    • Other: PLA2R1

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超分子 #1: The ectodomain of human M-type phospholipase A2 receptor

超分子名称: The ectodomain of human M-type phospholipase A2 receptor
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量実験値: 180 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: PLA2R1

分子名称: PLA2R1 / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MLLSPSLLLL LLLGAPRGCA EGVAAALTPE RLLEWQDKGI FVIQSESLKK CIQAGKSVLT LENCKQANKH MLWKWVSNH GLFNIGGSGC LGLNFSAPEQ PLSLYECDST LVSLRWRCNR KMITGPLQYS VQVAHDNTVV A SRKYIHKW ISYGSGGGDI CEYLHKDLHT ...文字列:
MLLSPSLLLL LLLGAPRGCA EGVAAALTPE RLLEWQDKGI FVIQSESLKK CIQAGKSVLT LENCKQANKH MLWKWVSNH GLFNIGGSGC LGLNFSAPEQ PLSLYECDST LVSLRWRCNR KMITGPLQYS VQVAHDNTVV A SRKYIHKW ISYGSGGGDI CEYLHKDLHT IKGNTHGMPC MFPFQYNHQW HHECTREGRE DDLLWCATTS RY ERDEKWG FCPDPTSAEV GCDTIWEKDL NSHICYQFNL LSSLSWSEAH SSCQMQGGTL LSITDETEEN FIR EHMSSK TVEVWMGLNQ LDEHAGWQWS DGTPLNYLNW SPEVNFEPFV EDHCGTFSSF MPSAWRSRDC ESTL PYICK KYLNHIDHEI VEKDAWKYYA THCEPGWNPY NRNCYKLQKE EKTWHEALRS CQADNSALID ITSLA EVEF LVTLLGDENA SETWIGLSSN KIPVSFEWSN DSSVIFTNWH TLEPHIFPNR SQLCVSAEQS EGHWKV KNC EERLFYICKK AGHVLSDAES GCQEGWERHG GFCYKIDTVL RSFDQASSGY YCPPALVTIT NRFEQAF IT SLISSVVKMK DSYFWIALQD QNDTGEYTWK PVGQKPEPVQ YTHWNTHQPR YSGGCVAMRG RHPLGRWE V KHCRHFKAMS LCKQPVENQE KAEYEERWPF HPCYLDWESE PGLASCFKVF HSEKVLMKRT WREAEAFCE EFGAHLASFA HIEEENFVNE LLHSKFNWTE ERQFWIGFNK RNPLNAGSWE WSDRTPVVSS FLDNTYFGED ARNCAVYKA NKTLLPLHCG SKREWICKIP RDVKPKIPFW YQYDVPWLFY QDAEYLFHTF ASEWLNFEFV C SWLHSDLL TIHSAHEQEF IHSKIKALSK YGASWWIGLQ EERANDEFRW RDGTPVIYQN WDTGRERTVN NQ SQRCGFI SSITGLWGSE ECSVSMPSIC KRKKVWLIEK KKDTPKQHGT CPKGWLYFNY KCLLLNIPKD PSS WKNWTH AQHFCAEEGG TLVAIESEVE QAFITMNLFG QTTSVWIGLQ NDDYETWLNG KPVVYSNWSP FDII NIPSH NTTEVQKHIP LCALLSSNPN FHFTGKWYFE DCGKEGYGFV CEKMQDTSGH GVNTSDMYPM PNTLE YGNR TYKIINANMT WYAAIKTCLM HKAQLVSITD QYHQSFLTVV LNRLGYAHWI GLFTTDNGLN FDWSDG TKS SFTFWKDEES SLLGDCVFAD SNGRWHSTAC ESFLQGAICH VPPETRQSEH PELCSETSIP WIKFKSN CY SFSTVLDSMS FEAAHEFCKK EGSNLLTIKD EAENAFLLEE LFAFGSSVQM VWLNAQFDGN NETIKWFD G TPTDQSNWGI RKPDTDYFKP HHCVALRIPE GLWQLSPCQE KKGFICKMEA DIHTAEALPE KG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 6
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMBIS-TRISBIS-TRIS
150.0 mMNaClsodium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 14 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 14 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 4-37 / 平均露光時間: 0.2 sec. / 平均電子線量: 1.25 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 142074
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 再構成使用したクラス数: 3 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3) / 使用した粒子像数: 116486
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.3)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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