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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6789 | |||||||||
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タイトル | Large subunit of Mycobacterium smegmatis | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Mycobacterium smegmatis ribosome / rRNA / rprotein / RIBOSOME | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / ribosomal large subunit assembly / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex ...large ribosomal subunit / 5S rRNA binding / transferase activity / ribosomal large subunit assembly / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.08 Å | |||||||||
データ登録者 | Li Z / Ge X | |||||||||
引用 | ジャーナル: Protein Cell / 年: 2018 タイトル: Cryo-EM structure of Mycobacterium smegmatis ribosome reveals two unidentified ribosomal proteins close to the functional centers. 著者: Zhifei Li / Xueliang Ge / Yixiao Zhang / Lvqin Zheng / Suparna Sanyal / Ning Gao / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6789.map.gz | 9.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6789-v30.xml emd-6789.xml | 43.2 KB 43.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_6789_fsc.xml | 9.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_6789.png | 95 KB | ||
Filedesc metadata | emd-6789.cif.gz | 9.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6789 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6789 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6789_validation.pdf.gz | 462.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_6789_full_validation.pdf.gz | 461.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6789_validation.xml.gz | 11.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_6789_validation.cif.gz | 15.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6789 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6789 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6789.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.32 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Large subunit of Mycobacterium smegmatis ribosome
+超分子 #1: Large subunit of Mycobacterium smegmatis ribosome
+分子 #1: 50S ribosomal protein L32
+分子 #2: 50S ribosomal protein L33 2
+分子 #3: 50S ribosomal protein L34
+分子 #4: 50S ribosomal protein L35
+分子 #5: 50S ribosomal protein L36
+分子 #8: 50S ribosomal protein L2
+分子 #9: 50S ribosomal protein L3
+分子 #10: 50S ribosomal protein L4
+分子 #11: 50S ribosomal protein L5
+分子 #12: 50S ribosomal protein L6
+分子 #13: 50S ribosomal protein L9
+分子 #14: 50S ribosomal protein L13
+分子 #15: 50S ribosomal protein L14
+分子 #16: 50S ribosomal protein L15
+分子 #17: 50S ribosomal protein L16
+分子 #18: 50S ribosomal protein L17
+分子 #19: 50S ribosomal protein L18
+分子 #20: 50S ribosomal protein L19
+分子 #21: 50S ribosomal protein L20
+分子 #22: 50S ribosomal protein L21
+分子 #23: 50S ribosomal protein L22
+分子 #24: 50S ribosomal protein L23
+分子 #25: 50S ribosomal protein L24
+分子 #26: 50S ribosomal protein L25
+分子 #27: 50S ribosomal protein L27
+分子 #28: 50S ribosomal protein L28
+分子 #29: 50S ribosomal protein L29
+分子 #30: 50S ribosomal protein L30
+分子 #31: Uncharacterized protein bL37
+分子 #6: 23S RNA
+分子 #7: 5S RNA
+分子 #32: MAGNESIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 2.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |