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- EMDB-6689: Structure of a Pancreatic ATP-sensitive Potassium Channel -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6689
タイトルStructure of a Pancreatic ATP-sensitive Potassium Channel
マップデータB factor sharpend map
試料
  • 複合体: ATP sensitive potassium
    • 複合体: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11
      • タンパク質・ペプチド: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11,superfolder GFP
    • 複合体: SUR1
      • タンパク質・ペプチド: SUR1
キーワードKATP / channel / ABC transporter / Kir / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ATP sensitive Potassium channels / ATP-activated inward rectifier potassium channel activity / response to resveratrol / inward rectifying potassium channel / ventricular cardiac muscle tissue development / Regulation of insulin secretion / sulfonylurea receptor activity / cell body fiber / ABC-family proteins mediated transport / CAMKK-AMPK signaling cascade ...ATP sensitive Potassium channels / ATP-activated inward rectifier potassium channel activity / response to resveratrol / inward rectifying potassium channel / ventricular cardiac muscle tissue development / Regulation of insulin secretion / sulfonylurea receptor activity / cell body fiber / ABC-family proteins mediated transport / CAMKK-AMPK signaling cascade / voltage-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / ATPase-coupled monoatomic cation transmembrane transporter activity / inward rectifier potassium channel activity / Ion homeostasis / nervous system process / inorganic cation transmembrane transport / ankyrin binding / response to ATP / response to stress / response to testosterone / potassium ion import across plasma membrane / potassium ion binding / action potential / intercalated disc / axolemma / ABC-type transporter activity / cellular response to nutrient levels / heat shock protein binding / T-tubule / acrosomal vesicle / response to ischemia / determination of adult lifespan / positive regulation of protein localization to plasma membrane / cellular response to glucose stimulus / negative regulation of insulin secretion / potassium ion transport / cellular response to nicotine / glucose metabolic process / cellular response to tumor necrosis factor / nuclear envelope / response to estradiol / presynaptic membrane / transmembrane transporter binding / response to hypoxia / endosome / response to xenobiotic stimulus / neuronal cell body / apoptotic process / glutamatergic synapse / protein-containing complex / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Potassium channel, inwardly rectifying, Kir6.2 / ATP-binding cassette subfamily C member 8 / Sulphonylurea receptor / Potassium channel, inwardly rectifying, transmembrane domain / Inward rectifier potassium channel transmembrane domain / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / : ...Potassium channel, inwardly rectifying, Kir6.2 / ATP-binding cassette subfamily C member 8 / Sulphonylurea receptor / Potassium channel, inwardly rectifying, transmembrane domain / Inward rectifier potassium channel transmembrane domain / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / Immunoglobulin E-set / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-binding cassette sub-family C member 8 / ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / synthetic construct (人工物) / Mesocricetus auratus (ネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.6 Å
データ登録者Li N / Wu J-X
資金援助 中国, 2件
OrganizationGrant number国
Ministry of Science and Technology of China2016YFA0502004,2016YFA0500700,2013CB910404 中国
National Natural Science Foundation of China31622021, 31521062,31422016, 31470722, 31630087 中国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2017
タイトル: Structure of a Pancreatic ATP-Sensitive Potassium Channel.
著者: Ningning Li / Jing-Xiang Wu / Dian Ding / Jiaxuan Cheng / Ning Gao / Lei Chen /
要旨: ATP-sensitive potassium channels (K) couple intracellular ATP levels with membrane excitability. These channels play crucial roles in many essential physiological processes and have been implicated ...ATP-sensitive potassium channels (K) couple intracellular ATP levels with membrane excitability. These channels play crucial roles in many essential physiological processes and have been implicated extensively in a spectrum of metabolic diseases and disorders. To gain insight into the mechanism of K, we elucidated the structure of a hetero-octameric pancreatic K channel in complex with a non-competitive inhibitor glibenclamide by single-particle cryoelectron microscopy to 5.6-Å resolution. The structure shows that four SUR1 regulatory subunits locate peripherally and dock onto the central Kir6.2 channel tetramer through the SUR1 TMD0-L0 fragment. Glibenclamide-bound SUR1 uses TMD0-L0 fragment to stabilize Kir6.2 channel in a closed conformation. In another structural population, a putative co-purified phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate (PIP) molecule uncouples Kir6.2 from glibenclamide-bound SUR1. These structural observations suggest a molecular mechanism for K regulation by anti-diabetic sulfonylurea drugs, intracellular adenosine nucleotide concentrations, and PIP lipid.
履歴
登録2016年12月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年1月25日-
マップ公開2017年1月25日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.09
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.09
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5wua
  • 表面レベル: 0.09
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6689.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈B factor sharpend map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.09 / ムービー #1: 0.09
最小 - 最大-0.2745838 - 0.39600915
平均 (標準偏差)0.0019237909 (±0.015809448)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 324.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.081.081.08
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z324.000324.000324.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.2750.3960.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : ATP sensitive potassium

全体名称: ATP sensitive potassium
要素
  • 複合体: ATP sensitive potassium
    • 複合体: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11
      • タンパク質・ペプチド: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11,superfolder GFP
    • 複合体: SUR1
      • タンパク質・ペプチド: SUR1

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超分子 #1: ATP sensitive potassium

超分子名称: ATP sensitive potassium / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 880 kDa/nm

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超分子 #2: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11

超分子名称: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1

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超分子 #3: SUR1

超分子名称: SUR1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2

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分子 #1: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11,superfolder GFP

分子名称: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11,superfolder GFP
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11 with C-terminal synthetic superfolder GFP and affinity tags added
コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 76.339242 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MLSRKGIIPE EYVLTRLAED PAEPRYRTRE RRARFVSKKG NCNVAHKNIR EQGRFLQDVF TTLVDLKWPH TLLIFTMSFL CSWLLFAMV WWLIAFAHGD LAPGEGTNVP CVTSIHSFSS AFLFSIEVQV TIGFGGRMVT EECPLAILIL IVQNIVGLMI N AIMLGCIF ...文字列:
MLSRKGIIPE EYVLTRLAED PAEPRYRTRE RRARFVSKKG NCNVAHKNIR EQGRFLQDVF TTLVDLKWPH TLLIFTMSFL CSWLLFAMV WWLIAFAHGD LAPGEGTNVP CVTSIHSFSS AFLFSIEVQV TIGFGGRMVT EECPLAILIL IVQNIVGLMI N AIMLGCIF MKTAQAHRRA ETLIFSKHAV ITLRHGRLCF MLRVGDLRKS MIISATIHMQ VVRKTTSPEG EVVPLHQVDI PM ENGVGGN GIFLVAPLII YHVIDSNSPL YDLAPSDLHH HQDLEIIVIL EGVVETTGIT TQARTSYLAD EILWGQRFVP IVA EEDGRY SVDYSKFGNT IKVPTPLCTA RQLDEDRSLL DALTLASSRG PLRKRSVAVA KAKPKFSISP DSLSLELEVL FQGP GGKMS KGEELFTGVV PILVELDGDV NGHKFSVRGE GEGDATIGKL TLKFICTTGK LPVPWPTLVT TLTYGVQCFS RYPDH MKRH DFFKSAMPEG YVQERTISFK DDGKYKTRAV VKFEGDTLVN RIELKGTDFK EDGNILGHKL EYNFNSHNVY ITADKQ KNG IKANFTVRHN VEDGSVQLAD HYQQNTPIGD GPVLLPDNHY LSTQTKLSKD PNEKRDHMVL HEYVNAAGIT HHHHHHH HS SGLVPRGSGW SHPQFEKGSG DYKDDDDKGS GWSHPQFEK

UniProtKB: ATP-sensitive inward rectifier potassium channel 11

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分子 #2: SUR1

分子名称: SUR1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mesocricetus auratus (ネズミ)
分子量理論値: 177.296578 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPLAFCGTEN HSAAYRVDQG VLNNGCFVDA LNVVPHVFLL FITFPILFIG WGSQSSKVHI HHSTWLHFPG HNLRWILTFI LLFVLVCEI AEGILSDGVT ESRHLHLYMP AGMAFMAAIT SVVYYHNIET SNFPKLLIAL LIYWTLAFIT KTIKFVKFYD H AIGFSQLR ...文字列:
MPLAFCGTEN HSAAYRVDQG VLNNGCFVDA LNVVPHVFLL FITFPILFIG WGSQSSKVHI HHSTWLHFPG HNLRWILTFI LLFVLVCEI AEGILSDGVT ESRHLHLYMP AGMAFMAAIT SVVYYHNIET SNFPKLLIAL LIYWTLAFIT KTIKFVKFYD H AIGFSQLR FCLTGLLVIL YGMLLLVEVN VIRVRRYIFF KTPREVKPPE DLQDLGVRFL QPFVNLLSKG TYWWMNAFIK TA HKKPIDL RAIGKLPIAM RALTNYQRLC VAFDAQARKD TQSPQGARAI WRALCHAFGR RLILSSTFRI LADLLGFAGP LCI FGIVDH LGKENHVFQP KTQFLGVYFV SSQEFLGNAY VLAVLLFLAL LLQRTFLQAS YYVAIETGIN LRGAIQTKIY NKIM HLSTS NLSMGEMTAG QICNLVAIDT NQLMWFFFLC PNLWAMPVQI IVGVILLYYI LGVSALIGAA VIILLAPVQY FVATK LSQA QRSTLEHSNE RLKQTNEMLR GMKLLKLYAW ESIFCSRVEV TRRKEMTSLR AFAVYTSISI FMNTAIPIAA VLITFV GHV SFFKESDLSP SVAFASLSLF HILVTPLFLL SSVVRSTVKA LVSVKKLSEF LSSAEIREEQ CAPREPAPQG QAGKYQA VP LKVVNRKRPA REEVRDLLGP LQRLAPSMDG DADNFCVQII GGFFTWTPDG IPTLSNITIR IPRGQLTMIV GQVGCGKS S LLLATLGEMQ KVSGAVFWNS NLPDSEGEDP SSPERETAAG SDIRSRGPVA YASQKPWLLN ATVEENITFE SPFNKQRYK MVIEACSLQP DIDILPHGDQ TQIGERGINL SGGQRQRISV ARALYQQTNV VFLDDPFSAL DVHLSDHLMQ AGILELLRDD KRTVVLVTH KLQYLPHADW IIAMKDGTIQ REGTLKDFQR SECQLFEHWK TLMNRQDQEL EKETVMERKA SEPSQGLPRA M SSRDGLLL DEEEEEEEAA ESEEDDNLSS VLHQRAKIPW RACTKYLSSA GILLLSLLVF SQLLKHMVLV AIDYWLAKWT DS ALVLSPA ARNCSLSQEC DLDQSVYAMV FTLLCSLGIV LCLVTSVTVE WTGLKVAKRL HRSLLNRIIL APMRFFETTP LGS ILNRFS SDCNTIDQHI PSTLECLSRS TLLCVSALTV ISYVTPVFLV ALLPLAVVCY FIQKYFRVAS RDLQQLDDTT QLPL LSHFA ETVEGLTTIR AFRYEARFQQ KLLEYTDSNN IASLFLTAAN RWLEVRMEYI GACVVLIAAA TSISNSLHRE LSAGL VGLG LTYALMVSNY LNWMVRNLAD MEIQLGAVKR IHALLKTEAE SYEGLLAPSL IPKNWPDQGK IQIQNLSVRY DSSLKP VLK HVNALISPGQ KIGICGRTGS GKSSFSLAFF RMVDMFEGRI IIDGIDIAKL PLHTLRSRLS IILQDPVLFS GTIRFNL DP EKKCSDSTLW EALEIAQLKL VVKALPGGLD AIITEGGENF SQGQRQLFCL ARAFVRKTSI FIMDEATASI DMATENIL Q KVVMTAFADR TVVTIAHRVH TILSADLVMV LKRGAILEFD KPETLLSQKD SVFASFVRAD K

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0) / 使用した粒子像数: 34500
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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