[日本語] English
万見
- EMDB-6656: Structure of a eukaryotic cyclic nucleotide-gated channel -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6656
タイトルStructure of a eukaryotic cyclic nucleotide-gated channel
マップデータTAX-4 density map with C4 symmetry imposed after post-processing in RELION1.4.The reported resolution is 3.5 angstroms.
試料
  • 複合体: Cyclic nucleotide-gated (CNG) channels
    • タンパク質・ペプチド: Cyclic nucleotide-gated cation channel
  • リガンド: CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE
  • リガンド: SODIUM ION
キーワードTAX-4 / CNG / Channel / Open state / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of carbon dioxide / detection of chemical stimulus involved in sensory perception / Activation of the phototransduction cascade / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / VxPx cargo-targeting to cilium / ciliary inversin compartment / multicellular organismal reproductive process / thermosensory behavior / positive regulation of growth rate / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger ...detection of carbon dioxide / detection of chemical stimulus involved in sensory perception / Activation of the phototransduction cascade / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / VxPx cargo-targeting to cilium / ciliary inversin compartment / multicellular organismal reproductive process / thermosensory behavior / positive regulation of growth rate / G protein-coupled receptor signaling pathway coupled to cGMP nucleotide second messenger / olfactory behavior / intracellular cyclic nucleotide activated cation channel complex / intracellularly cGMP-activated cation channel activity / aerotaxis / chemosensory behavior / intracellularly cAMP-activated cation channel activity / response to oxygen levels / thermotaxis / cation channel complex / non-motile cilium / regulation of neuron differentiation / regulation of axon extension / negative regulation of cGMP-mediated signaling / monoatomic cation transmembrane transport / cGMP binding / voltage-gated potassium channel activity / phototransduction / response to hyperoxia / neuron projection morphogenesis / calcium-mediated signaling / chemotaxis / dendrite / positive regulation of gene expression / protein-containing complex binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cyclic nucleotide-gated channel, C-terminal leucine zipper domain / C-terminal leucine zipper domain of cyclic nucleotide-gated channels / : / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. ...Cyclic nucleotide-gated channel, C-terminal leucine zipper domain / C-terminal leucine zipper domain of cyclic nucleotide-gated channels / : / Potassium channel, voltage-dependent, EAG/ELK/ERG / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclic nucleotide-gated channel
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Li M / Zhou X
資金援助 米国, 中国, 15件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM085234 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)RO1NS053494 米国
National Basic Research Program of China2014CB910301 中国
National Natural Science Foundation of China31370821 中国
Top Talents of Program of Yunnan Province2011HA012 中国
High-level Overseas Talents of Yunnan Province 中国
China Youth 1000-talent Program of the State Council of China 中国
Beijing Advanced Innovation Center for Structural Biology 中国
Tsinghua-Peking Joint Center for Life Sciences 中国
National Natural Science Foundation of China31570730 中国
Key Research Program of the Chinese Academy of SciencesKJZD-EW-L03 中国
National Natural Science Foundation of China81302865 中国
West Light Foundation of the Chinese Academy of Sciences 中国
Yunnan Applied Basic Research Projects2013FB074 中国
Youth Innovation Promotion Association of the Chinese Academy of Sciences 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2017
タイトル: Structure of a eukaryotic cyclic-nucleotide-gated channel.
著者: Minghui Li / Xiaoyuan Zhou / Shu Wang / Ioannis Michailidis / Ye Gong / Deyuan Su / Huan Li / Xueming Li / Jian Yang /
要旨: Cyclic-nucleotide-gated channels are essential for vision and olfaction. They belong to the voltage-gated ion channel superfamily but their activities are controlled by intracellular cyclic ...Cyclic-nucleotide-gated channels are essential for vision and olfaction. They belong to the voltage-gated ion channel superfamily but their activities are controlled by intracellular cyclic nucleotides instead of transmembrane voltage. Here we report a 3.5-Å-resolution single-particle electron cryo-microscopy structure of a cyclic-nucleotide-gated channel from Caenorhabditis elegans in the cyclic guanosine monophosphate (cGMP)-bound open state. The channel has an unusual voltage-sensor-like domain, accounting for its deficient voltage dependence. A carboxy-terminal linker connecting S6 and the cyclic-nucleotide-binding domain interacts directly with both the voltage-sensor-like domain and the pore domain, forming a gating ring that couples conformational changes triggered by cyclic nucleotide binding to the gate. The selectivity filter is lined by the carboxylate side chains of a functionally important glutamate and three rings of backbone carbonyls. This structure provides a new framework for understanding mechanisms of ion permeation, gating and channelopathy of cyclic-nucleotide-gated channels and cyclic nucleotide modulation of related channels.
履歴
登録2016年10月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年1月25日-
マップ公開2017年1月25日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0426
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0426
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5h3o
  • 表面レベル: 0.0426
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6656.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6656.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈TAX-4 density map with C4 symmetry imposed after post-processing in RELION1.4.The reported resolution is 3.5 angstroms.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 160 pix.
= 211.2 Å		1.32 Å/pix.
x 160 pix.
= 211.2 Å		1.32 Å/pix.
x 160 pix.
= 211.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0426 / ムービー #1: 0.0426
最小 - 最大-0.1948873 - 0.34038877
平均 (標準偏差)0.0007895406 (±0.010400022)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 211.20001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.321.321.32
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z211.200211.200211.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-0.1950.3400.001

-
添付データ

-
追加マップ: TAX-4 density map with C4 symmetry imposed before...

ファイルemd_6656_additional.map
注釈TAX-4 density map with C4 symmetry imposed before post-processing in RELION1.4.The reported resolution is 3.9 angstroms.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Cyclic nucleotide-gated (CNG) channels

全体名称: Cyclic nucleotide-gated (CNG) channels
要素
  • 複合体: Cyclic nucleotide-gated (CNG) channels
    • タンパク質・ペプチド: Cyclic nucleotide-gated cation channel
  • リガンド: CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE
  • リガンド: SODIUM ION

-
超分子 #1: Cyclic nucleotide-gated (CNG) channels

超分子名称: Cyclic nucleotide-gated (CNG) channels / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)

-
分子 #1: Cyclic nucleotide-gated cation channel

分子名称: Cyclic nucleotide-gated cation channel / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
分子量理論値: 84.305898 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: GGGGSMSTAE PAPDPTNPST SGLAPTTNGI GSPPPTASAA TKFSILTKFL RRKNQVHTTT AQQNEFMQKY MPNGNSNAVQ PAATGGQPA SSDGGSAIEV PPPKESYAVR IRKYLANYTQ DPSTDNFYYW TCVVTVAYIY NLLFVIARQV FNDLIGPSSQ S LCRFYNGT ...文字列:
GGGGSMSTAE PAPDPTNPST SGLAPTTNGI GSPPPTASAA TKFSILTKFL RRKNQVHTTT AQQNEFMQKY MPNGNSNAVQ PAATGGQPA SSDGGSAIEV PPPKESYAVR IRKYLANYTQ DPSTDNFYYW TCVVTVAYIY NLLFVIARQV FNDLIGPSSQ S LCRFYNGT LNSTTQVECT YNMLTNMKEM PTYSQYPDLG WSKYWHFRML WVFFDLLMDC VYLIDTFLNY RMGYMDQGLV VR EAEKVTK AYWQSKQYRI DGISLIPLDY ILGWPIPYIN WRGLPILRLN RLIRYKRVRN CLERTETRSS MPNAFRVVVV VWY IVIIIH WNACLYFWIS EWIGLGTDAW VYGHLNKQSL PDDITDTLLR RYVYSFYWST LILTTIGEVP SPVRNIEYAF VTLD LMCGV LIFATIVGNV GSMISNMSAA RTEFQNKMDG IKQYMELRKV SKQLEIRVIK WFDYLWTNKQ SLSDQQVLKV LPDKL QAEI AMQVHFETLR KVRIFQDCEA GLLAELVLKL QLQVFSPGDF ICKKGDIGRE MYIVKRGRLQ VVDDDGKKVF VTLQEG SVF GELSILNIAG SKNGNRRTAN VRSVGYTDLF VLSKTDLWNA LREYPDARKL LLAKGREILK KDNLLDENAP EEQKTVE EI AEHLNNAVKV LQTRMARLIV EHSSTEGKLM KRIEMLEKHL SRYKALARRQ KTMHGVSIDG GDISTDGVDE RVRPPRLR Q TKTIDLPTGT ESESLLK

UniProtKB: Cyclic nucleotide-gated channel

-
分子 #2: CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE

分子名称: CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: PCG
分子量理論値: 345.205 Da
Chemical component information

ChemComp-PCG:
CYCLIC GUANOSINE MONOPHOSPHATE / cGMP

-
分子 #3: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3
分子量理論値: 22.99 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.6 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMC8H18N2O4S4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
2.0 mMC10H12N5O7PcGMP
2.0 mMHSCH2CH2OH2-Mercaptoethanol
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Blotted for 4.0 seconds (double-sided, blot force 1), after waiting for 3.0 seconds the grid was immediately plunged into liquid ethane cooled by liquid-nitrogen..
詳細This sample was homogeneous

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7676 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7420 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-32 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.7 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: A TRP channel (unpublished) which was low-pass filtered to 60 angstroms was used as the initial model.
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4) / 使用した粒子像数: 99934
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る