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- EMDB-66448: Pseudomonas aeruginosa (PAO1) Outer membrane PilQ (Secretin) with... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-66448
タイトルPseudomonas aeruginosa (PAO1) Outer membrane PilQ (Secretin) with SlkB in C14 symmetry
マップデータ
試料
  • 複合体: Pseudomonas aeruginosa (PAO1) Outer membrane PilQ (Secretin) with SlkB
    • タンパク質・ペプチド: Fimbrial assembly protein PilQ
    • タンパク質・ペプチド: Multidrug transporter
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
キーワードtype IV pili / secretin / plug / outer membrane / permeability barrier / antibiotics / drug resistance / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


type IV pilus assembly / protein secretion / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Type IV pilus secretin PilQ / : / AMIN domain / AMIN domain / Secretin and TonB N terminus short domain / Secretin/TonB, short N-terminal domain / Secretin and TonB N terminus short domain / GspD/PilQ family / Bacterial type II secretion system protein D signature. / Type II secretion system protein GspD, conserved site ...Type IV pilus secretin PilQ / : / AMIN domain / AMIN domain / Secretin and TonB N terminus short domain / Secretin/TonB, short N-terminal domain / Secretin and TonB N terminus short domain / GspD/PilQ family / Bacterial type II secretion system protein D signature. / Type II secretion system protein GspD, conserved site / NolW-like / NolW-like superfamily / Bacterial type II/III secretion system short domain / Type II/III secretion system / Bacterial type II and III secretion system protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Fimbrial assembly protein PilQ / Multidrug transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Kwon O / Lee Y / Ryu B / Yoo Y / Chung J / Cho H
資金援助 韓国, 5件
OrganizationGrant number国
National Research Foundation (NRF, Korea)NRF-2022R1C1C1003352 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)RS-2024-00440289 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)RS-2025-00522505 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)RS-2023-00228746 韓国
National Research Foundation (NRF, Korea)RS-2022-NR067344 韓国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2026
タイトル: Secretin-interacting plug proteins prevent antibiotic influx during type IV pilus assembly in Pseudomonas aeruginosa.
著者: Oh Hyun Kwon / Yeseul Lee / Bumhan Ryu / Joel W Sher / Sohee Park / Frédéric Lauber / Bi-O Kim / Youngki Yoo / Seung-Hyun Cho / Donghui Choe / You-Hee Cho / Jean-François Collet / Melanie ...著者: Oh Hyun Kwon / Yeseul Lee / Bumhan Ryu / Joel W Sher / Sohee Park / Frédéric Lauber / Bi-O Kim / Youngki Yoo / Seung-Hyun Cho / Donghui Choe / You-Hee Cho / Jean-François Collet / Melanie D Ohi / Thomas G Bernhardt / Jeong Min Chung / Hongbaek Cho /
要旨: Type IV pili (T4P) are important virulence factors that mediate host attachment and other pathogenic functions. In Gram-negative bacteria, T4P are assembled from pilin subunits at the inner membrane ...Type IV pili (T4P) are important virulence factors that mediate host attachment and other pathogenic functions. In Gram-negative bacteria, T4P are assembled from pilin subunits at the inner membrane (IM) and extend through the outer membrane (OM) via secretin channels. Although essential for T4P function, secretin complexes can impair the OM permeability barrier, potentially allowing entry of toxic compounds. The mechanisms that prevent such influx remain poorly understood. Here, we identify SlkA and SlkB (PA5122 and PA5123) as periplasmic proteins that interact with the T4P secretin channel and block antibiotic influx. Our data indicate that these proteins function as physical plugs sealing the channel until the IM complex docks and pilus assembly begins. These findings demonstrate that Slk proteins and the IM complex function redundantly to maintain OM barrier integrity, and that their interaction with the secretin channel represents a promising target for antibiotic potentiation.
履歴
登録2025年9月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年6月10日-
マップ公開2026年6月10日-
更新2026年6月10日-
現状2026年6月10日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_66448.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_66448.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 506 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.81 Å/pix.
x 510 pix.
= 413.1 Å		0.81 Å/pix.
x 510 pix.
= 413.1 Å		0.81 Å/pix.
x 510 pix.
= 413.1 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.81 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.27
最小 - 最大-1.0271639 - 1.6426518
平均 (標準偏差)0.0016920086 (±0.050013546)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ510510510
Spacing510510510
セルA=B=C: 413.1 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_66448_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_66448_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_66448_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Pseudomonas aeruginosa (PAO1) Outer membrane PilQ (Secretin) with SlkB

全体名称: Pseudomonas aeruginosa (PAO1) Outer membrane PilQ (Secretin) with SlkB
要素
  • 複合体: Pseudomonas aeruginosa (PAO1) Outer membrane PilQ (Secretin) with SlkB
    • タンパク質・ペプチド: Fimbrial assembly protein PilQ
    • タンパク質・ペプチド: Multidrug transporter
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

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超分子 #1: Pseudomonas aeruginosa (PAO1) Outer membrane PilQ (Secretin) with SlkB

超分子名称: Pseudomonas aeruginosa (PAO1) Outer membrane PilQ (Secretin) with SlkB
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

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分子 #1: Fimbrial assembly protein PilQ

分子名称: Fimbrial assembly protein PilQ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 77.463703 KDa
組換発現生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
配列文字列: MNSGLSRLGI ALLAAMFAPA LLAADLEKLD VAALPGDRVE LKLQFDEPVA APRGYTIEQP ARIALDLPGV QNKLGTKNRE LSVGNTRSV TVVEAKDRTR LIINLTALSS YTTRVEGNNL FVVVGNSPAG ASVASAAPVK ASPAPASYAQ PIKPKPYVPA G RAIRNIDF ...文字列:
MNSGLSRLGI ALLAAMFAPA LLAADLEKLD VAALPGDRVE LKLQFDEPVA APRGYTIEQP ARIALDLPGV QNKLGTKNRE LSVGNTRSV TVVEAKDRTR LIINLTALSS YTTRVEGNNL FVVVGNSPAG ASVASAAPVK ASPAPASYAQ PIKPKPYVPA G RAIRNIDF QRGEKGEGNV VIDLSDPTLS PDIQEQGGKI RLDFAKTQLP DALRVRLDVK DFATPVQFVN ASAQSDRTSI TI EPSGLYD YLVYQTDNRL TVSIKPMTTE DAERRKKDNF AYTGEKLSLN FQDIDVRSVL QLIADFTDLN LVASDTVQGN ITL RLQNVP WDQALDLVLK TKGLDKRKLG NVLLVAPADE IAARERQELE AQKQIAELAP LRRELIQVNY AKAADIAKLF QSVT SDGGQ EGKEGGRGSI TVDDRTNSII AYQPQERLDE LRRIVSQLDI PVRQVMIEAR IVEANVGYDK SLGVRWGGAY HKGNW SGYG KDGNIGIKDE DGMNCGPIAG SCTFPTTGTS KSPSPFVDLG AKDATSGIGI GFITDNIILD LQLSAMEKTG NGEIVS QPK VVTSDKETAK ILKGSEVPYQ EASSSGATST SFKEAALSLE VTPQITPDNR IIVEVKVTKD APDYQNMLNG VPPINKN EV NAKILVNDGE TIVIGGVFSN EQSKSVEKVP FLGELPYLGR LFRRDTVTDR KNELLVFLTP RIMNNQAIAI GR

UniProtKB: Fimbrial assembly protein PilQ

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分子 #2: Multidrug transporter

分子名称: Multidrug transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
分子量理論値: 11.599263 KDa
組換発現生物種: Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
配列文字列:
MNLFRTTALV LALTTGLSSM PALADAVQEN ASGDPMYTVE APPAYAMIGD LLIARPFLIA ATAVGAVAFV VSLPFTAASG SVGKAGQAL VVDPGKEAFV RCLGCTTSGY NHDES

UniProtKB: Multidrug transporter

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分子 #3: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 14 / 式: PTY
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 53.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.7000000000000001 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: ab initio model
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.5.1) / 使用した粒子像数: 111983
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: Other / Chain - Initial model type: in silico model / 詳細: ModelAngelo
精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-9x0x:
Pseudomonas aeruginosa (PAO1) Outer membrane PilQ (Secretin) with SlkB in C14 symmetry

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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