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万見
- EMDB-6611: Cryo-electron microscopy structure of chimeric influenza cH5/1 he... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6611
タイトルCryo-electron microscopy structure of chimeric influenza cH5/1 hemagglutinin bound to stalk-targeting antibody, 6F12
マップデータTomographic subvolume average of virus-bound influenza cH5/1 HA in complex with the stalk-binding antibody, 6F12
試料
  • 試料: Tomographic subvolume average of virus-bound influenza cH5/1 HA in complex with the stalk-binding antibody, 6F12
  • タンパク質・ペプチド: cH5/1 hemagglutinin
  • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin 6F12
キーワードInfluenza / chimeric HA / universal vaccine candidate
生物種unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 25.0 Å
データ登録者Tran EEH / Podolsky KA / Bartesaghi A / Kuybeda O / Grandinetti G / Wohlbold TJ / Tan GS / Nachbagauer R / Palese P / Krammer F / Subramaniam S
引用ジャーナル: mBio / 年: 2016
タイトル: Cryo-electron Microscopy Structures of Chimeric Hemagglutinin Displayed on a Universal Influenza Vaccine Candidate.
著者: Erin E H Tran / Kira A Podolsky / Alberto Bartesaghi / Oleg Kuybeda / Giovanna Grandinetti / Teddy John Wohlbold / Gene S Tan / Raffael Nachbagauer / Peter Palese / Florian Krammer / Sriram Subramaniam /
要旨: Influenza viruses expressing chimeric hemagglutinins (HAs) are important tools in the quest for a universal vaccine. Using cryo-electron tomography, we have determined the structures of a chimeric HA ...Influenza viruses expressing chimeric hemagglutinins (HAs) are important tools in the quest for a universal vaccine. Using cryo-electron tomography, we have determined the structures of a chimeric HA variant that comprises an H1 stalk and an H5 globular head domain (cH5/1 HA) in native and antibody-bound states. We show that cH5/1 HA is structurally different from native HA, displaying a 60° rotation between the stalk and head groups, leading to a novel and unexpected "open" arrangement of HA trimers. cH5/1N1 viruses also display higher glycoprotein density than pH1N1 or H5N1 viruses, but despite these differences, antibodies that target either the stalk or head domains of hemagglutinins still bind to cH5/1 HA with the same consequences as those observed with native H1 or H5 HA. Our results show that a large range of structural plasticity can be tolerated in the chimeric spike scaffold without disrupting structural and geometric aspects of antibody binding.
IMPORTANCE: Chimeric hemagglutinin proteins are set to undergo human clinical trials as a universal influenza vaccine candidate, yet no structural information for these proteins is available. Using ...IMPORTANCE: Chimeric hemagglutinin proteins are set to undergo human clinical trials as a universal influenza vaccine candidate, yet no structural information for these proteins is available. Using cryo-electron tomography, we report the first three-dimensional (3D) visualization of chimeric hemagglutinin proteins displayed on the surface of the influenza virus. We show that, unexpectedly, the chimeric hemagglutinin structure differs from those of naturally occurring hemagglutinins by displaying a more open head domain and a dramatically twisted head/stalk arrangement. Despite this unusual spatial relationship between head and stalk regions, virus preparations expressing the chimeric hemagglutinin are fully infectious and display a high glycoprotein density, which likely helps induction of a broadly protective immune response.
履歴
登録2016年2月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年3月30日-
マップ公開2016年3月30日-
更新2016年4月13日-
現状2016年4月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.115
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.115
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6611.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6611.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 908.2 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Tomographic subvolume average of virus-bound influenza cH5/1 HA in complex with the stalk-binding antibody, 6F12
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.115 / ムービー #1: 0.115
最小 - 最大-0.24462633 - 0.47881263
平均 (標準偏差)-0.00037731 (±0.05479031)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ494999
Spacing494999
セルA: 200.9 Å / B: 200.9 Å / C: 405.9 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.14.14.1
M x/y/z494999
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z200.900200.900405.900
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-8211244
NX/NY/NZ115138149
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS494999
D min/max/mean-0.2450.479-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Tomographic subvolume average of virus-bound influenza cH5/1 HA i...

全体名称: Tomographic subvolume average of virus-bound influenza cH5/1 HA in complex with the stalk-binding antibody, 6F12
要素
  • 試料: Tomographic subvolume average of virus-bound influenza cH5/1 HA in complex with the stalk-binding antibody, 6F12
  • タンパク質・ペプチド: cH5/1 hemagglutinin
  • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin 6F12

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超分子 #1000: Tomographic subvolume average of virus-bound influenza cH5/1 HA i...

超分子名称: Tomographic subvolume average of virus-bound influenza cH5/1 HA in complex with the stalk-binding antibody, 6F12
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2

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分子 #1: cH5/1 hemagglutinin

分子名称: cH5/1 hemagglutinin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 集合状態: trimer / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: unidentified influenza virus (インフルエンザウイルス)
株: cH5/1N1

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分子 #2: Immunoglobulin 6F12

分子名称: Immunoglobulin 6F12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: BALB/c / 別称: Mouse

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 25 mM Tris, 100 mM NaCl
グリッド詳細: Quantifoil Multi-A 200 mesh carbon grids
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 90 K / 装置: LEICA EM GP
Timed resolved state: Virus was incubated with antibody for ~30 minutes on ice before solution was plunge-frozen
手法: Blot for 6 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Gatan, Inc.
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
日付2015年4月16日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 10 / 平均電子線量: 120 e/Å2
詳細: Every image is the average of four frames recorded by the direct electron detector.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 23000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 64000
試料ステージ試料ホルダー: Liquid nitrogen-cooled
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
Tilt series - Axis1 - Min angle: -60 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 60 °
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Subtomograms were selected using an automatic selection program.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD / 使用したサブトモグラム数: 134

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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