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万見
- EMDB-6588: Negative stain EM of Ebola virus GP bound to human survivor antibodies -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6588
タイトルNegative stain EM of Ebola virus GP bound to human survivor antibodies
マップデータReconstruction of human survivor antibody Fabs bound to EBOV GPdTM
試料
  • 試料: Reconstruction of Ebola virus GP ectodomain containing mucin-like domains in complex with human survivor antibody Fab ADI-15758
  • タンパク質・ペプチド: Ebola virus glycoprotein
  • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin 1 fragment
キーワードEbola virus / antibodies / negative stain EM
生物種Ebola virus sp. (エボラウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 24.0 Å
データ登録者Borndoldt ZA / Turner HL / Murin CD / Li W / Sok D / Sounders C / Piper AE / Fusco ML / Pommert K / Klempner M ...Borndoldt ZA / Turner HL / Murin CD / Li W / Sok D / Sounders C / Piper AE / Fusco ML / Pommert K / Klempner M / Reimann KA / Golf A / Wittrup DK / Gerngross TU / Krauland E / Glass PJ / Burton DR / Saphire EO / Ward AB / Walker LM
引用ジャーナル: SCIENCE / 年: 2016
タイトル: Isolation of potent neutralizing antibodies from a survivor of the 2014 Ebola virus outbreak.
著者: Borndoldt ZA / Turner HL / Murin CD / Li W / Sok D / Souders CA / Piper AE / Goff A / Shamblin JD / Wollen SE / Sprague TR / Fusco ML / Pommert KB / Cavacini LA / Smith HL / Klempner M / ...著者: Borndoldt ZA / Turner HL / Murin CD / Li W / Sok D / Souders CA / Piper AE / Goff A / Shamblin JD / Wollen SE / Sprague TR / Fusco ML / Pommert KB / Cavacini LA / Smith HL / Klempner M / Reimann KA / Krauland E / Gerngross TU / Wittrup DK / Saphire EO / Burton DR / Glass PJ / Ward AB / Walker LM
履歴
登録2016年2月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年3月9日-
マップ公開2016年4月6日-
更新2016年4月6日-
現状2016年4月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.26
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.26
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6588.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1001 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of human survivor antibody Fabs bound to EBOV GPdTM
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 3.26 / ムービー #1: 3.26
最小 - 最大-4.76629543 - 10.37817669
平均 (標準偏差)0.0 (±0.99999809)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 262.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.14.14.1
M x/y/z646464
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z262.400262.400262.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS646464
D min/max/mean-4.76610.378-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Reconstruction of Ebola virus GP ectodomain containing mucin-like...

全体名称: Reconstruction of Ebola virus GP ectodomain containing mucin-like domains in complex with human survivor antibody Fab ADI-15758
要素
  • 試料: Reconstruction of Ebola virus GP ectodomain containing mucin-like domains in complex with human survivor antibody Fab ADI-15758
  • タンパク質・ペプチド: Ebola virus glycoprotein
  • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin 1 fragment

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超分子 #1000: Reconstruction of Ebola virus GP ectodomain containing mucin-like...

超分子名称: Reconstruction of Ebola virus GP ectodomain containing mucin-like domains in complex with human survivor antibody Fab ADI-15758
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: One GP trimer bound to three Fab monomers / Number unique components: 2
分子量理論値: 360 KDa

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分子 #1: Ebola virus glycoprotein

分子名称: Ebola virus glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: EBOV GPdTM / コピー数: 1 / 集合状態: Trimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Ebola virus sp. (エボラウイルス) / 別称: Ebola virus
分子量理論値: 210 KDa
組換発現生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
組換細胞: Schneider S2 / 組換プラスミド: pMT-puro

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分子 #2: Immunoglobulin 1 fragment

分子名称: Immunoglobulin 1 fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: IgG1 Fab / コピー数: 3 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 50 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.03 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 150 mM NaCl, 20 mM Tris
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: 2% uranyl formate
グリッド詳細: Cu mesh grid
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI SPIRIT
日付2015年9月10日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
実像数: 98 / 平均電子線量: 25 e/Å2
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 52000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC
実験機器
モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Particles were picked using DoG Picker.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 24.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2, XMipp, IMAGIC / 使用した粒子像数: 17771

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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