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万見- EMDB-6588: Negative stain EM of Ebola virus GP bound to human survivor antibodies -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6588 | |||||||||
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タイトル | Negative stain EM of Ebola virus GP bound to human survivor antibodies | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of human survivor antibody Fabs bound to EBOV GPdTM | |||||||||
試料 |
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キーワード | Ebola virus / antibodies / negative stain EM | |||||||||
生物種 | Ebola virus sp. (エボラウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 24.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Borndoldt ZA / Turner HL / Murin CD / Li W / Sok D / Sounders C / Piper AE / Fusco ML / Pommert K / Klempner M ...Borndoldt ZA / Turner HL / Murin CD / Li W / Sok D / Sounders C / Piper AE / Fusco ML / Pommert K / Klempner M / Reimann KA / Golf A / Wittrup DK / Gerngross TU / Krauland E / Glass PJ / Burton DR / Saphire EO / Ward AB / Walker LM | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2016 タイトル: Isolation of potent neutralizing antibodies from a survivor of the 2014 Ebola virus outbreak. 著者: Zachary A Bornholdt / Hannah L Turner / Charles D Murin / Wen Li / Devin Sok / Colby A Souders / Ashley E Piper / Arthur Goff / Joshua D Shamblin / Suzanne E Wollen / Thomas R Sprague / ...著者: Zachary A Bornholdt / Hannah L Turner / Charles D Murin / Wen Li / Devin Sok / Colby A Souders / Ashley E Piper / Arthur Goff / Joshua D Shamblin / Suzanne E Wollen / Thomas R Sprague / Marnie L Fusco / Kathleen B J Pommert / Lisa A Cavacini / Heidi L Smith / Mark Klempner / Keith A Reimann / Eric Krauland / Tillman U Gerngross / Karl D Wittrup / Erica Ollmann Saphire / Dennis R Burton / Pamela J Glass / Andrew B Ward / Laura M Walker / 要旨: Antibodies targeting the Ebola virus surface glycoprotein (EBOV GP) are implicated in protection against lethal disease, but the characteristics of the human antibody response to EBOV GP remain ...Antibodies targeting the Ebola virus surface glycoprotein (EBOV GP) are implicated in protection against lethal disease, but the characteristics of the human antibody response to EBOV GP remain poorly understood. We isolated and characterized 349 GP-specific monoclonal antibodies (mAbs) from the peripheral B cells of a convalescent donor who survived the 2014 EBOV Zaire outbreak. Remarkably, 77% of the mAbs neutralize live EBOV, and several mAbs exhibit unprecedented potency. Structures of selected mAbs in complex with GP reveal a site of vulnerability located in the GP stalk region proximal to the viral membrane. Neutralizing antibodies targeting this site show potent therapeutic efficacy against lethal EBOV challenge in mice. The results provide a framework for the design of new EBOV vaccine candidates and immunotherapies. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6588.map.gz | 893.7 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6588-v30.xml emd-6588.xml | 11.7 KB 11.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_6588.jpg | 18.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6588 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6588 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6588.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1001 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of human survivor antibody Fabs bound to EBOV GPdTM | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Reconstruction of Ebola virus GP ectodomain containing mucin-like...
全体 | 名称: Reconstruction of Ebola virus GP ectodomain containing mucin-like domains in complex with human survivor antibody Fab ADI-15758 |
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要素 |
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-超分子 #1000: Reconstruction of Ebola virus GP ectodomain containing mucin-like...
超分子 | 名称: Reconstruction of Ebola virus GP ectodomain containing mucin-like domains in complex with human survivor antibody Fab ADI-15758 タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: One GP trimer bound to three Fab monomers / Number unique components: 2 |
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分子量 | 理論値: 360 KDa |
-分子 #1: Ebola virus glycoprotein
分子 | 名称: Ebola virus glycoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: EBOV GPdTM / コピー数: 1 / 集合状態: Trimer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Ebola virus sp. (エボラウイルス) / 別称: Ebola virus |
分子量 | 理論値: 210 KDa |
組換発現 | 生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ) 組換細胞: Schneider S2 / 組換プラスミド: pMT-puro |
-分子 #2: Immunoglobulin 1 fragment
分子 | 名称: Immunoglobulin 1 fragment / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: IgG1 Fab / コピー数: 3 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human |
分子量 | 理論値: 50 KDa |
組換発現 | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.03 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 150 mM NaCl, 20 mM Tris |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: 2% uranyl formate |
グリッド | 詳細: Cu mesh grid |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI SPIRIT |
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日付 | 2015年9月10日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k) 実像数: 98 / 平均電子線量: 25 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 52000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |
実験機器 | モデル: Tecnai Spirit / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | Particles were picked using DoG Picker. |
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最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 24.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2, XMipp, IMAGIC / 使用した粒子像数: 17771 |