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- EMDB-6533: Electron cryo-microscopy of human TAP transporter inhibited by th... -

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登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6533
タイトルElectron cryo-microscopy of human TAP transporter inhibited by the ICP47 viral inhibitor from herpes simplex virus type 1
マップデータReconstruction of human TAP transporter inhibited by herpes simplex virus type 1 ICP47 with Factor correction
試料
  • 試料: TAP1/TAP2 heterodimer bound to herpes simplex virus type 1 inhibitor, ICP47
  • タンパク質・ペプチド: TAP1
  • タンパク質・ペプチド: TAP2
  • タンパク質・ペプチド: ICP47
キーワードviral invasion / ATP-Binding / Cassette (ABC) transporter / antigen processing / major histocompatibility complex class 1 / inward-facing
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation / MHC protein binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib via ER pathway, TAP-dependent / ABC-type antigen peptide transporter / TAP complex / ABC-type peptide transporter activity / TAP1 binding / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / : ...symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation / MHC protein binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib via ER pathway, TAP-dependent / ABC-type antigen peptide transporter / TAP complex / ABC-type peptide transporter activity / TAP1 binding / peptide transport / peptide transmembrane transporter activity / : / MHC class I protein binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / ABC-type transporter activity / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / response to molecule of bacterial origin / defense response / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / centriolar satellite / adaptive immune response / host cell cytoplasm / nuclear speck / host cell nucleus / endoplasmic reticulum / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Antigen peptide transporter 1 / Herpesvirus ICP47 / Herpesvirus ICP47 / Herpesvirus US12 family / Antigen peptide transporter 2 / Antigen peptide transporter 2 / ABC transporter Tap-like / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain ...Antigen peptide transporter 1 / Herpesvirus ICP47 / Herpesvirus ICP47 / Herpesvirus US12 family / Antigen peptide transporter 2 / Antigen peptide transporter 2 / ABC transporter Tap-like / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ICP47 protein / ABC-type antigen peptide transporter / ABC-type antigen peptide transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.5 Å
データ登録者Oldham ML / Hite RK / Steffen AM / Damko E / Li Z / Walz T / Chen J
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: A mechanism of viral immune evasion revealed by cryo-EM analysis of the TAP transporter.
著者: Michael L Oldham / Richard K Hite / Alanna M Steffen / Ermelinda Damko / Zongli Li / Thomas Walz / Jue Chen /
要旨: Cellular immunity against viral infection and tumour cells depends on antigen presentation by major histocompatibility complex class I (MHC I) molecules. Intracellular antigenic peptides are ...Cellular immunity against viral infection and tumour cells depends on antigen presentation by major histocompatibility complex class I (MHC I) molecules. Intracellular antigenic peptides are transported into the endoplasmic reticulum by the transporter associated with antigen processing (TAP) and then loaded onto the nascent MHC I molecules, which are exported to the cell surface and present peptides to the immune system. Cytotoxic T lymphocytes recognize non-self peptides and program the infected or malignant cells for apoptosis. Defects in TAP account for immunodeficiency and tumour development. To escape immune surveillance, some viruses have evolved strategies either to downregulate TAP expression or directly inhibit TAP activity. So far, neither the architecture of TAP nor the mechanism of viral inhibition has been elucidated at the structural level. Here we describe the cryo-electron microscopy structure of human TAP in complex with its inhibitor ICP47, a small protein produced by the herpes simplex virus I. Here we show that the 12 transmembrane helices and 2 cytosolic nucleotide-binding domains of the transporter adopt an inward-facing conformation with the two nucleotide-binding domains separated. The viral inhibitor ICP47 forms a long helical hairpin, which plugs the translocation pathway of TAP from the cytoplasmic side. Association of ICP47 precludes substrate binding and prevents nucleotide-binding domain closure necessary for ATP hydrolysis. This work illustrates a striking example of immune evasion by persistent viruses. By blocking viral antigens from entering the endoplasmic reticulum, herpes simplex virus is hidden from cytotoxic T lymphocytes, which may contribute to establishing a lifelong infection in the host.
履歴
登録2015年11月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年1月20日-
マップ公開2016年1月20日-
更新2016年2月3日-
現状2016年2月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6533.tiff

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6533.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 62.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of human TAP transporter inhibited by herpes simplex virus type 1 ICP47 with Factor correction
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.35 Å/pix.
x 256 pix.
= 345.6 Å		1.35 Å/pix.
x 256 pix.
= 345.6 Å		1.35 Å/pix.
x 256 pix.
= 345.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベルBy EMDB: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.04499828 - 0.15952149
平均 (標準偏差)0.0001944 (±0.00494422)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 345.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z345.600345.600345.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0450.1600.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : TAP1/TAP2 heterodimer bound to herpes simplex virus type 1 inhibi...

全体名称: TAP1/TAP2 heterodimer bound to herpes simplex virus type 1 inhibitor, ICP47
要素
  • 試料: TAP1/TAP2 heterodimer bound to herpes simplex virus type 1 inhibitor, ICP47
  • タンパク質・ペプチド: TAP1
  • タンパク質・ペプチド: TAP2
  • タンパク質・ペプチド: ICP47

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超分子 #1000: TAP1/TAP2 heterodimer bound to herpes simplex virus type 1 inhibi...

超分子名称: TAP1/TAP2 heterodimer bound to herpes simplex virus type 1 inhibitor, ICP47
タイプ: sample / ID: 1000
集合状態: One heterodimer of TAP1 and TAP2 bound to one monomer of ICP47
Number unique components: 3
分子量理論値: 166.4 KDa

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分子 #1: TAP1

分子名称: TAP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
Name.synonym: transporter associated with antigen processing 1, ABCB2
コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / Organelle: Endoplasmic reticulum / 細胞中の位置: membrane
分子量理論値: 80.964 KDa
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類) / 組換株: SMD1163 His+ / 組換プラスミド: modified pPICZ A
配列UniProtKB: ABC-type antigen peptide transporter / InterPro: Antigen peptide transporter 1

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分子 #2: TAP2

分子名称: TAP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
Name.synonym: transporter associated with antigen processing 2, ABCB3
コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / Organelle: Endoplasmic reticulum / 細胞中の位置: membrane
分子量理論値: 75.6638 KDa
組換発現生物種: Komagataella pastoris (菌類) / 組換株: SMD1163 His+ / 組換プラスミド: modified pPICZ A
配列UniProtKB: ABC-type antigen peptide transporter / InterPro: Antigen peptide transporter 2

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分子 #3: ICP47

分子名称: ICP47 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Human herpesvirus 1 (ヘルペスウイルス) / Organelle: Endoplasmic reticulum / 細胞中の位置: membrane
分子量理論値: 9.806 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換株: BL21(DE3) RIL / 組換プラスミド: pMCSG20
配列UniProtKB: ICP47 protein / InterPro: Herpesvirus ICP47

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
詳細: 20 mM HEPES sodium, 150 mM NaCl, 2 mM TCEP, 1 mM n-Dodecyl-beta-D-Maltopyranoside (DDM), 1 mM Octaethylene Glycol Monododecyl Ether (C12E8)
グリッド詳細: C-flat grids (CF-1.2/1.3-4C), 1.2 micron hole, 1.3 micron space, 400 mesh copper TEM grid, glow-discharged in partial air vacuum
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 4 seconds before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度平均: 120 K
アライメント法Legacy - 非点収差: FEI Image corrector
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: Gatan
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
詳細BRIGHT FIELD illumination
日付2015年8月3日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 5 µm / 実像数: 5163 / 平均電子線量: 88 e/Å2
詳細: 40 sub-frames were recorded for each image in super-resolution counting mode.
ビット/ピクセル: 32
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 81000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダー: liquid nitrogen-cooled
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The particles were selected using automatic selection in RELION.
CTF補正詳細: CTFFIND4; Each image
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.5 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: SPARX, RELION, FREALIGN
詳細: Manually picked particles with BOXER and RELION. 2D and 3D classification in RELION. Final map generated with FREALIGN.
使用した粒子像数: 139293
最終 2次元分類クラス数: 104

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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