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- EMDB-6500: Negative stain EM reconstruction of HIV-1 Env AMC008 SOSIP.v4 in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6500
タイトルNegative stain EM reconstruction of HIV-1 Env AMC008 SOSIP.v4 in complex with Fabs 35O22 and PGV04
マップデータReconstruction of HIV-1 Env AMC008 SOSIP.v4 in complex with broadly-neutralzing antibody Fabs 35O22 and PGV04
試料
  • 試料: HIV-1 Env AMC008 SOSIP.v4 in complex with broadly neutralizing antibody Fabs 35O22 and PGV04
  • タンパク質・ペプチド: HIV-1 AMC008 Env SOSIP.v4
  • タンパク質・ペプチド: Anti-HIV-1 antibody PGV04 Fab
  • タンパク質・ペプチド: Anti-HIV-1 antibody 35O22 Fab
キーワードHIV-1 / Env / SOSIP / broadly-neutralizing antibody / trimer
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 15.0 Å
データ登録者de Taeye SW / Ozorowski G / de la Pena AT / Guttman M / Julien J-P / van den Kerkhof TLGM / Burger J / Pritchard LK / Pugach P / Yasmeen A ...de Taeye SW / Ozorowski G / de la Pena AT / Guttman M / Julien J-P / van den Kerkhof TLGM / Burger J / Pritchard LK / Pugach P / Yasmeen A / Bontjer I / Torres JL / Arendt H / DeStefano J / Koff WC / Schuitemaker H / Eggink D / Berkhout B / Dean H / LaBranche C / Crispin M / Montefiori DC / Klasse PJ / Lee KK / Moore JP / Wilson IA / Ward AB / Sanders RW
引用ジャーナル: Cell / 年: 2015
タイトル: Immunogenicity of Stabilized HIV-1 Envelope Trimers with Reduced Exposure of Non-neutralizing Epitopes.
著者: Steven W de Taeye / Gabriel Ozorowski / Alba Torrents de la Peña / Miklos Guttman / Jean-Philippe Julien / Tom L G M van den Kerkhof / Judith A Burger / Laura K Pritchard / Pavel Pugach / ...著者: Steven W de Taeye / Gabriel Ozorowski / Alba Torrents de la Peña / Miklos Guttman / Jean-Philippe Julien / Tom L G M van den Kerkhof / Judith A Burger / Laura K Pritchard / Pavel Pugach / Anila Yasmeen / Jordan Crampton / Joyce Hu / Ilja Bontjer / Jonathan L Torres / Heather Arendt / Joanne DeStefano / Wayne C Koff / Hanneke Schuitemaker / Dirk Eggink / Ben Berkhout / Hansi Dean / Celia LaBranche / Shane Crotty / Max Crispin / David C Montefiori / P J Klasse / Kelly K Lee / John P Moore / Ian A Wilson / Andrew B Ward / Rogier W Sanders /
要旨: The envelope glycoprotein trimer mediates HIV-1 entry into cells. The trimer is flexible, fluctuating between closed and more open conformations and sometimes sampling the fully open, CD4-bound form. ...The envelope glycoprotein trimer mediates HIV-1 entry into cells. The trimer is flexible, fluctuating between closed and more open conformations and sometimes sampling the fully open, CD4-bound form. We hypothesized that conformational flexibility and transient exposure of non-neutralizing, immunodominant epitopes could hinder the induction of broadly neutralizing antibodies (bNAbs). We therefore modified soluble Env trimers to stabilize their closed, ground states. The trimer variants were indeed stabilized in the closed conformation, with a reduced ability to undergo receptor-induced conformational changes and a decreased exposure of non-neutralizing V3-directed antibody epitopes. In rabbits, the stabilized trimers induced similar autologous Tier-1B or Tier-2 NAb titers to those elicited by the corresponding wild-type trimers but lower levels of V3-directed Tier-1A NAbs. Stabilized, closed trimers might therefore be useful components of vaccines aimed at inducing bNAbs.
履歴
登録2015年11月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年11月25日-
マップ公開2016年6月22日-
更新2016年6月22日-
現状2016年6月22日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 12.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 12.5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_6500.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6500.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of HIV-1 Env AMC008 SOSIP.v4 in complex with broadly-neutralzing antibody Fabs 35O22 and PGV04
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.57 Å/pix.
x 160 pix.
= 251.2 Å		1.57 Å/pix.
x 160 pix.
= 251.2 Å		1.57 Å/pix.
x 160 pix.
= 251.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.57 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 12.4 / ムービー #1: 12.5
最小 - 最大-32.386253359999998 - 78.942092900000006
平均 (標準偏差)1.22258127 (±8.015358920000001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 251.20001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.571.571.57
M x/y/z160160160
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z251.200251.200251.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-147-147-146
NX/NY/NZ294294294
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS160160160
D min/max/mean-32.38678.9421.223

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : HIV-1 Env AMC008 SOSIP.v4 in complex with broadly neutralizing an...

全体名称: HIV-1 Env AMC008 SOSIP.v4 in complex with broadly neutralizing antibody Fabs 35O22 and PGV04
要素
  • 試料: HIV-1 Env AMC008 SOSIP.v4 in complex with broadly neutralizing antibody Fabs 35O22 and PGV04
  • タンパク質・ペプチド: HIV-1 AMC008 Env SOSIP.v4
  • タンパク質・ペプチド: Anti-HIV-1 antibody PGV04 Fab
  • タンパク質・ペプチド: Anti-HIV-1 antibody 35O22 Fab

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超分子 #1000: HIV-1 Env AMC008 SOSIP.v4 in complex with broadly neutralizing an...

超分子名称: HIV-1 Env AMC008 SOSIP.v4 in complex with broadly neutralizing antibody Fabs 35O22 and PGV04
タイプ: sample / ID: 1000
詳細: All components were purified by size-exclusion chromatography prior to complex formation.
集合状態: 3 of each Fab bound to a trimer of HIV-1 Env SOSIP.v4
Number unique components: 3
分子量理論値: 720 KDa
手法: Estimation based on average molecular weight of Fab and average mass of SOSIP trimer including glycan mass

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分子 #1: HIV-1 AMC008 Env SOSIP.v4

分子名称: HIV-1 AMC008 Env SOSIP.v4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: HIV-1 gp140 / コピー数: 1 / 集合状態: Trimer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: AMC008
分子量理論値: 420 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F

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分子 #2: Anti-HIV-1 antibody PGV04 Fab

分子名称: Anti-HIV-1 antibody PGV04 Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 集合状態: Heterodimer of light and heavy chain / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 50 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F

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分子 #3: Anti-HIV-1 antibody 35O22 Fab

分子名称: Anti-HIV-1 antibody 35O22 Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 集合状態: Heterodimer of light and heavy chain / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human
分子量理論値: 50 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293F

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.03 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids were stained with 2% w/v uranyl formate for 60 seconds.
グリッド詳細: 400 mesh copper grid with thin carbon support, glow-discharged
凍結凍結剤: NONE / 装置: OTHER

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電子顕微鏡法

顕微鏡OTHER
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 92,000 times magnification.
詳細Tilt series of -50, -40, -30, -20, -10, 0 degrees
日付2015年2月19日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / 実像数: 152 / 平均電子線量: 25 e/Å2
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 92000
試料ステージ試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC / Tilt angle min: -50

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画像解析

詳細Particles were selected using an automatic selection program and aligned into class averages using Iterative MSA/MRA. Classes containing fully decorated (3 molecules of each Fab per trimer) complexes were used to generate a common lines model that was later refined using particles from those classes.
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: EMAN2, SPARX / 使用した粒子像数: 24522

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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